Tese

Survey and characterization of genomic features for leveraging the bacterium Pseudomonas putida KT2440 as a bioconversion platform (2025)

• Authors:
  • Siqueira, Guilherme Marcelino Viana de
  • Guazzaroni, Maria Eugenia (Orientador)
• Autor USP: SIQUEIRA, GUILHERME MARCELINO VIANA DE - FMRP
• Unidade: FMRP
• DOI: 10.11606/T.17.2025.tde-14072025-114725
• Subjects: PSEUDOMONAS; BIOCOMBUSTÍVEIS; BIOLOGIA SINTÉTICA; VETORES; GENÉTICA
• Keywords: Pseudomonas putida; Acetate; Acetato; Biocombustíveis; Biofuels; Biologia sintética; Modular vectors; Synthetic biology; Vetores modulares
• Agências de fomento:
  • Financiamento FAPESP
  • Financiamento CAPES
• Language: Inglês
• Abstract: Nos últimos anos, a bactéria Gram-negativa Pseudomonas putida KT2440 tem ganhado destaque como um hospedeiro microbiano em processos fermentativos devido a diferentes características bioquímicas e fisiológicas que possui, incluindo um metabolismo central de carbono altamente flexível, tolerância nativa a compostos aromáticos, solventes e metais, além da relativa simplicidade e segurança para sua manipulação genética. Apesar disso, boa parte do potencial genético desta cepa permanece pouco elucidado, o que é agravado por divergências encontradas em repositórios abertos de anotações genômicas e pela relativa escassez de ferramentas genéticas especificamente desenhadas para a otimização da expressão heteróloga neste organismo, fatores que prejudicam sua aplicação em uma maior variedade de situações. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivo abordar diferentes aspectos relacionados à utilização de P. putida como um hospedeiro microbiano em bioprocessos, especificamente i) por meio da investigação da resposta fisiológica deste organismo frente ao acetato, um inibidor do crescimento microbiano presente em hidrolisados lignocelulósicos; ii) pela integração de anotações genômicas e resultados experimentais disponíveis em bases de dados do National Center for Biotechnology Information (NCBI) e outros repositórios abertos; e iii) pela construção e caracterização de um novo vetor modular que inclui terminadores transcricionais identificados em uma biblioteca metagenômica de solo. O conjunto dos resultados aqui apresentados sinaliza novos alvos para a engenharia de tolerância de P. putida KT2440 em fermentações utilizando substratos ricos em acetato para a produção de biocombustíveis, revela inconsistências entre anotações genômicas amplamente utilizadas na literatura e realça como a prospecção de partes biológicas de origem ambientalpode ser uma estratégia para beneficiar a expressão heteróloga em P. putida em relação a hospedeiros já estabelecidos, como Escherichia coli. Com isto, o trabalho busca oferecer um novo panorama sobre o potencial biotecnológico deste microrganismo, ampliando as perspectivas sobre seu uso como uma ferramenta útil na busca de soluções para os desafios da bioeconomia
• Imprenta:
  • Publisher place: Ribeirão Preto
  • Date published: 2025
• Data da defesa: 11.04.2025

Informações sobre o DOI: 10.11606/T.17.2025.tde-14072025-114725 (Fonte: oaDOI API)
• Este periódico é de acesso aberto
• Este artigo NÃO é de acesso aberto
  

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How to cite

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• ABNT

  SIQUEIRA, Guilherme Marcelino Viana de. Survey and characterization of genomic features for leveraging the bacterium Pseudomonas putida KT2440 as a bioconversion platform. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-14072025-114725/. Acesso em: 21 jan. 2026.

• APA

  Siqueira, G. M. V. de. (2025). Survey and characterization of genomic features for leveraging the bacterium Pseudomonas putida KT2440 as a bioconversion platform (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-14072025-114725/

• NLM

  Siqueira GMV de. Survey and characterization of genomic features for leveraging the bacterium Pseudomonas putida KT2440 as a bioconversion platform [Internet]. 2025 ;[citado 2026 jan. 21 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-14072025-114725/

• Vancouver

  Siqueira GMV de. Survey and characterization of genomic features for leveraging the bacterium Pseudomonas putida KT2440 as a bioconversion platform [Internet]. 2025 ;[citado 2026 jan. 21 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-14072025-114725/

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