Investigação da taxa de pseudogenização e análise de resistência antimicrobiana em bactérias causadoras da tuberculose (2025)
- Authors:
- Autor USP: CAMARGO, NAILA CRISTINA SOLER - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VPS
- DOI: 10.11606/T.10.2025.tde-29042025-095257
- Subjects: BACTÉRIAS; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; TUBERCULOSE
- Keywords: Mycobacterium tuberculosis complex; Pseudogenization; Resistant TB; Tuberculosis
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A tuberculose (TB) é uma doença causada por bactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC), capazes de infectar humanos e animais. Apesar da evolução clonal e alta similaridade genômica (>99,9%), os membros do MTBC apresentam diferenças fenotípicas marcantes, como virulência, tropismo por hospedeiro e resistência a medicamentos. Para investigar as bases genéticas dessas características, este trabalho foi desenvolvido com dois objetivos principais: (i) quantificar e caracterizar pseudogenes preditos in silico em espécies do MTBC e M. canettii, explorando seu papel na evolução genômica e adaptação fenotípica; e (ii) identificar e caracterizar a estrutura populacional e transmissão de estirpes de M. tuberculosis resistentes isoladas de pacientes com TB pulmonar do estado de São Paulo, Brasil, assim como desenvolver um fluxo de análises de bioinformática para a determinação desse perfil baseado em sequenciamento de genoma completo (SGC). O primeiro objetivo compreende a identificação, quantificação e caracterização de pseudogenes em genomas disponíveis no RefSeq de M. tuberculosis, M. africanum, M. bovis e M. canettii. Scripts personalizados foram desenvolvidos para identificar e analisar pseudogenes, com base em anotações preditivas realizadas pela NCBI-PGAP. A conservação e expressão desses pseudogenes foram avaliadas a partir de dados públicos de transcriptômica e proteômica de M. tuberculosis H37Rv. Os resultados indicaram que os pseudogenes representam umaimportante fonte de variabilidade genética no MTBC, sugerindo mecanismos de perda de função associados à deriva genética e gargalos populacionais, bem como potenciais variações de fase e neofuncionalização. A pseudogenização contribui para a plasticidade genômica do MTBC em um contexto de evolução clonal, fornecendo insights sobre a adaptação bacteriana em diferentes ecotipos. O segundo objetivo envolveu a análise de 139 isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes do Instituto Adolfo Lutz, do estado de São Paulo, Brasil. Esses isolados foram sequenciados e submetidos a testes fenotípi- cos para determinação da resistência antimicrobiana, permitindo o desenvolvimento e validação da BrSeqTB, um fluxo de análises de bioinformática para identificação de variantes associadas à resistência e análise epidemiológica através do SGC. Foi relatado o primeiro caso de resistên- cia aos novos medicamentos bedaquilina e linezolida no Brasil. Os resultados apontaram alta concordância entre o SGC e o teste fenotípico BD BACTEC MGIT 960® para a maioria dos medicamentos, mas destacaram discrepâncias significativas para pirazinamida, etambutol, linezolida e bedaquilina. Variantes de significância incerta e heterorresistência foram identificadas como fatores limitantes nos métodos genotípicos e fenotípicos. Além disso, a caracterização filogenômica revelou clusters de transmissão que indicam disseminação de estirpes resistentes e evolução de novas resistências no estado deSão Paulo. Este trabalho contribui para o entendimento dos processos evolutivos que moldam o genoma do MTBC, bem como para o avanço no diagnóstico e monitoramento da TB resistente. Os achados têm implicações diretas no desenvolvimento de terapias personalizadas, no aprimoramento das estratégias de vigilância molecular e no manejo clínico da tuberculose em humanos e animais
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- Data da defesa: 14.02.2025
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
-
ABNT
CAMARGO, Naila Cristina Soler. Investigação da taxa de pseudogenização e análise de resistência antimicrobiana em bactérias causadoras da tuberculose. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-29042025-095257/. Acesso em: 30 dez. 2025. -
APA
Camargo, N. C. S. (2025). Investigação da taxa de pseudogenização e análise de resistência antimicrobiana em bactérias causadoras da tuberculose (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-29042025-095257/ -
NLM
Camargo NCS. Investigação da taxa de pseudogenização e análise de resistência antimicrobiana em bactérias causadoras da tuberculose [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-29042025-095257/ -
Vancouver
Camargo NCS. Investigação da taxa de pseudogenização e análise de resistência antimicrobiana em bactérias causadoras da tuberculose [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-29042025-095257/ - Diversification of gene content in the Mycobacterium tuberculosis complex is determined by phylogenetic and ecological signatures
- The rate and role of pseudogenes of the Mycobacterium tuberculosis complex
- Unraveling the metabolism of Mycobacterium caprae using comparative genomics
- Genome sequencing of Mycobacterium pinnipedii strains: genetic characterization and evidence of superinfection in a South American sea lion (Otaria flavescens)
- Global distribution and evolution of Mycobacterium bovis lineages
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.10.2025.tde-29042025-095257 (Fonte: oaDOI API)
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