Co-expressão de lncRNAs correlacionados com características de interesse em modelo animal para doenças metabólicas em humanos (2024)
- Authors:
- Autor USP: NASCIMENTO, LUCAS ECHEVARRIA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LZT
- DOI: 10.11606/D.11.2024.tde-13032025-110745
- Subjects: ÁCIDOS GRAXOS; ANÁLISE EM MICROSSÉRIES; DOENÇAS METABÓLICAS; EXPRESSÃO GÊNICA; FÍGADO; MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS; NUTRIGENÔMICA; RNA; SUÍNOS
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A nutrigenômica busca compreender como os nutrientes afetam a expressão gênica, utilizando modelos animais como o suíno, devido às suas similaridades fisiológicas com humanos e à progressão de doenças metabólicas. O fígado, órgão essencial no metabolismo, é um dos principais alvos de estudo, pois regula diversos processos biológicos. Recentemente, foi constatado que diferentes fontes de ácidos graxos (AGs) saturados, monoinsaturados e poliinsaturados influenciam a expressão gênica em vias metabólicas hepáticas. Essa regulação pode ocorrer por meio de RNAs longos não codificantes (IncRNAs), moléculas capazes de modular a expressão gênica de forma positiva ou negativa. Este estudo teve como objetivo analisar o transcriptoma hepático de suínos para identificar novos IncRNAs e seus genes-alvo modulados pelo consumo de diferentes fontes de AGs dietéticos, utilizando redes de co-expressão. Para isso, 72 suínos machos da linhagem Large White, imunocastrados, foram distribuídos aleatoriamente em baias e tiveram acesso ad libitum a comida e água durante 98 dias. As dietas foram formuladas à base de milho e farelo de soja, suplementadas com 1,5% de óleo de soja (SOY1.5, referência), 3,0% de óleo de soja (SOY3.0), 3,0% de óleo de canola (CO) ou 3,0% de óleo de peixe (FO). O sequenciamento das amostras de fígado foi realizado por meio da tecnologia Illumina. A análise de dados incluiu filtragem por qualidade, mapeamento e identificação de novos IncRNAs a partir da remontagem dostranscritos. Foram eliminados transcritos codificadores de proteínas por meio de diferentes critérios, como potencial de codificação e comparação com sequências já registradas em bancos de dados. A quantificação da expressão foi realizada na última etapa da análise. Os níveis de expressão gênica, medidos em FPKM, foram utilizados para análise de co-expressão e correlação com fenótipos de interesse, incluindo espessura de gordura, extrato etéreo do músculo e fígado, razão n6:n3, ácidos graxos totais (SFA, PUFA, MUFA) e citocinas inflamatórias (IL-10, IFN-γ, TNF-α, IL-1β, IL-6 e IL-18), por meio do WGCNA. O enriquecimento funcional foi conduzido com através do banco de dados da Gene Ontology (GO terms), enquanto a identificação de quantitative trait loci (QTLs) e genes em cis relacionados aos IncRNAs foi realizada com o pacote R GALLO. Foram identificados quatro módulos exclusivos no tratamento com óleo de canola e dois com óleo de peixe, todos contendo novos lncRNAs correlacionados a fenótipos metabólicos e inflamatórios, como SFA, MUFA, EEM, IL-6, IL-18 e TNF-α. O tratamento com SOY3.0 não apresentou módulos exclusivos. As análises de GO terms revelaram associações com o metabolismo lipídico e a resposta imunológica. Além disso, foram identificados QTLs associados a características produtivas, reprodutivas e de saúde. Apenas um gene-alvo em cis (MSTRG.75) foi identificado para um dos IncRNAs. Os resultados deste estudo permitem avançar no entendimento dopapel dos IncRNAs na regulação gênica em suínos, reforçando seu potencial como modelos para doenças metabólicas humanas. A descoberta de novos IncRNAs regulatórios abre caminhos para futuras pesquisas sobre a influência de diferentes perfis lipídicos na expressão gênica e na resposta inflamatória
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2024
- Data da defesa: 17.12.2024
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: closed
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ABNT
NASCIMENTO, Lucas Echevarria. Co-expressão de lncRNAs correlacionados com características de interesse em modelo animal para doenças metabólicas em humanos. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-13032025-110745/. Acesso em: 28 dez. 2025. -
APA
Nascimento, L. E. (2024). Co-expressão de lncRNAs correlacionados com características de interesse em modelo animal para doenças metabólicas em humanos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-13032025-110745/ -
NLM
Nascimento LE. Co-expressão de lncRNAs correlacionados com características de interesse em modelo animal para doenças metabólicas em humanos [Internet]. 2024 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-13032025-110745/ -
Vancouver
Nascimento LE. Co-expressão de lncRNAs correlacionados com características de interesse em modelo animal para doenças metabólicas em humanos [Internet]. 2024 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-13032025-110745/ - Pig models reveal the interplay between fatty acids and cytokines in skeletal muscle
- Transcription factors and candidate functional SNPs associated with variation in fatty acid composition from skeletal muscle of pigs
- Identification of eQTLs using different sets of single nucleotide polymorphisms associated with carcass and body composition traits in pigs
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.11.2024.tde-13032025-110745 (Fonte: oaDOI API)
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