Estudo funcional de eventos somáticos de retrocópias em modelos de linhagens tumorais (2024)
- Authors:
- Autor USP: OLIVEIRA, MARIA VITORIA LIMA - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- Sigla do Departamento: INTERUNIDADES EM BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.11606/D.95.2024.tde-11022025-110519
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; NEOPLASIAS; GENÔMICA; CARCINOGÊNESE
- Keywords: Bioinformática; Bioinformatics; Cancer; Câncer; Elementos móveis; Genômica; Genomics; Mobile elements; Retrocópias; Retrocopies
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Definido como um grupo de doenças caracterizadas pelo crescimento celular anormal e descontrolado, o câncer é causado primariamente pelo acúmulo de mutações genéticas e/ou mudanças epigenéticas que conferem à célula, até então normal, uma vantagem seletiva, levando-a a um crescimento preferencial de seus clones. Diante da revolução da genômica e o desenvolvimento de novas técnicas de sequenciamento de DNA e análise genética, alavancados pelo término do sequenciamento do Projeto Genoma Humano em 2003, tornou-se possível o sequenciamento de genomas tumorais completos e a posterior caracterização de parte das mutações geralmente associadas a tumorigênese. Neste contexto, o projeto Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) disponibilizou o sequenciamentos do genoma completo e transcriptoma de centenas de linhagens celulares derivadas de tumores primários distintos, modelos que oferecem um material rico para o estudo de características genéticas complexas do câncer, incluindo aquelas nunca ou pouco caracterizadas como as variações estruturais envolvendo retrocópias. As retrocópias são duplicatas gênicas geradas por retrotransposição de moléculas de mRNA capturadas pela maquinaria de LINE1. Recentemente, o nosso grupo (e outros) mostraram que esse processo de retroduplicação pode ocorrer de maneira somática em cânceres, porém há poucas evidências sobre a extensão e funcionalidade de tais eventos para a origem e manutenção do câncer.Neste projeto, utilizamos dados de sequenciamento de 329 linhagens celulares de 22 tipos tumorais disponíveis no CCLE para investigar a ocorrência e o papel das inserções de novo de retrocópias (retroCNVs) na tumorigênese. Nossos resultados mostraram 379 retroCNVs, os quais foram caracterizados quanto à densidade por cromossomo, contexto genômico (intrônicos, exônicos ou intergênicos) de inserção, regulação do transcriptoma tumoral e associação com vias moleculares. Por fim, quatro eventos foram selecionados para validação experimental em laboratório. Em resumo, nossos resultados originais contribuem para se conhecer mais e melhor o papel das inserções somáticas de retrocópias na carcinogênese, algo ainda muito pouco explorado e conhecido
- Imprenta:
- Data da defesa: 11.12.2024
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
-
ABNT
OLIVEIRA, Maria Vitoria Lima. Estudo funcional de eventos somáticos de retrocópias em modelos de linhagens tumorais. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-11022025-110519/. Acesso em: 10 out. 2025. -
APA
Oliveira, M. V. L. (2024). Estudo funcional de eventos somáticos de retrocópias em modelos de linhagens tumorais (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-11022025-110519/ -
NLM
Oliveira MVL. Estudo funcional de eventos somáticos de retrocópias em modelos de linhagens tumorais [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-11022025-110519/ -
Vancouver
Oliveira MVL. Estudo funcional de eventos somáticos de retrocópias em modelos de linhagens tumorais [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-11022025-110519/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2024.tde-11022025-110519 (Fonte: oaDOI API)
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
