Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar (2024)
- Authors:
- Autor USP: MÉLO, ALÍCIA LIE DE - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- DOI: 10.11606/T.95.2024.tde-13112024-184644
- Subjects: BIOTECNOLOGIA; BIOCOMBUSTÍVEIS; CANA-DE-AÇÚCAR; BIOINFORMÁTICA
- Keywords: Cana-energia; Energy-cane; Promoter; Promotor; Regulatory binding sites; Sítios de regulação; TFBS; TFBS
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A cana-de-açúcar é amplamente reconhecida por sua utilização na produção de açúcar e bebidas alcoólicas, mas também desempenha um papel crucial na geração de energia como biocombustível, carvão e outros materiais combustíveis. Dada essa diversidade de aplicações, desenvolver plantas com características mais adaptadas para cada finalidade é estratégico para aumentar a eficiência na produção desses produtos. Tal estratégia envolve o conhecimento das redes de regulação do metabolismo, bem como o desenvolvimento de ferramentas biotecnológicas para rearranjar as conexões da rede de forma a produzir uma planta com as características desejadas. Para isso, é necessário caracterizar a região promotora, o que pode ser feito a partir da análise da composição dos sítios de ligação dos fatores de transcrição nela presentes. Este tipo de estudo pode ser dividido em duas abordagens: i) detecção de sítios de ligação de fatores de transcrição com motivos conhecidos, e ii) descoberta ab initio de motivos. Essas duas abordagens foram combinadas em um pipeline de análise da região promotora, no qual o promotor é definido como uma região de 800 bp à montante do TSS e as sequências foram mascaradas para regiões de baixa complexidade. O software FIMO foi utilizado para detectar motivos conhecidos descritos no banco de dados PlantTFDB.A nova análise de descoberta ab initio de motivos foi baseada em um trabalho anterior desenvolvido em nosso grupo e foi melhorada com etapas adicionais de filtragem para garantir resultados mais confiáveis. Para relacionar a expressão gênica com a arquitetura promotora, foi desenvolvido um script que seleciona arquiteturas de promotores com base na clusterização dos perfis de expressão. Além disso, um conjunto de genes responsivos à seca e outro conjunto expressos em folha foram analisados usando esse protocolo, resultando na identificação de arquiteturas de promotores candidatas relacionadas à resposta à seca e específicas do tecido foliar, com potencial aplicação biotecnológica na cana-de-açúcar
- Imprenta:
- Data da defesa: 20.09.2024
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
- Acessar versão aberta:
-
ABNT
MELO, Alícia Lie de. Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar. 2024. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2024. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/. Acesso em: 13 abr. 2026. -
APA
Melo, A. L. de. (2024). Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/ -
NLM
Melo AL de. Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar [Internet]. 2024 ;[citado 2026 abr. 13 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/ -
Vancouver
Melo AL de. Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar [Internet]. 2024 ;[citado 2026 abr. 13 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/
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