Análise do comportamento dinâmico na interface entre variantes do hospedeiro e do SARS-CoV-2 (2024)
- Authors:
- Autor USP: ÁVILA, ANA LUÍSA RODRIGUES DE - FMRP
- Unidade: FMRP
- DOI: 10.11606/D.17.2024.tde-12062024-134824
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; COVID-19; CORONAVIRUS; ANGIOTENSINA II
- Keywords: Bioinformática; Bioinformatics; COVID-19; Interação vírus-hospedeiro; SARS-CoV-2; Variantes; Variants; Virus-host interaction
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A proteína Spike do SARS-CoV-2 (do inglês, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2) interage com os receptores da enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) e com a protease transmembrana de serina II (TMPRSS2) para entrar na célula humana. Substituições de aminoácidos em posições-chave no domínio de ligação ao receptor (RBD) da proteína Spike alteram a afinidade de ligação do SARS-CoV-2 com a ACE2 e TMPRSS2, podendo influenciar na taxa de infecção do vírus. Mutações específicas da ACE2 têm sido associados ao aumento da suscetibilidade ao SARS-CoV-2, e o mesmo pode ocorrer com variantes da TMPRSS2, afetando o risco de infecção e a gravidade da COVID-19. Além disso, o SARS-CoV-2 tem uma alta probabilidade de sofrer mutação e se adaptar ao ambiente. No entanto, o efeito dessas variações genéticas sobre a estabilidade e afinidade da interação Spike-ACE2 e Spike-TMPRSS2 ainda é pouco compreendido. Para avaliar o efeito de mutações e comparar mudanças estruturais entre os complexos, foi utilizado o método da simulação de dinâmica molecular (DM). A energia livre de ligação e a força de interação biomolecular foram estimadas pelo cálculo da área de superfície de Poisson-Boltzman da mecânica molecular MM/PBSA (do inglês, Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area). As simulações de dinâmica molecular revelaram uma trajetória estável com variações sutis, enfatizando alguns resíduos-chave na região de interação entre os complexos. A combinação de simulações de DM e métodos de aprendizado de máquina permitiu uma compreensão mais profunda sobre como as variações genéticas tanto no vírus quanto no receptor ACE2 podem impactar a região de interação entre essas proteínas essenciais. Os resultados deste estudo contribuem para o entendimento sobre como as variações genéticas no vírus e no receptor do hospedeiroinfluenciam a região de interação dessas proteínas, tendo implicações importantes para estratégias de tratamento, especialmente no campo da medicina de precisão
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2024
- Data da defesa: 01.04.2024
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
ÁVILA, Ana Luísa Rodrigues de. Análise do comportamento dinâmico na interface entre variantes do hospedeiro e do SARS-CoV-2. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-12062024-134824/. Acesso em: 10 jan. 2026. -
APA
Ávila, A. L. R. de. (2024). Análise do comportamento dinâmico na interface entre variantes do hospedeiro e do SARS-CoV-2 (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-12062024-134824/ -
NLM
Ávila ALR de. Análise do comportamento dinâmico na interface entre variantes do hospedeiro e do SARS-CoV-2 [Internet]. 2024 ;[citado 2026 jan. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-12062024-134824/ -
Vancouver
Ávila ALR de. Análise do comportamento dinâmico na interface entre variantes do hospedeiro e do SARS-CoV-2 [Internet]. 2024 ;[citado 2026 jan. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-12062024-134824/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.17.2024.tde-12062024-134824 (Fonte: oaDOI API)
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