Identificação de elementos genéticos móveis no microbioma ruminal de bovinos Nelore (2024)
- Authors:
- Autor USP: FALEIROS, CAMILA APARECIDA - FZEA
- Unidade: FZEA
- Sigla do Departamento: ZMV
- DOI: 10.11606/D.74.2024.tde-24092024-145036
- Subjects: BACTERIÓFAGOS; PLASMÍDEOS; BIOLOGIA MOLECULAR; RÚMEN; BOVINOS
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Com o advento da metagenômica, tornou-se possível compreender a importância da dinâmica entre o microbioma ruminal e fenótipos de interesse na produção animal. Dentre as aplicações dessa técnica, destaca-se a prospecção de elementos genéticos móveis (EGMs), os quais atuam como agentes que permitem a movimentação do DNA entre genomas, geralmente carregando genes acessórios que proporcionam vantagens aos seus hospedeiros, além de atuarem no controle de populações através de bacteriófagos líticos, mantendo o equilíbrio do ambiente. O objetivo do presente estudo foi identificar EGMs associados a bactérias ruminais através de ligações cromossômicas físicas pelo método Hi-C, visando estabelecer a relação entre vírus e bactérias no ambiente ruminal. O sequenciamento metagenômico shotgun e o método de ligação por proximidade ProxiMeta foram utilizados para análise de DNA obtido de amostras de conteúdo ruminal de quatro vacas da raça Nelore, gerando 1.713.111.307 pb que deram origem a 107 genomas bacterianos atribuídos principalmente às famílias Lachnospiraceae, Bacteroidaceae, Ruminococcaceae, Saccharofermentanaceae e Treponemataceae. A maioria dos genomas bacterianos codificaram vias que incluíram etapas na via central do metabolismo do carbono e no metabolismo de outros carboidratos. Enzimas ativas em carboidratos (CAZymes) foram identificadas, dentre as quais se destacam as hidrolases glicosídicas GH2, GH3, GH5, GH13 e GH43. Além disso, foram detectadas 31 associações entrebactérias hospedeiras e EGMs, das quais 17 estavam ligadas a vírus e 14 estavam ligadas a plasmídeos, além de eventos de coinfecção, nos quais um hospedeiro abrigava mais de um EGM ou o mesmo EGM se apresentava em mais de um hospedeiro. Os genomas virais foram atribuídos às famílias Myoviridae e Siphoviridae, mas a maioria não pôde ser classificada. Ainda, foram encontrados 12 genes de resistência a antibióticos, entre eles, sete conferiram resistência à tetraciclina por tet32, tet40, tet44, tetO, tetQ e tetW, e os outros conferiram resistência às classes nitroimidazol nimJ, macrolídeo mefA, lincosamida lnuC, beta-lactâmico blaACI-1 e aminoglicosídeo aadE. À luz de nosso conhecimento, este é o primeiro estudo em bovinos brasileiros que conecta EGMs com seus hospedeiros microbianos, identificando EGMs presentes no rúmen de bovinos Nelore criados a pasto, oferecendo insights para o avanço biotecnológico relacionado à digestão de alimentos e melhoria no desempenho de ruminantes em sistemas de produção
- Imprenta:
- Publisher place: Pirassununga
- Date published: 2024
- Data da defesa: 11.04.2024
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
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-
ABNT
FALEIROS, Camila Aparecida. Identificação de elementos genéticos móveis no microbioma ruminal de bovinos Nelore. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2024. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-24092024-145036/. Acesso em: 01 abr. 2026. -
APA
Faleiros, C. A. (2024). Identificação de elementos genéticos móveis no microbioma ruminal de bovinos Nelore (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Pirassununga. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-24092024-145036/ -
NLM
Faleiros CA. Identificação de elementos genéticos móveis no microbioma ruminal de bovinos Nelore [Internet]. 2024 ;[citado 2026 abr. 01 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-24092024-145036/ -
Vancouver
Faleiros CA. Identificação de elementos genéticos móveis no microbioma ruminal de bovinos Nelore [Internet]. 2024 ;[citado 2026 abr. 01 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-24092024-145036/ - Avaliação da presença de bactérias totais e arqueas metanogênicas em diferentes frações da digesta ruminal de bovinos Nelore
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