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Tese

Genomic studies in Pseudolycoriella hygida (Sciaridae) (2024)

  • Authors:
  • Autor USP: TRINCA, VITOR - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • Sigla do Departamento: RBP
  • DOI: 10.11606/T.17.2024.tde-13052024-143522
  • Subjects: SCIURIDAE; FILOGENIA; COMPORTAMENTO ALIMENTAR; EXPRESSÃO GÊNICA; GENOMAS
  • Keywords: Análise de transcriptoma; Análises filogenéticas; Comportamentos alimentares de sciarídeos; Developmentally regulated gene expression; Expressão gênica regulada no desenvolvimento; Genoma nuclear; Nuclear genome; Phylogenetic analyses; Salivary gland secretion; Sciarids feeding habits; Secreção da glândula salivar; Transcriptome analysis
  • Agências de fomento:
  • Language: Inglês
  • Abstract: A ordem Diptera, que inclui as moscas verdadeiras, pode ser subdividida entre dípteros basais e superiores. Os dípteros basais incluem as infraordens Tipulomorpha, Culicomorpha, Psychodomorpha e Bibionomorpha, enquanto os superiores pertencem à subordem Brachycera. O número de genomas disponíveis para Diptera é desigual, com foco nos dípteros superiores que apresentam 76% das montagens de genoma. Estudos com espécies da família Sciaridae (Bibionomorpha) contribuíram para o entendimento tanto de processos de ocorrência geral em metazoários, como aqueles característicos de sciarídeos, notadamente a amplificação gênica em regiões formadoras de pufes de DNA e o mecanismo de determinação sexual. O nosso laboratório utiliza a espécie Pseudolycoriella hygida (Bibionomorpha: Sciaridae) como modelo de estudo. Essa tese é dividida em três capítulos. O primeiro capítulo apresenta a montagem e anotação de três mitogenomas de sciarídeos e destaca que o mitogenoma de P. hygida (37 kb) é o maior descrito na ordem Diptera até o momento. Rearranjos gênicos característicos das subfamílias dos sciarídeos foram encontrados e análises filogenéticas revelaram a posição de P. hygida na família Sciaridae. O segundo capítulo descreve o genoma nuclear de P. hygida. A montagem do genoma de P. hygida compreende 609 Mb divididos em 6.452 scaffolds e é apresentada em nível cromossômico com cerca de 90% do genoma distribuído entre os 4 maiores scaffolds, que correspondem aos cromossomos A, B, C e X. Foram preditos 17.881 genes codificadores de proteínas, dos quais 92,9% foram funcionalmente anotados. Análises bioinformáticas e bioquímicas mostraram que a saliva contém enzimas ativas contra carboidratos (CAZymes). Análises comparativas com outros sciarídeos e contra Lucilia cuprina (Diptera: Calliphoridae) indicam que ossciarídeos não apresentam diferenças importantes entre as CAZymes anotadas, independente dos hábitos alimentares. Contudo, a comparação das CAZymes de sciarídeos contra L. cuprina, mostrou conjuntos de CAZymes codificadas exclusivamente nos genomas dos sciarídeos, capazes de degradar carboidratos presentes nas paredes células de plantas e fungos. No terceiro capítulo, apresentamos a caracterização de bibliotecas de RNAseq das glândulas salivares de larvas de início do quarto estádio larval e de diferentes idades durante o período de formação dos pufes de DNA. A análise revelou que 10.769 genes são expressos nesse tecido e que 1.687 genes são diferencialmente expressos entre as idades analisadas. Destaca-se a associação com categorias como tradução, proteólise e transporte através da membrana plasmática, enfatizando papel secretor das células das glândulas salivares. O estudo também investigou o perfil de expressão gênica durante a abertura dos pufes de DNA, o que possibilitou a identificação genes que constituem candidatos a residir em regiões formadoras de pufes de DNA. Em síntese, essa tese contribui para a área de genômica de Diptera, expande o conhecimento acerca do modelo não convencional P. hygida e oferece novas perspectivas acerca da biologia de sciarídeos
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 07.02.2024
    • Acesso à fonteAcesso à fonteDOI

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    • ABNT

      TRINCA, Vitor. Genomic studies in Pseudolycoriella hygida (Sciaridae). 2024. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2024. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-13052024-143522/. Acesso em: 07 abr. 2026.

    • APA

      Trinca, V. (2024). Genomic studies in Pseudolycoriella hygida (Sciaridae) (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-13052024-143522/

    • NLM

      Trinca V. Genomic studies in Pseudolycoriella hygida (Sciaridae) [Internet]. 2024 ;[citado 2026 abr. 07 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-13052024-143522/

    • Vancouver

      Trinca V. Genomic studies in Pseudolycoriella hygida (Sciaridae) [Internet]. 2024 ;[citado 2026 abr. 07 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-13052024-143522/

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