Regulatory genomic variants associated with fat traits in Nellore cattle (2024)
- Authors:
- Autor USP: GARCIA, INGRID SOARES - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LZT
- DOI: 10.11606/T.11.2024.tde-02082024-144242
- Subjects: CARCAÇA; EXPRESSÃO GÊNICA; GADO NELORE; GENÔMICA; GORDURAS; MAPEAMENTO GENÉTICO; POLIMORFISMO; RNA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: Com o aumento do consumo da carne bovina e o Brasil cada vez mais se destacando no cenário mundial da bovinocultura de corte, se faz necessário mais pesquisas que tenham como objetivo aumentar a produção e a qualidade da carne, especialmente da raça Nelore, que compõe a grande maioria do rebanho Brasileiro. Para avançar nossa compreensão das variantes genéticas que controlam características economicamente importantes relacionadas à gordura, integramos RNA-seq e polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) identificados em dados genômicos e transcriptômicos para gerar um painel filtrado por desequilíbrio de ligação de 553.581 variantes. A análise de loci de características quantitativas de expressão (eQTL) revelou 36.916 cis-eQTLs e 14.408 trans-eQTLs. A análise de associação identificou três eQTLs associados à espessura de gordura subcutânea (BFT) e 24 à gordura intramuscular (IMF). Seis eQTLs foram encontrados em regiões abertas da cromatina. Posteriormente, selecionamos dois genes (TGM5 e DGK-θ) regulados pelos eQTLs localizados em regiões regulatórias para validar suas funções in vitro utilizando interferência de RNA em células C2C12. Nossas descobertas sugerem que o TGM5 está associado à proliferação de células mioblásticas, enquanto o DGK-θ não apresenta associação com essa característica. Os resultados do presente estudo permitem compreender melhor os mecanismos de expressão gênica envolvidos na regulação de características de carcaça economicamente relevantes
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2024
- Data da defesa: 18.06.2024
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
-
ABNT
GARCIA, Ingrid Soares. Regulatory genomic variants associated with fat traits in Nellore cattle. 2024. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-02082024-144242/. Acesso em: 23 fev. 2026. -
APA
Garcia, I. S. (2024). Regulatory genomic variants associated with fat traits in Nellore cattle (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-02082024-144242/ -
NLM
Garcia IS. Regulatory genomic variants associated with fat traits in Nellore cattle [Internet]. 2024 ;[citado 2026 fev. 23 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-02082024-144242/ -
Vancouver
Garcia IS. Regulatory genomic variants associated with fat traits in Nellore cattle [Internet]. 2024 ;[citado 2026 fev. 23 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-02082024-144242/ - Putative epigenetic regulation mechanisms related to production, carcass and beef quality traits in Nelore cattle
- Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness
- Transcription factors and candidate functional SNPs associated with variation in fatty acid composition from skeletal muscle of pigs
- Novel putative causal mutations associated with fat traits in Nellore cattle uncovered by eQTLs located in open chromatin regions
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.11.2024.tde-02082024-144242 (Fonte: oaDOI API)
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