Seleção de genes para a predição da sobrevida em pacientes com câncer de mama (2024)
- Authors:
- Autor USP: SANTOS, KHENNEDY BACULE DOS - ICMC
- Unidade: ICMC
- Sigla do Departamento: SME
- DOI: 10.11606/D.55.2024.tde-12072024-113349
- Subjects: ANÁLISE DE SOBREVIVÊNCIA; EXPRESSÃO GÊNICA; BIOESTATÍSTICA
- Keywords: Cox model; Dimensionality reduction; Gene expression; Modelo de Cox; Redução de dimensionalidade; Survival analysis
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Milhares de pessoas sofrem com o câncer, tornando-a uma das doenças que mais matam pessoas ao redor do mundo. Esta doença se carateriza por modificações na estrutura do DNA, o que impacta na produção descontrolada das células. Neste estudo abordamos uma predição da sobrevida para pacientes com câncer de mama nos estágios I, II e III, levando em consideração informações clinicas e genéticas. Para isto, o método de Cox, uma regressão capaz de estimar a função de risco, é usada para predizer a sobrevida dos pacientes. Devido a alta dimensionalidade da informação genética e as limitações do modelo Cox, são abordados métodos para a redução dos dados. Abordamos três maneiras para a redução de dimensionalidade, consistindo na penalização lasso na regressão de Cox, seleção por similaridade na expressão genética, com o algoritmo de agrupamento K-means, e a redução da dimensionalidade por meio da rede neural AutoEncoder, baseado nos grupos de similaridade. A partir dos experimentos, constatamos que a informação genética colabora para a criação de melhores preditores, em que as três abordagens de redução da dimensionalidade, apresentaram um melhor C-index, quando comparado ao método abordando apenas informações clinicas. Ao decorrer desta pesquisa, também verificamos que o material genético, além de aumentar o risco da sobrevida em alguns casos, há ocorrência do efeito de proteção. Ao final, propomos baseado nos resultados obtidos, uma possível evolução para a criação de um métodocapaz de otimizar o erro na predição da sobrevida, interpretar suas decisões e lidar com a alta dimensionalidade dos dados.
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2024
- Data da defesa: 10.05.2024
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
SANTOS, Khennedy Bacule dos. Seleção de genes para a predição da sobrevida em pacientes com câncer de mama. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-12072024-113349/. Acesso em: 04 ago. 2025. -
APA
Santos, K. B. dos. (2024). Seleção de genes para a predição da sobrevida em pacientes com câncer de mama (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-12072024-113349/ -
NLM
Santos KB dos. Seleção de genes para a predição da sobrevida em pacientes com câncer de mama [Internet]. 2024 ;[citado 2025 ago. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-12072024-113349/ -
Vancouver
Santos KB dos. Seleção de genes para a predição da sobrevida em pacientes com câncer de mama [Internet]. 2024 ;[citado 2025 ago. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-12072024-113349/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.55.2024.tde-12072024-113349 (Fonte: oaDOI API)
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