Investigação do potencial genômico funcional da cianobactéria Capilliphycus salinus ALCB114379 e sua diversidade microbiana (2024)
- Authors:
- Autor USP: PASSOS, GABRIEL SCHIMMELPFENG - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LCB
- DOI: 10.11606/D.11.2024.tde-04042024-092500
- Subjects: CYANOPHYTA; FIXAÇÃO DE NITROGÊNIO; GENÔMICA; METABOLISMO SECUNDÁRIO
- Keywords: Culturas não axênicas; Microbioma associado
- Language: Português
- Abstract: As cianobactérias, organismos procarióticos de morfologia variada, destacam-se por sua eficiente adaptação a diferentes ambientes, atribuída à produção diversificada de metabólitos secundários e exopolissacarídeos (EPSs). Formas filamentosas, como Capilliphycus salinus ALCB114379, em conjunto com a influência da matriz de EPS, possibilitam a associação de microrganismos a esse hospedeiro cianobacteriano. Este organismo marinho, classificado recentemente como linhagem referência e pertencente à ordem Oscillatoriales, não dispõe de genoma em bancos de dados. Este estudo investigou as características genômicas de C. salinus ALCB114379, bem como de sua comunidade microbiana associada. A cianobactéria foi sequenciada utilizando a plataforma PacBio HiFi, e os dados foram analisados com ferramentas genômicas. Apesar da escassez de genomas de linhagens de referência em Oscillatoriales, a ALCB114379 agrupou-se dentro da família Serenicapillariaceae, reforçando sua classificação como Capilliphycus. A análise do genoma revelou uma quantidade expressiva de genes codificantes de proteínas hipotéticas (57,41%), indicando uma diversidade metabólica desconhecida. A mineração do genoma identificou genes biossintéticos de interesse biotecnológico, como aminoácidos do tipo micosporina e microciclamida. Enquanto o primeiro foi validado experimentalmente quanto à produção, o segundo permanece desconhecido. A análise taxonômica da comunidade associada confirmou uma predominância dePseudomonadota, permitindo a montagem do genoma de cinco gêneros distintos para a predição de potenciais interações com seu hospedeiro. A cianobactéria C. salinus ALCB114379 apresentou genes nif para a produção de nitrogenase de molibdênio, sugerindo um potencial para a realização do importante processo de fixação biológica de nitrogênio atmosférico. O agrupamento taxonômico utilizando nifH sugere uma estratégia temporal de fixação de nitrogênio adotada pela cianobactéria. Esses resultados do primeiro genoma de uma linhagem referência de Capilliphycus ampliam o conhecimento sobre a filogenia de Oscillatoriales, de sua diversidade metabólica e potenciais interações com bactérias associadas à linhagem C. salinus ALCB114379
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2024
- Data da defesa: 01.02.2024
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
- Acessar versão aberta:
-
ABNT
PASSOS, Gabriel Schimmelpfeng. Investigação do potencial genômico funcional da cianobactéria Capilliphycus salinus ALCB114379 e sua diversidade microbiana. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2024. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-04042024-092500/. Acesso em: 31 mar. 2026. -
APA
Passos, G. S. (2024). Investigação do potencial genômico funcional da cianobactéria Capilliphycus salinus ALCB114379 e sua diversidade microbiana (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-04042024-092500/ -
NLM
Passos GS. Investigação do potencial genômico funcional da cianobactéria Capilliphycus salinus ALCB114379 e sua diversidade microbiana [Internet]. 2024 ;[citado 2026 mar. 31 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-04042024-092500/ -
Vancouver
Passos GS. Investigação do potencial genômico funcional da cianobactéria Capilliphycus salinus ALCB114379 e sua diversidade microbiana [Internet]. 2024 ;[citado 2026 mar. 31 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-04042024-092500/ - Metagenome-assembled bacterial genomes from long accurate reads associated with Capilliphycus salinus ALCB114379
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