Tese

Aplicação da tecnologia portátil de sequenciamento MinION para análise do metagenoma viral (2023)

• Authors:
  • Zucherato, Victoria Simionatto
  • Slavov, Svetoslav Nanev (Orientador)
• Autor USP: ZUCHERATO, VICTORIA SIMIONATTO - FMRP
• Unidade: FMRP
• Sigla do Departamento: RCM
• DOI: 10.11606/D.17.2023.tde-16102023-115348
• Subjects: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; GENOMAS; VÍRUS; TECNOLOGIAS DA SAÚDE
• Keywords: Metagenômica; Metagenomics; Nanopores; Nanoporos; Optimization; Padronização; Pré-processamento; Pre-processing; Viruses
• Agências de fomento:
  • Financiamento CAPES
  • Financiamento CNPq
  • Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
    Processo FAPESP: 2021/09446-8
• Language: Português
• Abstract: As tecnologias de Sequenciamento de Nova Geração (SNG) mostraram um crescimento acelerado nos últimos anos. Uma das principais aplicações do SNG é a metagenômica, que identifica patógenos emergentes para os quais não há diagnóstico estabelecido. Uma técnica promissora e de custo relativamente baixo é a tecnologia portátil MinION. Um dos maiores problemas da plataforma MinION é a falta de protocolos otimizados (pré-preparo da amostra, concentração viral, extração e amplificação). Portanto, o objetivo desse trabalho é padronizar e otimizar os procedimentos de metagenômica viral aplicados ao sequenciamento de nanoporos. O controle do sequenciamento foi realizado utilizando vírus RNA (bolsa de sangue positiva para HIV, cycle threshold - Ct=25,8) e vírus DNA (citomegalovírus humano cultivado). Estes controles foram utilizados para padronizar os processos de concentração viral, extração e preparo de bibliotecas metagenômicas. Inicialmente, após a degradação enzimática do material do hospedeiro, foi realizada a concentração viral por ultracentrifugação, que foi consequentemente confirmada com microscopia eletrônica de transmissão. Além disso, foi realizada a concentração viral por método químico utilizando poliacrilamida linear. As amostras concentradas foram extraídas com dois kits diferentes a fim de comparação: QIAamp UltraSens Virus (QIAGEN) e High Pure Viral Nucleic Acid Large Volume (Roche Life Science). Em seguida, comparamos diferentes métodos de fragmentação do DNA: fragmentação mecânica (Covaris), fragmentação química (endonucleases), amplificação pelo sistema de primer SMART-9N e amplificação isotérmica sem ligação dos fragmentos. Todas as amostras foram sequenciadas utilizando a flow cell 9.4.1 no dispositivo MinION. Na microscopia eletrônica de transmissão visualizamos várias partículas de HIV (tamanho esperado 80-100 nm)bem como uma abundância de fagos, que mostrou a importância da concentração viral. Em seguida, a análise bioinformática revelou que as amostras concentradas por LPA, extraídas pelo kit QIAamp UltraSens Virus e amplificadas pelo método SMART-9N apresentaram maior abundancia viral e número elevado de leituras dos vírus tidos como controles (HIV e CMV). Portanto, propusemos que a metagenômica por sequenciamento de nanoporos seja feita utilizando esses métodos e concluímos que a padronização de todos os procedimentos de pré-processamento de amostras é crucial para melhores resultados de sequenciamento utilizando a tecnologia MinION, que permitirá sua aplicação na área de metagenômica viral e na descoberta de patógenos virais desconhecidos ou reemergentes
• Imprenta:
  • Publisher place: Ribeirão Preto
  • Date published: 2023
• Data da defesa: 06.06.2023

Informações sobre o DOI: 10.11606/D.17.2023.tde-16102023-115348 (Fonte: oaDOI API)
• Este periódico é de acesso aberto
• Este artigo é de acesso aberto
• URL de acesso aberto
• Cor do Acesso Aberto: gold
• Licença: cc-by-nc-sa

---

How to cite

A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

• ABNT

  ZUCHERATO, Victoria Simionatto. Aplicação da tecnologia portátil de sequenciamento MinION para análise do metagenoma viral. 2023. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-16102023-115348/. Acesso em: 28 dez. 2025.

• APA

  Zucherato, V. S. (2023). Aplicação da tecnologia portátil de sequenciamento MinION para análise do metagenoma viral (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-16102023-115348/

• NLM

  Zucherato VS. Aplicação da tecnologia portátil de sequenciamento MinION para análise do metagenoma viral [Internet]. 2023 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-16102023-115348/

• Vancouver

  Zucherato VS. Aplicação da tecnologia portátil de sequenciamento MinION para análise do metagenoma viral [Internet]. 2023 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-16102023-115348/

Últimas obras dos mesmos autores vinculados com a USP cadastradas na BDPI:

• Seleção de genes de referência para células-tronco mesenquimais endometriais de fluxo menstrual em endometriose
• Molecular identification of the emerging Human Gemykibivirus-2 (HuGkV-2) among Brazilian blood donors
• Comparative metavirome analysis in polytransfused patients
• Merkel cell polyomavirus (MCPyV) DNA prevalence in Brazilian blood donors
• Exploring viral metagenomics in pediatric patients with acute respiratory infections: unveiling pathogens beyond SARS-CoV-2
• Identification of suitable reference genes for mesenchymal stem cells from menstrual blood of women with endometriosis
• Metabarcoding approach to identify bacterial community profiling related to nosocomial infection and bacterial trafficking-routes in hospital environments
• Temporal study of the microbial community flow among internal and external hospital environments