Decoding ubiquitination in the fight against malaria: a network-based exploration of E1-E2-E3 enzyme triples in Plasmodium falciparum (2023)
- Authors:
- Autor USP: CANO, LYANG HIGA - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- DOI: 10.11606/D.95.2023.tde-09012024-171914
- Subjects: MALÁRIA; PLASMODIUM FALCIPARUM; ENZIMAS; EXPRESSÃO GÊNICA
- Keywords: Correspondência E1-E2-E3; E1-E2-E3 matching; Gene co-expression network; Rede de co-expressão gênica; Ubiquitinação; Ubiquitination
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: Plasmodium falciparum é o agente causador da malária, uma doença responsável por um grande número de mortes em todo o mundo. Décadas de pesquisas integradas, abrangendo genômica, transcriptômica, biologia celular e interações com o hospedeiro, têm sido dedicadas ao combate a esse parasita. Como um patógeno intracelular eucariótico, o P. falciparum regula sua atividade proteica por meio do sistema ubiquitina-proteassoma (UPS), orquestrando processos celulares essenciais. A via do UPS opera por meio de uma cascata enzimática de três etapas envolvendo três grupos distintos de enzimas: E1, E2 e E3. Um quebra-cabeça reside na identificação de tríades de enzimas (E1, E2, E3) que colaboram na mesma reação em cadeia durante o ciclo de desenvolvimento intraeritrocítico (IDC) do P. falciparum. Essa busca é importante devido ao entendimento incompleto desse fenômeno e seu potencial impacto no controle da malária. Para enfrentar esse problema, propomos uma abordagem inovadora um modelo de rede de coexpressão gênica (GCN) para a classificação sistemática de tríades de enzimas (E1, E2, E3). Esse modelo, fundamentado na ideia de que genes coexpressos provavelmente estão envolvidos nos mesmos processos biológicos, oferece uma maneira de identificar tríades que operam em conjunto. A eficácia do modelo foi testada em sete conjuntos de dados temporais de transcriptoma de RNA-Seq , cada um representando condições experimentais e estágios temporais distintos durante o IDC.Surpreendentemente, nosso modelo revelou três tríades (E1, E2, E3) que colaboram consistentemente em todos os sete conjuntos de dados, demonstrando uma notável estabilidade em contextos experimentais variados. Essa pesquisa não apenas aprimora nossa compreensão da via do UPS no P. falciparum, mas também lança luz sobre possíveis alvos para o combate à malária. Ao tentarmos decifrar o Código da Ubiquitina, visamos desvendar os mecanismos subjacentes a processos biológicos críticos, contribuindo assim para a luta global contra a malária
- Imprenta:
- Data da defesa: 13.12.2023
- Este periódico é de acesso aberto
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
CANO, Lyang Higa. Decoding ubiquitination in the fight against malaria: a network-based exploration of E1-E2-E3 enzyme triples in Plasmodium falciparum. 2023. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09012024-171914/. Acesso em: 28 dez. 2025. -
APA
Cano, L. H. (2023). Decoding ubiquitination in the fight against malaria: a network-based exploration of E1-E2-E3 enzyme triples in Plasmodium falciparum (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09012024-171914/ -
NLM
Cano LH. Decoding ubiquitination in the fight against malaria: a network-based exploration of E1-E2-E3 enzyme triples in Plasmodium falciparum [Internet]. 2023 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09012024-171914/ -
Vancouver
Cano LH. Decoding ubiquitination in the fight against malaria: a network-based exploration of E1-E2-E3 enzyme triples in Plasmodium falciparum [Internet]. 2023 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09012024-171914/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2023.tde-09012024-171914 (Fonte: oaDOI API)
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