Estudos populacionais e prospecções genômicas de Bothrops insularis (Serpentes, Viperidae): implicações para a conservação (2022)
- Authors:
- Autor USP: OLIVEIRA, IGOR SALLES DE - BIOTECNOLOGIA
- Unidade: BIOTECNOLOGIA
- Subjects: GENÉTICA DE POPULAÇÕES; GENÔMICA; BIODIVERSIDADE; SERPENTES; GENOMAS; DIVERSIDADE GENÉTICA
- Keywords: Endogamia; Endogamy; Genética de populações; Golden-lancehead; Insular; Insular; Jararaca-ilhoa; Mitogenomic; Mitogenômica; Population genetics
- Language: Português
- Abstract: Nas últimas décadas, a Conservação da Biodiversidade tem contribuído para minimizar e evitar processos de extinção, porém a utilização de dados genéticos para a conservação é baixa em alguns grupos taxonômicos, como por exemplo, Serpentes. Adicionalmente, a obtenção de informações genômicas completas das espécies é restrita a poucos grupos e escassa para serpentes brasileiras. Bothrops insularis é uma espécie criticamente em perigo e endêmica da Ilha da Queimada Grande, localizada na costa do estado de São Paulo, cujas informações de genética de população, genoma (nuclear e mitocondrial) completos são ausentes na literatura. Nesse contexto, o presente estudo objetivou acessar e caracterizar informações genéticas acerca de B. insularis a fim de contribuir com dados importantes para sua conservação. O genoma de B. insularis foi recuperado como uma molécula de 1,5 Gpb (67,8 % do genoma predito), com 20X de profundidade de cobertura. Devido à baixa profundidade de cobertura, a integridade do genoma recuperado ainda é baixa (65% de proteínas conservadas) e, apenas, 9% de regiões repetitivas e elementos transponíveis foram acessados. Ainda assim, foi possível realizar a prospecção de 6078 marcadores microssatélites específicos, dos quais 117 foram selecionados para serem testados e caracterizados. A reconstrução do mitogenoma de B. insularis recuperou uma molécula de 17.523 pb, constituída por 13 genes codificantes de proteínas, 22 tRNA, dois rRNA, duas regiões controle, uma região de origem de replicação da fita leve, uma duplicata do tRNA-F e uma região não codificante.A análise comparativa dos mitogenomas de 129 serpentes, incluindo o de B. insularis, permitiu a identificação de 18 mitogenomas. Os rearranjos observados ocorrem em três regiões altamente suscetíveis a mutações e podem estar associados a processos de deleção, duplicação e translocação. A caracterização da diversidade genética de B. insularis em nível populacional, empregando 11 microssatélites heterólogos recuperou: (i) valores baixos (diversidade alélica) e médios (heterozigose) de diversidade genética para as duas populações estudadas ex situ e in situ; (ii) valor significativo do coeficiente de endocruzamento por parentesco para a população in situ; (iii) existência de diferenciação populacional entre as duas populações; e (iv) ausência de correlação entre os agrupamentos genéticos e os pontos amostrados, sugerindo a ocorrência de fluxo gênico entre os indivíduos na população in situ. Além disso, foi possível indicar seis casais prioritários, a fim de evitar a ocorrência de endocruzamento, e clarificar a relação de parentescos incertos de indivíduos da população ex situ. Sob a perspectiva de conservação, se faz necessário monitorar continuamente as populações e proceder à incorporação de novos indivíduos da ilha para a população ex situ (a fim de evitar endocruzamento e adaptação ao cativeiro), bem como garantir a manutenção da similaridade genética entre as populações.Além disso, as análises comparativas dos mitogenomas recuperaram divergências genéticas entre B. insularis e B. jararaca, possivelmente, decorrentes de pressões e processos evolutivos distintos, corroborando a classificação dessa espécie como uma unidade evolutivamente significativa. É recomendável que os dados genéticos obtidos sejam integrados a outros estudos para auxiliar a execução e delimitação de estratégias de conservação para B. insularis
- Imprenta:
- Data da defesa: 31.05.2022
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ABNT
OLIVEIRA, Igor Salles de. Estudos populacionais e prospecções genômicas de Bothrops insularis (Serpentes, Viperidae): implicações para a conservação. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-25102023-130954/. Acesso em: 09 nov. 2024. -
APA
Oliveira, I. S. de. (2022). Estudos populacionais e prospecções genômicas de Bothrops insularis (Serpentes, Viperidae): implicações para a conservação (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-25102023-130954/ -
NLM
Oliveira IS de. Estudos populacionais e prospecções genômicas de Bothrops insularis (Serpentes, Viperidae): implicações para a conservação [Internet]. 2022 ;[citado 2024 nov. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-25102023-130954/ -
Vancouver
Oliveira IS de. Estudos populacionais e prospecções genômicas de Bothrops insularis (Serpentes, Viperidae): implicações para a conservação [Internet]. 2022 ;[citado 2024 nov. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-25102023-130954/
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