Constructing signaling pathways with bioinformatics tools using as model the basal-like breast cell lines overexpressing (MCF10A/CD90+) or silenced (Hs578T/shCD90) for CD90/Thy-1 (2022)
- Authors:
- Autor USP: RAMASAMY, DHARSHNA PRIYA KONDALU - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VCI
- DOI: 10.11606/T.10.2022.tde-02052023-151136
- Subjects: ESPECTROMETRIA DE MASSAS; NEOPLASIAS; PROTEÔMICA
- Keywords: Breast cancer; Mass-spectrometry; Proteomics; Signaling pathways; Triple negative breast cancer
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: O câncer de mama é o câncer mais prevalente entre as mulheres. Entre os subtipos de câncer de mama, o câncer de mama triplo negativo basal-like (TNBC) é o tipo mais agressivo e apresenta o pior prognóstico dentro do subtipo de carcinoma ductal. Devido à falta de alvos moleculares adequados, o diagnóstico e tratamento de pacientes com fenótipo TNBC têm sido um grande desafio. Para entender a biologia do TNBC, nosso laboratório vem estudando a diferença na expressão de CD90/Thy- 1, que é alta na linhagem de células TNBC malignas Hs578T basal-like e baixa na linhagem não maligna MCF10A, investigando o papel do CD90, superexpresso em na linhagem celular epitelial não maligna MCF10A (MCF10A/CD90) e silenciado na linhagem celular altamente maligna Hs578T (Hs578T/CD90sh) com base na abordagem genética funcional. Este estudo prévio mostrou o envolvimento do CD90 em vários processos celulares que participam da transformação maligna. Nesse contexto, com base em uma revisão sistemática da literatura, construímos uma via de sinalização hipotética composta por genes alvos e proteínas associadas com as vias de sinalização em TNBC correlacionadas com CD90. Aplicamos a abordagem proteômica baseada em espectrometria de massa quantitativa para identificar as proteínas diferenciais em células epiteliais mamárias MCF10A e células cancerosas Hs578T não interferidas para CD90 (células parentais controles) e linhagens celulares funcionalmente modificadas com CD90 (MCF10A/CD90+ e Hs578T/CD90sh).Os dados proteômicos foram analisados usando abordagens de bioinformática a jusante (MaxQuant e Perseus) para encontrar as proteínas com quantificação alterada em comparação com as respectivas células sem modificação. Ao final foram identificadas quarenta e quatro proteínas expressas diferencialmente (DEPs) em MCF10A superexpressando CD90+ e sessenta e oito proteínas DEPs em na linhagem Hs578T silenciando CD90. Finalmente, a comparação entre proteínas expressas diferencialmente associadas a CD90 com a via de sinalização construída associada a TNBC mostrou a alteração de vias de sinalização como EGFR, VEGFR, HIF1α, WNT, TGF-β e STAT3. Assim, o CD90 pode ser considerado um promissor marcador tumoral para TNBC e indicando novos alvos terapêuticos para interferência
- Imprenta:
- Data da defesa: 13.10.2022
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
RAMASAMY, Dharshna Priya Kondalu. Constructing signaling pathways with bioinformatics tools using as model the basal-like breast cell lines overexpressing (MCF10A/CD90+) or silenced (Hs578T/shCD90) for CD90/Thy-1. 2022. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10132/tde-02052023-151136/. Acesso em: 10 jan. 2026. -
APA
Ramasamy, D. P. K. (2022). Constructing signaling pathways with bioinformatics tools using as model the basal-like breast cell lines overexpressing (MCF10A/CD90+) or silenced (Hs578T/shCD90) for CD90/Thy-1 (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10132/tde-02052023-151136/ -
NLM
Ramasamy DPK. Constructing signaling pathways with bioinformatics tools using as model the basal-like breast cell lines overexpressing (MCF10A/CD90+) or silenced (Hs578T/shCD90) for CD90/Thy-1 [Internet]. 2022 ;[citado 2026 jan. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10132/tde-02052023-151136/ -
Vancouver
Ramasamy DPK. Constructing signaling pathways with bioinformatics tools using as model the basal-like breast cell lines overexpressing (MCF10A/CD90+) or silenced (Hs578T/shCD90) for CD90/Thy-1 [Internet]. 2022 ;[citado 2026 jan. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10132/tde-02052023-151136/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.10.2022.tde-02052023-151136 (Fonte: oaDOI API)
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