O impacto das condições ambientais na diversidade taxonômica e funcional de amebas tecadas (2023)
- Authors:
- Autor USP: RIBEIRO, GIULIA MAGRI - IB
- Unidade: IB
- Sigla do Departamento: BIZ
- DOI: 10.11606/T.41.2023.tde-23102023-180829
- Subjects: BIOINDICADORES; ARSÊNIO; OXIGÊNIO; EXPRESSÃO GÊNICA; DIVERSIDADE FUNCIONAL
- Keywords: Arcellinida; Arcellinida; Arsenic contamination; Árvores filogenéticas; Baixo oxigênio; Bioindicadores; Bioindicators; Contaminação por arsênio; Gene expression profiling; Low oxygen; Metabarcoding; Metabarcoding; Metabolismos de resistência; Perfil de expressão gênica; Phylogenetic trees; Resistance metabolisms
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Os eucariontes microbianos, incluindo os chamados protistas, desempenham um papel crucial na manutenção dos ecossistemas globais. A qualidade dos ambientes é essencial na definição das comunidades de organismos que os ocupam e é influenciada por fatores como temperatura, salinidade, pH, nveis de oxigênio e a comunidade de organismos já presentes. Os organismos podem impactar positivamente o meio ambiente por meio de processos como decomposição, ciclagem de nutrientes e criação de habitat, enquanto a destruição e a poluição do habitat têm efeitos adversos. As atividades humanas aumentaram a frequência e a intensidade dos estressores ambientais, exacerbando seus efeitos. As amebas tecadas, particularmente do grupo Arcellinida, exibem vários graus de tolerância ao estresse e podem servir como bioindicadores. Este estudo visa compreender as respostas a nvel de comunidade e individual desses organismos a dois estresses especficos: contaminação por arsênico e eutrofização/baixo teor de oxigênio. Este estudo combinou a caracterização funcional por meio de perfis de expressão gênica e compreensão mecanicista e evolutiva usando bioinformática. Demonstramos a expressão constitutiva dos metabolismos de resistência em Arcella uspiensis e sua capacidade de se ajustar a condições estressantes. Através de árvores filogenéticas, demonstramos também as múltiplas rotas de aquisição de genes de resistência ambiental.Além disso, desenvolvemos um pequeno estudo estratégias de metabarcoding para explorar adaptação e resistência ambiental no nvel da comunidade. Ampliamos o banco de dados de marcadores COI e conduzimos um estudo de metabarcoding, obtendo informações sobre a diversidade, biogeografia e potencial de Arcellinida como bioindicadores. Isto porque, identificamos que as propriedades fsico-qumicas dos ambientes amostrados foram importantes determinantes da composição da comunidade de Arcellinida. Além disso, iniciamos o desenvolvimento de técnicas aplicadas, como PCR quantitativo em tempo real (qPCR) dos genes de resistência usando Arcella uspiensis como organismo modelo. A diversidade de estratégias entre as diferentes linhagens na adaptação às condições de arsênico e baixo teor de oxigênio, com variações nos mecanismos de resistência, é crucial para a compreensão das adaptações especficas e suas consequências, particularmente para microrganismos eucarióticos. Concluimos que Arcella uspiensis possui um arcabouço básico de resistência constitutivamente expresso refletindo em sua capacidade de se adaptar a condições estressantes e aumentar as chances de sobrevivência. Também reconhecemos a necessidade de desenvolver o genoma e utilizar Arcella uspiensis como organismo modelo para futuras pesquisas.
- Imprenta:
- Data da defesa: 22.08.2023
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
-
ABNT
RIBEIRO, Giulia Magri. O impacto das condições ambientais na diversidade taxonômica e funcional de amebas tecadas. 2023. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-23102023-180829/. Acesso em: 02 jan. 2026. -
APA
Ribeiro, G. M. (2023). O impacto das condições ambientais na diversidade taxonômica e funcional de amebas tecadas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-23102023-180829/ -
NLM
Ribeiro GM. O impacto das condições ambientais na diversidade taxonômica e funcional de amebas tecadas [Internet]. 2023 ;[citado 2026 jan. 02 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-23102023-180829/ -
Vancouver
Ribeiro GM. O impacto das condições ambientais na diversidade taxonômica e funcional de amebas tecadas [Internet]. 2023 ;[citado 2026 jan. 02 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-23102023-180829/ - Transcriptome sequencing and annotation of the testate amoeba Arcella intermedia: pathway description and gene discovery
- A comparative study indicates vertical inheritance and horizontal gene transfer of arsenic resistance-related genes in eukaryotes
- Survival in a changing world: The role of transcriptomics and the urgent need for genomes to understand Arcellinida’s adaptive capabilities
- Expansion of the cytochrome C oxidase subunit I database and description of four new lobose testate amoebae species (Amoebozoa; Arcellinida)
- Deconstructing difflugia: the tangled evolution of lobose testate amoebae shells (Amoebozoa: Arcellinida) illustrates the importance of convergent evolution in protist phylogeny
- Re-evaluating evidence for giant genomes in amoebae
- Amoebozoan testate amoebae illuminate the diversity of heterotrophs and the complexity of ecosystems throughout geological time
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.41.2023.tde-23102023-180829 (Fonte: oaDOI API)
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