Co-evolução de Coronavirus Aviário (AvCoV) e hospedeiros aviários com base na utilização de códons (2021)
- Authors:
- Autor USP: CLAVIJO, NELSON FERNANDO SANTANA - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VPS
- DOI: 10.11606/T.10.2021.tde-26052023-094837
- Subjects: AVIÁRIOS; CORONAVIRUS; SELEÇÃO NATURAL
- Keywords: AvCoV; Co-evolution; Codon usage; Natural selection
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: O Coronavirus aviário (AvCoV) é o agente causal da bronquite infecciosa das galinhas, uma doença que ocasiona grandes perdas econômicas na indústria avícola, que também pode ter como hospedeiro outras espécies de aves domésticas e selvagens. O AvCoV tem uma distribuição mundial e uma ampla variabilidade genética que resulta em distintas linhagens, levando a doença respiratória, entérica, reprodutiva ou renal. A co-evolução do sistema Coronavirus/ hospedeiro é amplamente conhecida em termos de receptores, transmissão, patogenia, resposta imune, genética de populações e filogenia, mas os estudos baseados na utilização de códons são escassos. Para o presente trabalho, foram obtidas do Genbank 57 sequencias de genoma completo do AvCoV de diferentes regiões do mundo que representar os diferentes genótipos e subtipos; os genomas foram divididos por regiões codificantes e genes para serem analisados e utilizadas para gerar indicadores do uso de códons como uso relativo de códons sinônimos, construções filogenéticas, índice de adaptação codônica e o número efetivo de códons. Os resultados obtidos mostraram que, considerando A. cygnoides, A. platyrhynchus e F. peregrinus, linhagens de AvCoV possuem um alto fitness no uso de códons nos mRNAs de renina, proteína da zona pelúcida e surfactante pulmonar respetivamente, além de não terem sido encontrados padrões de segregação na utilização de códons, sendo a força dominante sobre a evolução do AvCoV a seleção natural. O AvCoV apresentouum uso de códons pouco enviesado (Nc>45) e foi evidenciado que, com base no uso de códons, o AvCoV poderia se replicar com sucesso nos diferentes hospedeiros deste estudo
- Imprenta:
- Data da defesa: 28.01.2021
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
CLAVIJO, Nelson Fernando Santana. Co-evolução de Coronavirus Aviário (AvCoV) e hospedeiros aviários com base na utilização de códons. 2021. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26052023-094837/. Acesso em: 02 jan. 2026. -
APA
Clavijo, N. F. S. (2021). Co-evolução de Coronavirus Aviário (AvCoV) e hospedeiros aviários com base na utilização de códons (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26052023-094837/ -
NLM
Clavijo NFS. Co-evolução de Coronavirus Aviário (AvCoV) e hospedeiros aviários com base na utilização de códons [Internet]. 2021 ;[citado 2026 jan. 02 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26052023-094837/ -
Vancouver
Clavijo NFS. Co-evolução de Coronavirus Aviário (AvCoV) e hospedeiros aviários com base na utilização de códons [Internet]. 2021 ;[citado 2026 jan. 02 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26052023-094837/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.10.2021.tde-26052023-094837 (Fonte: oaDOI API)
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