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Tese

Perfil molecular das vias de sinalização dos carcinomas de pulmão de células não pequenas por Sequenciamento de Nova Geração (NGS) com ênfase à Transição Epitélio Mesenquimal (EMT) (2023)

  • Authors:
  • Autor USP: RUGOLO, JULIANA MACHADO - FM
  • Unidade: FM
  • DOI: 10.11606/T.5.2023.tde-09052023-120416
  • Subjects: BIOINFORMÁTICA; BIOMARCADORES; MORTALIDADE
  • Keywords: Biomarkers; Carcinoma non-small-cell lung; Computational biology; High-throughput nucleotide sequencing; Mortality; Precision medicine
  • Language: Português
  • Abstract: O câncer de pulmão (CP) é um dos tumores malignos mais comuns e uma das principais causas de morte relacionada ao câncer no mundo. O CP é classificado histologicamente em dois grupos: Carcinoma Pulmonar de Pequenas Células (CPPC) e Carcinoma Pulmonar de Células não Pequenas (CPCNP), sendo este o responsável por 85% dos carcinomas primários de pulmão. Um dos principais desafios do CP é o seu diagnóstico tardio, no qual a doença se encontra em estágio avançado impedindo o tratamento curativo. Uma melhor compreensão da patogênese da doença é necessária para auxiliar o diagnóstico, a seleção do melhor tratamento e o desenvolvimento de novas modalidades terapêuticas, a fim de melhorar os resultados do paciente. Com o advento da tecnologia do Sequenciamento de Nova Geração (NGS) uma compreensão abrangente da patogênese molecular da doença foi alcançada e novos biomarcadores emergiram para auxiliar no manejo da doença, oferecendo terapias eficazes e menos tóxicas. O objetivo geral deste trabalho foi avaliar o perfil de alteração genética em CPCNP utilizando a técnica de NGS, principalmente, a alteração de genes envolvidos no processo biológico conhecido como Transição Epitélio Mesenquimal (EMT). Os objetivos específicos foram: Traçar o perfil imunológico do CPCNP utilizando a imunofluorescência multiplex e correlacionar os achados com o perfil de alteração genética relacionado à EMT; Investigar a influência de variantes não-codificantes do gene PD-L1 em amostras de CPCNP ecorrelacionar com expressão proteica e as características clinicopatológicas; Estimar a frequência de mutação no gene EGFR, com destaque para as mutações de significado clínico incerto no CPCNP. A extração de DNA total de 70 amostras de CPCNP foi realizada a partir do kit QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany). A qualidade das amostras foi avaliada utilizando Qubit® 3.0 Fluorometer (Invitrogen, Life Technologies, CA, USA). O sequenciamento foi realizado através da plataforma de NGS Illumina MiSeq V2 (2x 150, paired-end) e as bibliotecas genômicas foram construídas a partir do TruSeq Custom Amplicon v1.5 kit (TSCAP, Illumina, SanDiego, CA). Variantes genéticas com frequência populacional maior que 1% (popfreq_all >0,01) foram consideradas variantes germinativas e menor que 1% foram classificadas como variantes somáticas. As variantes encontradas foram comparadas com resultados depositados em bancos de dados públicos. Os resultados obtidos para cada objetivo específico foram compilados em três artigos. Artigo 1) Foram encontradas frequências semelhantes de mutações nos genes codificadores de proteínas de checkpoint imunológico e genes relacionados à EMT em nossa coorte e na coorte do TCGA. Os genes mais frequentemente mutados em nossa coorte foram ZEB2 (n = 10; 14%), MMP2 (n = 4; 6%), ZEB1 (n = 2; 3%), CDH1 (n = 2; 3%) e CD44 (n = 2; 3%), todos envolvidos em EMT. Além disso, a variante CTLA4 rs231775 com genótipo AA foi associada a menor sobrevida global (SG), quandocomparado ao alelo G (HR = 2,091, IC de 95% = 0,233-2,219, P = 0,05). Artigo 2) As variantes de PD-L1 estudadas não interferiram na expressão da proteína, no entanto, as variantes rs4742098A>G, rs4143815G>C e rs7041009G>A foram associadas à recidiva da doença (P=0,01; P=0,05; P=0,02, respectivamente). No modelo de regressão de Cox, o genótipo GG da variante rs7041009 influenciou a SG (P
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 31.01.2023
    • Acesso à fonteAcesso à fonteDOI
    Informações sobre o DOI: 10.11606/T.5.2023.tde-09052023-120416 (Fonte: oaDOI API)
    • Este periódico é de acesso aberto
    • Este artigo NÃO é de acesso aberto
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      RUGOLO, Juliana Machado. Perfil molecular das vias de sinalização dos carcinomas de pulmão de células não pequenas por Sequenciamento de Nova Geração (NGS) com ênfase à Transição Epitélio Mesenquimal (EMT). 2023. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-09052023-120416/. Acesso em: 29 jan. 2026.

    • APA

      Rugolo, J. M. (2023). Perfil molecular das vias de sinalização dos carcinomas de pulmão de células não pequenas por Sequenciamento de Nova Geração (NGS) com ênfase à Transição Epitélio Mesenquimal (EMT) (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-09052023-120416/

    • NLM

      Rugolo JM. Perfil molecular das vias de sinalização dos carcinomas de pulmão de células não pequenas por Sequenciamento de Nova Geração (NGS) com ênfase à Transição Epitélio Mesenquimal (EMT) [Internet]. 2023 ;[citado 2026 jan. 29 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-09052023-120416/

    • Vancouver

      Rugolo JM. Perfil molecular das vias de sinalização dos carcinomas de pulmão de células não pequenas por Sequenciamento de Nova Geração (NGS) com ênfase à Transição Epitélio Mesenquimal (EMT) [Internet]. 2023 ;[citado 2026 jan. 29 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-09052023-120416/

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