Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre (2022)
- Authors:
- Autor USP: FRANCO, RAQUEL RIYUZO DE ALMEIDA - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- DOI: 10.11606/T.95.2022.tde-14022023-130156
- Subjects: MICROBIOLOGIA; BUGIO; BIOINFORMÁTICA
- Keywords: Allouata spp; Howler monkeys; Lactobacillus gorillae; MAGs; Metagenoma; Metagenome; Microbioma; Microbiome; Pseudochrobactrum spp
- Language: Português
- Abstract: O microbioma intestinal é um ambiente complexo e desempenha um papel fundamental na fisiologia e no metabolismo do hospedeiro. O microbioma intestinal de macacos bugios da espécie Alouatta pigra tem sido investigado, mas pouco se sabe sobre o microbioma de bugios das espécies Alouatta caraya (bugio-preto-e-ruivo) e Alouatta guariba clamitans (bugio-ruivo). Nesta tese de doutorado investigamos o microbioma fecal de macacos bugios, de cativeiro e vida livre, da espécie A. caraya e A. guariba clamitans utilizando abordagens dependentes e independentes de cultivo. A partir do material fecal foi estabelecida e caracterizada uma coleção de isolados cultiváveis, dos quais dois foram selecionados para sequenciamento genômico completo. A análise genômica aponta o isolado HMB01 como forte candidato a nova espécie do gênero Pseudochrobactrum enquanto o isolado HMB02 corresponde à espécie Limosilactobacillus gorillae e possui características genômicas essenciais para um organismo probiótico. A composição bacteriana da microbiota fecal foi acessada do sequenciamento de amplicons (região V3-V4) do gene do rRNA 16S e de metagenômica shotgun de 25 amostras de fezes de indivíduos de cativeiro e de vida livre coletadas em diferentes épocas entre 2013 e 2016. As análises indicaram uma clara separação entre amostras de bugios de cativeiro e bugios de vida livre, em termos de composição microbiana e categorias funcionais COG. O grupo de vida livre apresentou a diversidade alfa (FaithPD)relativamente maior quando comparamos com indivíduos de cativeiro. Em ambos os grupos, os filos mais abundantes foram Bacteroidetes e Firmicutes. Em indivíduos de vida livre foi observado maior abundância relativa e prevalência de táxons relacionados a saúde do hospedeiro como as famílias Prevotellaceae e Ruminoccoccae; os gêneros Prevotella e Ruminococcus e a espécie Faecalibacterium prausnitzii. No grupo cativo os táxons Succinivibrio, Treponema 2 e Prevotella 9 apresentaram maior abundância relativa (p<0,05). Recuperamos 58 genomas a partir de dados de metegenômica MAGs, destes, 26 apontam para potenciais novas espécies bacterianas, a maioria deles (n=21) recuperados de bugios de vida livre, revelando novidades taxonômicas e genomas específicos do hospedeiro, enquanto os MAGs de bugios de cativeiro foram taxonomicamente classificados em grupos mais conhecidos Não encontramos diferença significativa na degradação de biomassa e a produção de SCAFs entre os dois grupos, mas a presença de enzimas degradadoras de biomassa e enzimas relacionadas a produção de acetato e butirato nos MAGs, indicam a presença de uma comunidade bacteriana enriquecida em produtoras de SCAFs. A busca por genes de resistência a antibióticos (ARGs) indicou que a microbiota de bugios de cativeiro carrega mais genes de resistência a antibióticos quando comparado a bugios de vida livre. Por fim, neste trabalho mostramos que a compreensão completa do microbioma intestinal de animais de cativeiro e vida livre pode nos fornecer novas informações para identificação de novas espécies e o entendimento do papel funcional que esta microbiota desempenha na saúde do hospedeiro pode auxiliar numa reintrodução bem-sucedida de animais de cativeiro em seu habitat natural.
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- Data da defesa: 16.12.2022
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- Cor do Acesso Aberto: gold
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ABNT
FRANCO, Raquel Riyuzo de Almeida. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. 2022. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14022023-130156/. Acesso em: 22 maio 2025. -
APA
Franco, R. R. de A. (2022). Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14022023-130156/ -
NLM
Franco RR de A. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre [Internet]. 2022 ;[citado 2025 maio 22 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14022023-130156/ -
Vancouver
Franco RR de A. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre [Internet]. 2022 ;[citado 2025 maio 22 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14022023-130156/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.95.2022.tde-14022023-130156 (Fonte: oaDOI API)
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