Análise de interações proteicas via SAXS e simulações de Monte Carlo (2022)
- Authors:
- Autor USP: TANOUYE, FERNANDO TAKESHI - IF
- Unidade: IF
- Sigla do Departamento: FAP
- DOI: 10.11606/T.43.2022.tde-06022023-153216
- Subjects: FÍSICA COMPUTACIONAL; FÍSICA EXPERIMENTAL; BIOFÍSICA; ESPALHAMENTO DE RAIOS X A BAIXOS ÂNGULOS
- Keywords: INTERAÇÃO; INTERACTION; MONTE CARLO; PROTEÍNAS; PROTEINS; SAXS
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Proteínas são polímeros de aminoácidos envolvidos em praticamente todas as funções metabólicas dos seres vivos. Em seu contexto natural de atuação, ou mesmo em aplicações biotecnológicas, elas frequentemente se encontram imersas em ambientes altamente concentrados - no meio intracelular, por exemplo, há cerca de 50-400 g/L de proteínas totais. Nessas condições, o estudo das interações proteína-proteína é fundamental para a compreensão dos fatores que determinam a sua estabilidade. Neste projeto, propomos a realização de experimentos de espalhamento de raios-X a baixos ângulos (SAXS) para o estudo das interações proteicas em sistemas simples e misturas de lisozima e albumina de soro bovino (BSA), duas proteínas modelo bastante conhecidas na literatura. Esta técnica nos permitiu, juntamente com uma abordagem teórica para os potenciais de interação, avaliar os efeitos das mudanças de concentração, temperatura e força iônica nas amostras. A análise teve como foco a modelagem do fator de estrutura por meio do potencial Hard-Sphere Double-Yukawa (HSDY) sob a relação de fechamento RPA. Outra abordagem utilizada foi a realização de simulações de Monte Carlo, nas quais representamos as proteínas por meio de esferas duras carregadas (modelo primitivo). Num primeiro momento, realizamos simulações para testar a validade e a coerência do modelo HSDY/RPA empregado nos ajustes, o qual apresentou diversas limitações.Em seguida, propomos um novo método para o ajuste das curvas experimentais por meio de simulações do fator de estrutura com Monte Carlo. Este método se mostrou bastante viável e capaz de modelar as curvas de espalhamento, tanto das soluções simples quanto das misturas binárias, além de evitar os erros de aproximação decorrentes das relações de fechamento. Assim, pudemos descrever o comportamento das proteínas e obter informações complementares que não seriam acessíveis somente pela técnica de SAXS
- Imprenta:
- Data da defesa: 18.11.2022
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
TANOUYE, Fernando Takeshi. Análise de interações proteicas via SAXS e simulações de Monte Carlo. 2022. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/43/43134/tde-06022023-153216/. Acesso em: 02 out. 2024. -
APA
Tanouye, F. T. (2022). Análise de interações proteicas via SAXS e simulações de Monte Carlo (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/43/43134/tde-06022023-153216/ -
NLM
Tanouye FT. Análise de interações proteicas via SAXS e simulações de Monte Carlo [Internet]. 2022 ;[citado 2024 out. 02 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/43/43134/tde-06022023-153216/ -
Vancouver
Tanouye FT. Análise de interações proteicas via SAXS e simulações de Monte Carlo [Internet]. 2022 ;[citado 2024 out. 02 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/43/43134/tde-06022023-153216/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.43.2022.tde-06022023-153216 (Fonte: oaDOI API)
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