Análise de agrupamento de dados de expressão gênica e sua aplicação para o entendimento da relação entre progesterona e diabetes gestacional (2022)
- Authors:
- Autor USP: SANTOS, LARA MARINELLI DATIVO DOS - EACH
- Unidade: EACH
- DOI: 10.11606/D.100.2022.tde-20122022-113123
- Subjects: EXPRESSÃO GÊNICA; PROGESTERONA; DIABETES MELLITUS
- Keywords: Agrupamento; Análise de enriquecimento funcional; Benchmark; Clustering; Dados de expressão gênica; Functional enrichment analysis; Gene expression data; Microarrays
- Language: Português
- Abstract: Devido ao crescente uso farmacológico de progestógenos ao longo da gravidez para a prevenção do parto prematuro, a relação entre esses hormônios e o diabetes gestacional requer atenção. A morte de células beta-pancreáticas está associada aos diabetes tipo I e tipo II, mas ainda precisa ser melhor compreendida no contexto do diabetes gestacional. Para investigar este problema, experimentos de microarray foram conduzidos com células da linhagem RINm5F submetidas à progesterona em três doses (0,1 M, 1 M e 100 M) e dois tempos (6h e 24h). A análise de agrupamento em dados de expressão gênica é amplamente utilizada para auxiliar no entendimento da função dos genes e tem sido consistentemente aplicada na literatura. No entanto, diante da variedade de técnicas de agrupamento existentes, a escolha daquela mais adequada a determinado problema torna-se um desafio. O estudo desenvolvido por Saelens, Cannoodt e Saeys, em 2018, buscou preencher tal lacuna avaliando, segundo índices de validação externa e com base em módulos conhecidos, vários métodos de agrupamento e propondo uma metodologia para a realização de estudos comparativos que envolvam detecção de módulos em dados de expressão gênica. No entanto, em cenários do mundo real, o pesquisador muitas vezes só tem à sua disposição os índices de validação internos, não dispondo de módulos conhecidos a respeito dos genes, como no caso do presente trabalho.Desta forma, para proceder com a análise de agrupamento dos dados das células beta-pancreáticas submetidas à progesterona, fez-se necessário estender o estudo mencionado para incluir índices de avaliação internos, de modo a selecionar a técnica e os parâmetros adequados ao problema. Ao fim dos experimentos, foram selecionados para a análise de enriquecimento funcional os resultados de agrupamento de acordo com as pontuações baseadas nos índices de validação externos e internos. Do ponto de vista da compreensão do problema, o resultado mais significativo foi aquele obtido por meio de índices internos, revelando que o gene TXNIP é relevante para a compreensão do diabetes gestacional
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- Data da defesa: 24.10.2022
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- Cor do Acesso Aberto: gold
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ABNT
SANTOS, Lara Marinelli Dativo dos. Análise de agrupamento de dados de expressão gênica e sua aplicação para o entendimento da relação entre progesterona e diabetes gestacional. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-20122022-113123/. Acesso em: 10 jan. 2026. -
APA
Santos, L. M. D. dos. (2022). Análise de agrupamento de dados de expressão gênica e sua aplicação para o entendimento da relação entre progesterona e diabetes gestacional (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-20122022-113123/ -
NLM
Santos LMD dos. Análise de agrupamento de dados de expressão gênica e sua aplicação para o entendimento da relação entre progesterona e diabetes gestacional [Internet]. 2022 ;[citado 2026 jan. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-20122022-113123/ -
Vancouver
Santos LMD dos. Análise de agrupamento de dados de expressão gênica e sua aplicação para o entendimento da relação entre progesterona e diabetes gestacional [Internet]. 2022 ;[citado 2026 jan. 10 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-20122022-113123/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.100.2022.tde-20122022-113123 (Fonte: oaDOI API)
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