Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistosonoma mansoni (2022)
- Authors:
- Autor USP: MARTINS, EDUARDO CHEROBIN - IFSC
- Unidade: IFSC
- Sigla do Departamento: FCI
- DOI: 10.11606/D.76.2022.tde-16022023-162317
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; SCHISTOSOMA MANSONI
- Keywords: Bioinformatics; Retrotransposons
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Elementos de transposição (TEs) constituem grande parte dos genomas eucarióticos e podem influenciar de maneira significativa as atividades genômicas. Observações prévias de colinearidade entre elementos transponíveis e genes downstream próximos levantaram o questionamento sobre um possível padrão de inserção envolvendo TEs não-LTR da família CR1, presentes em S. mansoni. Neste contexto, utilizando ferramentas de bioinformática, foram analisados dados de sequenciamento em larga escala do genoma de S. mansoni, juntamente com dados de RNA-seq e CHIP-seq, a fim de avaliar as regiões em que as cópias desses elementos estão inseridas. Estas análises buscaram verificar a existência de tendências quanto à localização relativa entre inserções e genes, níveis de transcrição de genes próximos e localização de regiões ricas em histonas com modificações epigenéticas. Parte significativa das cópias de elementos do clado CR1 foram encontradas sendo colineares a genes downstream e próximas a genes com transcrição acima do esperado para inserções ao acaso, o que pode significar alguma preferência de inserção para tais regiões. Além disso, elementos do clado CR1 com região codificante de um domínio PHD foram encontrados com população significativa a uma distância de menos de 1000 pb de histonas com a modificação H3K4me3, a qual é reconhecida pelo domínio PHD. Este resultado sugere um possível direcionamento das inserções destes TEs, mediado pelo domínio PHD, embora análises de inserções denovo sejam necessárias para verificar esta hipótese. O entendimento dessas influências poderá ajudar a compreender o genoma do parasito e um possível mecanismo de direcionamento de inserções para regiões de histonas com a modificação H3K4me3, se comprovada a relação
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2022
- Data da defesa: 30.11.2022
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
-
ABNT
MARTINS, Eduardo Cherobin. Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistosonoma mansoni. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-16022023-162317/. Acesso em: 13 fev. 2026. -
APA
Martins, E. C. (2022). Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistosonoma mansoni (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-16022023-162317/ -
NLM
Martins EC. Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistosonoma mansoni [Internet]. 2022 ;[citado 2026 fev. 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-16022023-162317/ -
Vancouver
Martins EC. Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistosonoma mansoni [Internet]. 2022 ;[citado 2026 fev. 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-16022023-162317/ - Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistossoma mansoni
- Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistossoma mansoni
- Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistossoma mansoni
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.76.2022.tde-16022023-162317 (Fonte: oaDOI API)
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