Identificação e análise de co-expressão in sílico de genes codificadores de proteínas associadas a transcrição e de enzimas associadas ao metabolismo de carboidratos em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) da cultivar SP80-3280 (2022)
- Authors:
- Autor USP: ROSSI, VERUSCA SEMMLER - CENA
- Unidade: CENA
- DOI: 10.11606/D.64.2022.tde-29092022-152934
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; BIOLOGIA MOLECULAR VEGETAL; EXPRESSÃO GÊNICA; FILOGENIA; GENES REGULADORES; GENÉTICA MOLECULAR VEGETAL; GENOMAS; REGULAÇÃO GÊNICA
- Keywords: Cana-de-açúcar; CAZymes; Co-expressão; Co-expression; SP80-3280; Sugarcane; TAPs
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: O Brasil é o maior produtor mundial de cana-de-açúcar, sendo o estado de São Paulo responsável por 54,1% da produção na safra 2020/21. As cultivares modernas de cana-de-açúcar (Saccharum spontaneum x Saccharum officinarum) produzem cerca de 80% do açúcar mundial, sendo uma das principais culturas tropicais produtora de etanol e biomassa. A cana-de-açúcar apresenta genoma monoplóide de 900Mbp, altamente polimórfico, com altos níveis de ploidia e aneuploidia, tornando-se altamente complexo. Com os avanços nas tecnologias de sequenciamento, foi possível a geração de dois esboços de genomas do genótipo comercial brasileiro SP80-3280, que foram agrupados e estão sendo estudados no genoma desta cultivar. Identificamos o conjunto putativo completo e não redundante de transcritos que codificam Proteínas Associadas à Transcrição (TAPs) e Enzimas Ativas de Carboidratos (CAZymes) no genoma desta cultivar. Para as TAPs identificamos um total de 100 famílias e 13.504 genes e para as CAZymes 158 famílias e 25.275. Também exploramos o conjunto de dados de RNASeq público da cana-de-açúcar para identificar clusters de genes co-expressos envolvendo TAPs e CAZymes. Identificamos 99 clusters e dentre eles, todos possuem TAPs e CAZymes. Também realizamos a análise de enriquecimento para estes 99 clusters através do Método de Fischer e posteriormente utilizamos um p-value <0.01. Exploramos funcionalmente in sílico os genes em 6 clusters de co-expressão de interesse, obtendo um resultado de 75genes de cana-de-açúcar, sendo 62 genes de 24 famílias de TAPs, e 13 genes de 9 famílias de CAZymes, que possuem ortólogos em Arabidopsis com funções relacionadas a biossíntese da PCW. Também realizamos análises de expansões e contrações de famílias gênicas de TAPs e CAZymes para SP80-3280, juntamente com outras gramíneas de interesse, Oryza sativa, Setaria viridis, Zea mays, Miscanthus sinensis, Brachypodium distachyon, Brachypodium sylvaticum e Brachypodium stacei, onde obtivemos um resultado de 447 expansões para a cana
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2022
- Data da defesa: 05.08.2022
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
-
ABNT
ROSSI, Verusca Semmler. Identificação e análise de co-expressão in sílico de genes codificadores de proteínas associadas a transcrição e de enzimas associadas ao metabolismo de carboidratos em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) da cultivar SP80-3280. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-29092022-152934/. Acesso em: 09 out. 2024. -
APA
Rossi, V. S. (2022). Identificação e análise de co-expressão in sílico de genes codificadores de proteínas associadas a transcrição e de enzimas associadas ao metabolismo de carboidratos em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) da cultivar SP80-3280 (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-29092022-152934/ -
NLM
Rossi VS. Identificação e análise de co-expressão in sílico de genes codificadores de proteínas associadas a transcrição e de enzimas associadas ao metabolismo de carboidratos em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) da cultivar SP80-3280 [Internet]. 2022 ;[citado 2024 out. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-29092022-152934/ -
Vancouver
Rossi VS. Identificação e análise de co-expressão in sílico de genes codificadores de proteínas associadas a transcrição e de enzimas associadas ao metabolismo de carboidratos em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) da cultivar SP80-3280 [Internet]. 2022 ;[citado 2024 out. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-29092022-152934/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.64.2022.tde-29092022-152934 (Fonte: oaDOI API)
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