Avaliação de método molecular para detecção de colonização por carbapenemases comparado com a cultura de vigilância diretamente do swab retal (2021)
- Authors:
- Autor USP: CURY, ANA PAULA - FM
- Unidade: FM
- DOI: 10.11606/T.5.2021.tde-20102021-104729
- Subjects: BACTÉRIAS AERÓBICAS GRAM-NEGATIVAS; TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO MOLECULAR; TESTES DE SENSIBILIDADE MICROBIANA
- Keywords: Carbapenemase genes; Drug resistance microbial, Carbapenem-resistant enterobacterales; Gram-negative aerobic bacteria; Klebsiella pneumoniae carbapenemase, Molecular diagnostic techniques; Microbial susceptibility test; Surveillance culture
- Language: Português
- Abstract: A disseminação global de microrganismos resistentes aos carbapenêmicos é uma preocupação crítica de saúde pública. Novas plataformas moleculares podem detectar genes de carbapenemase em menor tempo que a cultura de vigilância, mas uma avaliação local é essencial. Os objetivos desse estudo foram avaliar o desempenho diagnóstico de uma plataforma automatizada de PCR em tempo real para detecção de genes codificadores de carbapenemases diretamente de swabs retais, correlacionar os resultados moleculares com a cultura de vigilância caracterizando os microrganismos com resutados discrepantes e mensurar as indicações de precaução de contato relacionada a Gram-negativo multirresistentes produtores de carbapenemases a partir de método genotípico e fenotípico. Foi realizado estudo prospectivo de desempenho diagnóstico da plataforma automatizada Gene Xpert® (Cepheid, Sunnyvale, CA) usando o ensaio Xpert-Carba-R® diretamente de swabs retais de pacientes internados nas Unidades de Terapia Intensiva e Transplantados (alto risco) e Pronto Socorro (baixo risco) entre abril e julho de 2016 no Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Os resultados foram comparados com a PCR in house realizada a partir do caldo tioglicolato sem antibiótico provindo da cultura de vigilância de Enterobacterales resistentes aos carbapenêmicos (método de referência). O limite de detecção foi analisado na cultura de vigilância e no Xpert Carba-R® e os valores do threshold cycle foram correlacionados com o PCR in house. Do total de 921 swabs retais, 21% (196) foram do grupo alto risco e 79% (725) do grupo baixo risco. A PCR in house detectou 9,1% (84) de amostras positivas sendo, 77 blaKPC (8,4%), 5 blaVIM (0,5%) e 2 blaNDM (0,2%). O Xpert Carba-R® detectou 9,9% (91) de amostras positivas, sendo 87 blaKPC (9,5%) e 4 blaNDM (0,4%) em até 50 minutos. Dozeamostras, 1,3% (10 blaKPC, 2 blaNDM) foram positivas somente no Xpert Carba-R® e apresentaram Threshold cycle >30. Cinco amostras (0,5%), foram positivas para blaVIM apenas pelo PCR in house e confirmados como blaVIM-2 por sequenciamento de DNA. A acurácia do Xpert Carba-R® foi de 98,2%, sensibilidade de 94%, especificidade de 98,6%, valor preditivo positivo de 86,8% e negativo de 99,4% e coeficiente Kappa de 0,893. O desempenho diagnóstico foi similar nos dois grupos. A cultura de vigilância foi positiva em 9,3% (86/921) e destas, 23% (20/86) foram negativas para carbapenemases confirmadas por sequenciamento completo do genoma como produtoras de -lactamases de espectro estendido com alteração de permeabilidade. Dentre as 835 culturas negativas, 3% (25) foram positivas para carbapenemases. As culturas foram obtidas em até 120 horas. O limite de detecção para blaKPC foi de 101 UFC/swab nos dois métodos. Do total de 859 pacientes, 111 (13%) estavam colonizados, determinados a partir do método genotípico (n=91) ou fenotípico (n=86). Os resultados positivos concordaram em 59%. O Xpert Carba-R® não detectou 23% das Enterobacterales resistentes a carbapenêmicos e a cultura não detectou 27% dos organismos produtores de carbapenemase. Concluiu-se que o Xpert Carba-R® é um método acurado com um tempo de resposta significantemente menor comparado com a cultura de vigilância e que as duas metodologias são complementares para identificar os pacientes colonizados e otimizar as precauções de contato minimizando possível disseminação horizonta
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- Data da defesa: 27.07.2021
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- Cor do Acesso Aberto: gold
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ABNT
CURY, Ana Paula. Avaliação de método molecular para detecção de colonização por carbapenemases comparado com a cultura de vigilância diretamente do swab retal. 2021. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5160/tde-20102021-104729/. Acesso em: 03 out. 2024. -
APA
Cury, A. P. (2021). Avaliação de método molecular para detecção de colonização por carbapenemases comparado com a cultura de vigilância diretamente do swab retal (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5160/tde-20102021-104729/ -
NLM
Cury AP. Avaliação de método molecular para detecção de colonização por carbapenemases comparado com a cultura de vigilância diretamente do swab retal [Internet]. 2021 ;[citado 2024 out. 03 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5160/tde-20102021-104729/ -
Vancouver
Cury AP. Avaliação de método molecular para detecção de colonização por carbapenemases comparado com a cultura de vigilância diretamente do swab retal [Internet]. 2021 ;[citado 2024 out. 03 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5160/tde-20102021-104729/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.5.2021.tde-20102021-104729 (Fonte: oaDOI API)
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