Perfil de expressão dos circRNAS no câncer colorretal (2022)
- Authors:
- Autor USP: FREITAS, VANESSA GALDENO - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- DOI: 10.11606/D.95.2022.tde-12072022-110643
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; NEOPLASIAS COLORRETAIS; EXPRESSÃO GÊNICA; RNA
- Keywords: Bioinformatics; Câncer colorretal; Circular RNAs; Colorectal cancer; Epigenética; Epigenetics; Gene expression; Metástase; Metastasis; Progressão tumoral; RNAs circulares; Tumor progression
- Language: Português
- Abstract: Os RNAs circulares (circRNAs) são uma nova classe de RNA que forma laços (loops) contínuos fechados covalentemente. Como os RNAs longos e não codificadores, as funções efetivas dos circRNAs dependem principalmente das características de suas sequências e estruturas e há um crescente corpo de papéis funcionais atribuídos aos circRNAs. Por exemplo, os circRNAs atuam como esponjas de microRNAs que modulam indiretamente a expressão gênica de genes codificadores de proteínas. Além disso, a desregulação da expressão de circRNAs têm sido associada a várias patologias humanas, como o câncer. Em termos de expressão, estudos relataram centenas de circRNAs como mais abundantes do que seus correspondentes mRNAs lineares, não apenas nos tecidos, mas também no sangue. O câncer colorretal (CRC) é o terceiro câncer mais diagnosticado e a quarta principal causa de mortes relacionadas ao câncer no mundo. Estudos em linhas de células CRC e tecidos CRC mostram uma redução geral na abundância de circRNA em comparação com tecidos saudáveis, permitindo que as células CRC sejam inesperadas e apresentem proliferação descontrolada, por exemplo. Metodologia: Caracterizamos e estudamos o perfil de expressão dos circRNAs em linhagens de células CRC com o objetivo de entender melhor o papel desses RNAs na tumorigênese e progressão do câncer. Primeiro, os dados de sequenciamento de RNA (RNA-seq) de duas linhas celulares comerciais do mesmo paciente primário e metastático de CRC (SW480 e SW620,respectivamente) foram obtidos a partir de uma plataforma Illumina NextSeq. Em seguida, foram utilizados dois métodos de preparação da biblioteca de sequenciamento de RNA: i) o protocolo padrão sugerido por Illumina; ii) e um protocolo interno para melhorar a detecção de circRNAs. Finalmente, todos os dados de RNA-seq foram alinhados ao genoma de referência (GRCh38) e usados como entrada para identificar circRNAs por meio do algoritmo CircExplorer e outros pipelines de computação internos. As metodologias RSEM e Kallisto também foram usadas para gerar o perfil de expressão gênica de todas as linhagens celulares e preparações de bibliotecas. O pacote do R, edgeR, foi utilizado para normalização e seleção dos genes diferencialmente expressos. Resultados: Nossos resultados mostraram que nosso protocolo interno de preparação da biblioteca de sequenciamento de RNA detectou 70% mais circRNAs do que uma preparação padrão comumente usada. Em seguida, avaliando o número de circRNAs expressos nas linhagens celulares primária (SW480) e metastática (SW620), encontramos 3.991 circRNAs expressos diferencialmente (únicos, FDR 2 ou
- Imprenta:
- Data da defesa: 12.05.2022
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
-
ABNT
FREITAS, Vanessa Galdeno. Perfil de expressão dos circRNAS no câncer colorretal. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-12072022-110643/. Acesso em: 27 jan. 2026. -
APA
Freitas, V. G. (2022). Perfil de expressão dos circRNAS no câncer colorretal (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-12072022-110643/ -
NLM
Freitas VG. Perfil de expressão dos circRNAS no câncer colorretal [Internet]. 2022 ;[citado 2026 jan. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-12072022-110643/ -
Vancouver
Freitas VG. Perfil de expressão dos circRNAS no câncer colorretal [Internet]. 2022 ;[citado 2026 jan. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-12072022-110643/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2022.tde-12072022-110643 (Fonte: oaDOI API)
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
