O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) (2022)
- Authors:
- Autor USP: GOUVEA, NATALIA NAKAMURA - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.11606/D.95.2022.tde-21032022-114006
- Subjects: AGAR; ALGAS; GENOMAS; GENÔMICA; MACROALGAS
- Keywords: Annotation; Anotação; Assembly; Decontamination; Descontaminação; Genome; Genomics; Gracilaria domingensis; Gracilaria domingensis; Montagem; Rhodophyta; Rodófita
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A alga vermelha multicelular Gracilaria domingensis pode ser encontrada ao longo de toda a costa brasileira, e apresenta grande potencial de cultivo e exploração para extração de compostos de interesse industrial. Além disso, as algas vermelhas, que compõem o filo Rhodophyta, são um grupo com papel importante no histórico evolutivo da multicelularidade e fotossíntese, assim como na manutenção de ecossistemas marinhos. No entanto, ainda são poucos os genomas de Rhodophyta publicados. Obter e descrever um genoma inédito é um grande passo para esclarecer seu potencial metabólico e relações evolutivas, além de servir de base para outros estudos analíticos e experimentais. Neste trabalho, o genoma de Gracilaria domingensis foi obtido através da montagem e anotação automática por métodos computacionais, a partir do seu sequenciamento pela plataforma PacBio. O sequenciamento da Gracilaria domingensis gerou 6.011.680 leituras longas, resultando na montagem de 3.332 contigs, totalizando 212 Mpb. Após a montagem foi feito o processo de descontaminação in silico dos contigs, resultando em uma montagem limpa de 78 Mpb, distribuídos em 684 scaffolds, com N50 de 180.332 pb. A anotação estrutural e funcional dos genes foi feita com o uso de diversos softwares e bancos de dados públicos. Foram identificados 11.437 genes codificantes de proteínas, dos quais 38% (4.075) não obtiveram correspondência no banco de dados NCBI-nr, sugerindo se tratarem de proteínas potencialmente desconhecidas.Somada à anotação automática, foram identificados genes relacionados a importantes processos biológicos e produção de metabólitos com interesse industrial, apenas com a anotação in silico do genoma, através de buscas por BLAST. Os resultados da montagens e anotação estrutural e funcional do genoma foram comparados com os de outros genomas de Rhodophyta já publicados, os quais foram reanotados neste trabalho utilizando a mesma metodologia, na tentativa de evitar vieses metodológicos que poderiam impactar as análises comparativas
- Imprenta:
- Data da defesa: 26.01.2022
- Este periódico é de acesso aberto
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
GOUVEA, Natalia Nakamura. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales). 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Gouvea, N. N. (2022). O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/ -
NLM
Gouvea NN. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) [Internet]. 2022 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/ -
Vancouver
Gouvea NN. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) [Internet]. 2022 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2022.tde-21032022-114006 (Fonte: oaDOI API)
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