Designing antivirals against rabies using molecular docking and protein modeling (2021)
- Authors:
- Autor USP: AGUIAR, JOANA ROCHA DA SILVEIRA BARRETO DE - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VPS
- DOI: 10.11606/D.10.2021.tde-13122021-161816
- Subjects: ANTIVIRAIS; HOMOLOGIA; PROTEÍNAS; RAIVA
- Keywords: Antivirals; Docking molecular; Homology; Molecular docking; Proteins; Rabies
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: A raiva é uma doença zoonótica que afeta principalmente a população pobre de países em desenvolvimento. Embora exista uma vacina eficiente contra o vírus, muitas das pessoas nas áreas mais afetadas pela doença podem não ter conhecimento da vacina e de sua necessidade, não conseguem chegar a uma área onde as vacinas estão prontamente disponíveis, ou não podem pagar pelo alto custo da vacinação e da imunoglobulina. Este projeto teve como objetivo encontrar um tratamento potencial para a doença quando ela já atingiu seus estágios mais avançados, de modo que aqueles que não têm acesso à vacinação ainda tenham uma chance de sobreviver à esta doença letal. Este projeto teve como foco a capacidade da bioinformática de encontrar potenciais ligantes que pudessem inativar ou bloquear todas as cinco proteínas ou raiva, de modo que fossem incapazes de se ligar aos receptores do hospedeiro, ou de danificar o sistema imunológico dos pacientes. Todas as cinco proteínas da raiva de dezenove cepas diferentes (noventa e cinco proteínas) foram modeladas por meio de modelagem de homologia, e vinte e seis ligantes que passaram pela regra de cinco de Lipinski foram escolhidos. A primeira etapa de docagem foi docar todas as 95 proteínas por meio de uma docagem cega com cada um dos 26 ligantes para reduzir o número de ligantes e analisar potenciais sítios ativos. Após a conclusão de todos as docagens cegas, foram escolhidos dezessete ligantes para a docagem ativa, que considerou resíduosespecíficos (encontrados na literatura, ferramentas de bioinformática e análise da docagem cega) como potenciais sítios ativos de cada proteína. Os resultados da docagem cega também foram visualizados e analisados quanto às energias de ligação, bem como a localização das conexões. O número de vezes que cada um dos resíduos dos potenciais sítios ativos foi acessado também foi analisado. Os ligantes que tiveram os melhores resultados gerais foram reduzidos a quatro e tiveram suas estruturas e farmacologia analisadas no contexto da infecção por raiva. Os sítios ativos potenciais também foram analisados e limitados aos sítios ativos mais prováveis para cada proteína
- Imprenta:
- Data da defesa: 23.09.2021
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
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-
ABNT
AGUIAR, Joana Rocha da Silveira Barreto de. Designing antivirals against rabies using molecular docking and protein modeling. 2021. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-13122021-161816/. Acesso em: 11 abr. 2026. -
APA
Aguiar, J. R. da S. B. de. (2021). Designing antivirals against rabies using molecular docking and protein modeling (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-13122021-161816/ -
NLM
Aguiar JR da SB de. Designing antivirals against rabies using molecular docking and protein modeling [Internet]. 2021 ;[citado 2026 abr. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-13122021-161816/ -
Vancouver
Aguiar JR da SB de. Designing antivirals against rabies using molecular docking and protein modeling [Internet]. 2021 ;[citado 2026 abr. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-13122021-161816/
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