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Tese

Caracterização molecular e fenotípica de Klebsiella spp. produtoras de NDM (2021)

  • Authors:
  • Autor USP: LIMA, KEILA DE OLIVEIRA - FCF
  • Unidade: FCF
  • Sigla do Departamento: FBC
  • DOI: 10.11606/D.9.2021.tde-23022022-151536
  • Assunto: COMPLEXIDADE
  • Keywords: Aztreonam-avibactam; Aztreonam-avibactam; Ceftazidimaavibactam; Ceftazidimeavibactam; Disk pre-diffusion; Klebsiella pneumoniae; Klebsiella pneumoniae; Klebsiella quasipneumoniae; Klebsiella quasipneumoniae; Klebsiella variicola; Klebsiella variicola; KPC; KPC; NDM; NDM; Pré-difusão
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: O perfil de resistência, que algumas das espécies do complexo Klebsiella pneumoniae podem expressar, representa uma grande ameaça à saúde humana, particularmente quando resistentes aos carbapenêmicos, que são amplamente utilizados no tratamento de infecções graves em pacientes hospitalizados. O principal mecanismo de resistência aos carbapenêmicos é a produção de carbapenemases, particularmente dos tipos KPC e NDM. Um dos compostos desenvolvidos para o tratamento de infecções causadas por cepas produtoras de KPC é a combinação ceftazidimaavibactam (CAZ-AVI), mas que não tem atividade inibitória sobre metalo-betalactamases, a exemplo das NDMs. Os objetivos deste trabalho foram determinar a frequência das espécies do complexo K. pneumoniae e da coprodução de KPC, avaliar a clonalidade dos isolados, a sensibilidade ao aztreonam-avibactam (ATM-AVI), o desempenho do disco de meropenem (MEM) com inibidores para detecção de coprodução de NDM e KPC e desenvolver um teste de triagem para prever a sensibilidade ao ATM-AVI. Um total de 113 isolados do complexo K. pneumoniae produtoras de NDM ou coprodutoras de NDM e KPC, provenientes da coleção de bactérias do Grupo Fleury, coletadas períodos pré e pós início do uso de CAZ-AVI no Brasil, foram utilizadas neste estudo. A identificação da espécie e a presença dos genes ‘bla IND.NDM’ e ‘bla IND.KPC’ foi confirmada por PCR multiplex. A clonalidade dos isolados foi avaliada por eletroforese em campos pulsados (PFGE) após clivagem com XbaI. A produção de carbapenemases foi confirmada utilizando-se o teste Blue Carba. O desempenho dos discos de meropenem e CAZ-AVI contendo um ou mais inibidores de carbapenemases foi comparado com o teste molecular. A pré-difusão combinada foi realizada pré-incubando-se o ágar não inoculado com disco de CAZ-AVI, e a seguir aplicando-se o inóculo bacteriano e um disco de ATMapós remover o disco de CAZ-AVI. Após incubação, os halos foram aferidos e correlacionados com a concentração inibitória mínima para ATM-AVI. As CIMs para ATM e ATM-AVI foram determinadas segundo o EUCAST. A identificação das espécies por PCR evidenciou as seguintes frequências: K. pneumoniae 75,2% (n=85); K. quasipneumoniae 16,8% (n=19), e K. variicola 8% (n=9). Uma fração de 12,4% (n=14) dos isolados apresentaram os genes ‘bla IND.NDM’ e ‘bla IND.KPC’ e 87,6% (n=99) apenas blaNDM. A análise dos perfis de PFGE de K. pneumoniae evidenciou a presença de cinco grupos clonais predominantes. Isolados do principal grupo clonal Ap (n=15) foram detectados nas cidades de São Paulo e Porto Alegre durante todo o período analisado. O grupo clonal Lp foi detectado nas cidades de São Paulo e Recife em 2019. Os dois principais grupos clonais no período pré-CAZ-AVI continham maior número de isolados do que aqueles no período de uso do CAZ-AVI. Os perfis de PFGE de K. quasipneumoniae evidenciaram quatro grupos clonais predominantes, e presentes apenas no estado de São Paulo, com persistência do grupo clonal Aq desde 2017. Quanto à K. variicola, foram observados dois grupos clonais predominantes Av e Bv, o primeiro presente apenas em São Paulo desde 2018 e o segundo em Porto Alegre apenas em 2019. Calculando-se a diferença entre os diâmetros de halo do disco MEM contendo EDTA e ácido fenilborônico (AFB) e o maior dos halos obtidos para MEM com EDTA ou AFB, observou-se que todos os isolados com coexpressão de KPC e NDM apresentaram diferença ≥ 5 mm. Uma fração de 42,3% dos isolados positivos apenas para ‘bla IND.NDM’apresentaram sensibilidade para ATM (CIM ≤ 4 mg/L). Todos os isolados testados apresentaram CIM para ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L, sendo a ‘CIM IND.90’ 0,125/4 mg/l. No teste de pré-difusão combinada, o menor diâmetro de haloobtido foi de 23 mm. A espécie predominante na amostragem foi K. pneumoniae. A disseminação clonal, observada neste estudo, contrasta com a diversidade clonal descrita em outros locais do mundo para produtores de NDM, exceto Grécia e China. Considerando os pontos de corte atuais para ATM, é provável que haja resposta clínica adequada no uso de ATM-AVI no tratamento de infecções causadas por isolados produtores de NDM e coprodutores de KPC e NDM. Utilizando-se o valor de corte de ≤ 5 mm para a diferença entre halos de inibição, de MEM com AFB e EDTA e o segundo maior halo com inibidor, a sensibilidade foi de 100% e a especificidade foi de 96,1,0%. O método de pré-difusão com CAZ-AVI e ATM é um método simples e o diâmetro ≥ 23 mm tem excelente correlação com a CIM para ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 01.12.2021
    • Acesso à fonteAcesso à fonteDOI

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    Status:
    Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
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    Versão publicada (Published version)
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    • ABNT

      LIMA, Keila de Oliveira. Caracterização molecular e fenotípica de Klebsiella spp. produtoras de NDM. 2021. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-23022022-151536/. Acesso em: 01 abr. 2026.

    • APA

      Lima, K. de O. (2021). Caracterização molecular e fenotípica de Klebsiella spp. produtoras de NDM (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-23022022-151536/

    • NLM

      Lima K de O. Caracterização molecular e fenotípica de Klebsiella spp. produtoras de NDM [Internet]. 2021 ;[citado 2026 abr. 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-23022022-151536/

    • Vancouver

      Lima K de O. Caracterização molecular e fenotípica de Klebsiella spp. produtoras de NDM [Internet]. 2021 ;[citado 2026 abr. 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-23022022-151536/

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