Modelagem metabólica da produção de polihidroxialcanoatos com diferentes composições monoméricas por Pseudomonas sp (2019)
- Authors:
- Autor USP: NAHAT, RAFAEL AUGUSTO THEODORO PEREIRA DE SOUZA - Interunidades em Biotecnologia
- Unidade: Interunidades em Biotecnologia
- Subjects: PSEUDOMONAS; BACTÉRIAS AERÓBICAS GRAM-NEGATIVAS; GENÔMICA; FENÓTIPOS; GENÉTICA BACTERIANA
- Keywords: Biopolímeros; Bioprocess optimization; Bioprocessos; Espaços vetoriais; Flux Balance Analysis; Genome-scale metabolic model; Metabolismo celular; Otimização convexa; Polyhydroxyalkanoates; Predictive phenotypic model
- Language: Português
- Abstract: Uma grande base de dados gerados em quimiostato pela linhagem Pseudomonas sp. LFM046, produtora eficiente de polihidroxialcanoatos (PHA), estava disponível e foi utilizada para validar modelos metabólicos preditivos em escala genômica. Visando maximizar o teor de PHA com o controle da sua composição monomérica (e portanto das suas propriedades mecânicas), três etapas foram realizadas. Primeiro, um modelo N-fenotípico foi desenvolvido com base em 3 princípios biológicos e aplicado para selecionar os cultivos que melhor representavam todos os fenotipos possíveis da LFM046. Segundo, uma rede draft em escala genômica gerada automaticamente pelo webservice KBase a partir do genoma, montado pelo software MeDuSa, foi refinada usando dois métodos: o manual, que foi sistematizado e registrado para referencia futura, e o N-GlobalFit, um novo método automático que foi validado como prova-de-conceito. As qualidades preditivas das redes metabólicas refinadas foram avaliadas usando o modelo N-fenotipico. Terceiro, simulações FBA (Flux Balance Analysis) específicas nessas redes confirmaram que a velocidade relativa da síntese de novo de ácidos graxos e afetada por condições de cultivo e determina o teor e a composição do PHA. Os métodos e software desenvolvidos neste trabalho, em colaboração com o grupo de pesquisa francês European Research Team in Algorithms and Biology, formaL and Experimental (ERABLE), foram generalizados a partir do estudo-de-caso da produção de PHA por Pseudomonas sp. LFM046 a fim de estabelecer uma framework de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) transferível para outras linhagens e bioprocessos
- Imprenta:
- Data da defesa: 05.07.2019
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ABNT
NAHAT, Rafael Augusto Theodoro Pereira de Souza. Modelagem metabólica da produção de polihidroxialcanoatos com diferentes composições monoméricas por Pseudomonas sp. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112020-154425/. Acesso em: 29 dez. 2025. -
APA
Nahat, R. A. T. P. de S. (2019). Modelagem metabólica da produção de polihidroxialcanoatos com diferentes composições monoméricas por Pseudomonas sp (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112020-154425/ -
NLM
Nahat RATP de S. Modelagem metabólica da produção de polihidroxialcanoatos com diferentes composições monoméricas por Pseudomonas sp [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 29 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112020-154425/ -
Vancouver
Nahat RATP de S. Modelagem metabólica da produção de polihidroxialcanoatos com diferentes composições monoméricas por Pseudomonas sp [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 29 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112020-154425/
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