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Genomic selection and genome-wide association study with carcass composition indicator traits in Nellore cattle (2021)

  • Authors:
  • Autor USP: SILVA, ROSIANE PEREIRA DA - FZEA
  • Unidade: FZEA
  • Sigla do Departamento: VNP
  • DOI: 10.11606/T.74.2021.tde-27102021-102639
  • Subjects: BOVINOS DE CORTE; GADO NELORE; CARCAÇA; GENÔMICA
  • Agências de fomento:
  • Language: Inglês
  • Abstract: A crescente busca por produção alimentar sustentável tem incentivado uma reestruturação no setor de produção de carne visando obter produtos de melhor qualidade sem aumentar os custos de produção. Deste modo, o melhoramento genético animal tende a melhorar a produtividade econômica das futuras gerações de espécies de interesse econômico por meio da seleção. A maioria das características de interesse econômico na pecuária é de expressão quantitativa e complexa, ou seja, são influenciadas por vários genes e afetadas por fatores ambientais. No entanto, ainda não há consenso entre os pesquisadores sobre a melhor metodologia para a obtenção da predição genômica para cada característica. Existem diferentes métodos e pseudofenótipos utilizados em predições genômicas, sendo necessário determinar o ideal para a característica de interesse. No Capítulo 2, o objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos e identificar regiões genômicas associadas a características de carcaça obtidas por ultrassonografia e escores visuais em bovinos Nelore. Foram utilizados dados de aproximadamente 66.000 animais provenientes da Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Os componentes de variância para espessura de gordura subcutânea (EG), espessura de gordura subcutânea da garupa (EGP8) e área de olho de lombo (AOL) foram estimados considerando um modelo linear, e um modelo de limiar para as características, como estrutura corporal (E), precocidade (P) e musculosidade (M). Assoluções dos SNPs foram estimadas por meio da metodologia ssGBLUP considerando janelas de 10 SNPs adjacentes. Regiões que representaram mais de 1.0% da variância genética aditiva foram utilizadas. A análise de enriquecimento funcional revelou processos biológicos que podem influenciar diretamente o crescimento e desenvolvimento animal. No Capítulo 3, objetivou-se com este estudo comparar a habilidade de predição genômica de características indicadoras de composição de carcaça em bovinos Nelore usando os métodos BLUP, GBLUP, ssGBLUP, métodos Bayesianos (BayesA, BayesB, BayesC e BayesianLASSO) e uma metodologia combinando a matriz de parentesco dos animais genotipados com a matriz genômica e métodos Bayesianos. Foram obtidas informações fenotípicas e genotípicas de aproximadamente 66.000 e 21.000 animais, respectivamente, avaliados pela ANCP para BF, RF, LMA, BS, FP e MS. Para obter a habilidade de predição, o conjunto de dados foi dividido em subconjuntos de treinamento (touros genotipados e mães com progênies) e validação (animais jovens genotipados sem registros de progênies e sem fenótipos). Em relação a habilidade de predição e o viés, os métodos bayesianos foram superiores para as características de escores visuais e o ssGBLUP para as características de carcaça obtidas por ultrassonografia, entretanto, resultados mais tendenciosos foram obtidos para BF e RF quando utilizado o ssGBLUP. O modelo ssGBLUP apresentou predição menos viesada para as características de baixaherdabilidade, como LMA, e também apresentou menor demanda computacional, caracterizado por ser um método que não necesita de cálculo de pseudofenótipos para a implementação da seleção genômica em bovinos de corte. No Capítulo 4, o objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos e identificar regiões genômicas associadas à facilidade de parto (CE) em novilhas Nelore precoces. Um total de 1.277 fenótipos para CE foram coletados e classificados em duas categorias: i- parto não assistido, categorizado como sucesso (1) e ii- parto assistido, no qual as novilhas necessitaram de qualquer forma de assistência ou intervenção para parir, categorizado como falha (2). As estimativas de herdabilidade direta e materna para CE foram baixas (0,18) e moderadas (0,39), respectivamente, indicando que o progresso genético para essa característica é viável e, portanto, responderia favoravelmente à seleção direta. A análise de enriquecimento funcional revelou processos que podem influenciar diretamente os processos fetais envolvidos na gestação e na resposta ao estresse
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 21.07.2021
    • Acesso à fonteAcesso à fonteDOI

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    Status:
    Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
    Versão do Documento:
    Versão publicada (Published version)
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    • ABNT

      SILVA, Rosiane Pereira da. Genomic selection and genome-wide association study with carcass composition indicator traits in Nellore cattle. 2021. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-27102021-102639/. Acesso em: 01 abr. 2026.

    • APA

      Silva, R. P. da. (2021). Genomic selection and genome-wide association study with carcass composition indicator traits in Nellore cattle (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Pirassununga. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-27102021-102639/

    • NLM

      Silva RP da. Genomic selection and genome-wide association study with carcass composition indicator traits in Nellore cattle [Internet]. 2021 ;[citado 2026 abr. 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-27102021-102639/

    • Vancouver

      Silva RP da. Genomic selection and genome-wide association study with carcass composition indicator traits in Nellore cattle [Internet]. 2021 ;[citado 2026 abr. 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-27102021-102639/

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