Estudo genético por microarray em mulheres idosas com fratura vertebral por osteoporose (2020)
- Authors:
- Autor USP: JALES NETO, LEVI HIGINO - FM
- Unidade: FM
- Sigla do Departamento: MOT
- Subjects: COLUNA VERTEBRAL; MULHERES; IDOSOS; OSTEOPOROSE; EXPRESSÃO GÊNICA; BIOINFORMÁTICA
- Keywords: Aged; Análise de sequência com séries de oligonucleotide; Biologia computacional; Computational biology; Fraturas da coluna vertebral; Gene expression; Oligonucleotide array sequence analysis; Osteoporosis; Spinal fractures; Women
- Language: Português
- Abstract: Introdução: As fraturas vertebrais são as manifestações clínicas mais comuns da osteoporose e estão associadas a elevada morbimortalidade. Vários fatores, incluindo história pessoal ou familiar de fraturas, densidade mineral óssea (DMO) e idade aumentam o risco de fraturas. No entanto, o mecanismo molecular subjacente pelo qual esses fatores levam ao aumento do risco não é totalmente compreendido. Portanto, o objetivo deste estudo é identificar possíveis marcadores genéticos moleculares associados a fraturas vertebrais osteoporóticas. Método: A análise de microarray transcriptômico foi realizada em amostras de sangue periférico de mulheres idosas com fratura vertebral (VF) e sem fratura vertebral (NVF), todas com critérios densitométrico de osteoporose. Elas foram pareadas por idade, doenças crônica, uso de medicação crônicas, tabagismo e DMO. O chip de microarray Affymetrix HTA 2.0 foi usado para análise de RNA a partir de amostras de sangue total de pacientes, dos 2 grupos (24 VF vs. 12 NVF). Na análise estatística dos microarrays, aplicamos o modelo de regressão logística com a idade utilizada como covariável. O processamento de dados e análise de genes diferencialmente expressos foram realizados usando os pacotes affy e multtest da bioconductor. Finalmente, a lista de transcrição foi carregada no software Ingenuity Pathway Analysis para explorar e identificar as vias de enriquecimento e funções biológicas. A análise da bioinformática para avaliar a interação gênica foi realizada pelo software cytoscape. As alterações de expressão gênicaforam validadas usando o método qPCR-RT (reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real). Genes com p < 0,01 foram considerados estatisticamente significantes no estudo de microarrays e p < 0,05 na qPCR-RT. Resultados: Comparando os grupos VF e NVF, a análise dos dados de microarray foram identificados 142 genes diferencialmente expressos (DEG), 57 com a expressão aumentada e 85 com a expressão reduzida no grupo com fratura vertebral. Entre os top 10: O DEG com maior expressão foi o Gamma2-Syntrophin (SNTG2) (Beta = 31,88, p < 0,01), o TRAF3IP2 também mostrou uma expressão significativa (Beta = 12,18, p < 0,006). Na análise do enriquecimento da bioinformática foi encontrada as vias de sinalização do mTOR1 (PNO1, PDK1), Adesão focal (ITGA6, TNXB), interação do receptor da matrix extra-celular (ITGA6, GP5, TNXB), da linhagem de células hematopoiéticas (ITGA6, GP5) como vias significativas (p
- Imprenta:
- Data da defesa: 18.09.2020
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ABNT
JALES NETO, Levi Higino. Estudo genético por microarray em mulheres idosas com fratura vertebral por osteoporose. 2020. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5140/tde-28102020-181629/. Acesso em: 09 out. 2024. -
APA
Jales Neto, L. H. (2020). Estudo genético por microarray em mulheres idosas com fratura vertebral por osteoporose (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5140/tde-28102020-181629/ -
NLM
Jales Neto LH. Estudo genético por microarray em mulheres idosas com fratura vertebral por osteoporose [Internet]. 2020 ;[citado 2024 out. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5140/tde-28102020-181629/ -
Vancouver
Jales Neto LH. Estudo genético por microarray em mulheres idosas com fratura vertebral por osteoporose [Internet]. 2020 ;[citado 2024 out. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5140/tde-28102020-181629/
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