Utilização de mineração de dados para avaliação do perfil de expressão e do potencial valor prognóstico de genes identificados em tumores de mama triplo negativos com expressão diferencial de SPARC (Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine) (2020)
- Authors:
- Autor USP: CéSPEDES, ANDRéS GALINDO - FM
- Unidade: FM
- Sigla do Departamento: MDR
- Subjects: NEOPLASIAS MAMÁRIAS; BIOINFORMÁTICA; BIOMARCADORES; MINERAÇÃO DE DADOS
- Keywords: Biologia computacional; Biomarkers; Breast neoplasms; Computational biology; Data mining; Neoplasias de mama triplo negativas; Osteonectin; Osteonectina; Triple negative breast neoplasm
- Language: Português
- Abstract: Introdução e objetivo: De acordo com a classificação molecular do câncer de mama (BC), os tumores TNBC (câncer de mama triplo negativo) prevalecem como o subtipo mais agressivo, representando 10 a 15% de todos os tumores de mama diagnosticados. Além disso, o fato de os pacientes portadores de tumores de TNBC apresentarem respostas desfavoráveis em relação ao comportamento clínico e taxas de recorrência mais altas motivou um número crescente de pesquisas a direcionar a atenção da descoberta de biomarcadores para o contexto do TNBC. Infelizmente, muitos biomarcadores não conseguiram manejar a previsão da doença. Portanto, há um interesse crescente em explorar as capacidades de novas moléculas dentro das populações de TBNC. O presente trabalho tem como objetivo utilizar ferramentas in silico e bancos de dados públicos de câncer disponíveis para avaliar o papel biológico de um conjunto de genes previamente identificado por nosso grupo no subtipo TNBC. Desenho experimental: Uma abordagem em três etapas foi desenvolvida para selecionar novos e potenciais biomarcadores de uma lista de 100 genes diferencialmente expressos, obtidos de um estudo anterior realizado por nosso grupo na comparação do TNBC com expressão diferencal de SPARC. Primeiro, todos os genes foram anotados manualmente usando os bancos de dados NCBI e a literatura científica. Em seguida, os genes restantes foram avaliados quanto à expressão do tumor versus expressão normal e intrínseca do subtipo. Depois disso, umnovo conjunto de genes foi selecionado para avaliar melhor o perfil da expressão e seu significado clínico no TNBC usando dados de três bancos de dados diferentes. Finalmente, o conjunto de genes selecionado foi avaliado de acordo com padrões de expressão, valor prognóstico, alterações genéticas e interações de redes moleculares com ênfase no TNBC. Todos os dados foram obtidos de bancos de dados públicos de câncer e as análises foram realizadas com o R Statistical Package (www.r-project.org/). Resultados e discussão: Cinco de 100 genes foram previstos de acordo com seu desfecho clinico para pior prognóstico, quando regulados positivamente (MESP1, ZNF556, KLHL13), bem como com negativamente (TSPAN8, RIMS2) em pacientes portadores de tumores do tipo basal. Características como desdiferenciação, progressão tumoral e metástase, troncicidade, desregulação no ciclo celular e na matriz extracelular foram encontradas em todos os genes, refletindo assim o estado dos tumores agressivos da mama. Usando esse subconjunto de genes, observamos diferenças significativas na sobrevida em pacientes com câncer de mama nas análises de Kaplan-Meier. Conclusão: Os cinco genes candidatos identificados podem ajudar a revelar os mecanismos moleculares subjacentes ao câncer de mama e fornecer orientações sobre a possível seleção personalizada de esquemas terapêuticos. A abordagem usada neste estudo fornece novos insights para entender melhor o TNBC e outros subtipos de câncer
- Imprenta:
- Data da defesa: 22.06.2020
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ABNT
CÉSPEDES, Andrés Galindo. Utilização de mineração de dados para avaliação do perfil de expressão e do potencial valor prognóstico de genes identificados em tumores de mama triplo negativos com expressão diferencial de SPARC (Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine). 2020. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-27102020-152542/. Acesso em: 08 jan. 2026. -
APA
Céspedes, A. G. (2020). Utilização de mineração de dados para avaliação do perfil de expressão e do potencial valor prognóstico de genes identificados em tumores de mama triplo negativos com expressão diferencial de SPARC (Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine) (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-27102020-152542/ -
NLM
Céspedes AG. Utilização de mineração de dados para avaliação do perfil de expressão e do potencial valor prognóstico de genes identificados em tumores de mama triplo negativos com expressão diferencial de SPARC (Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine) [Internet]. 2020 ;[citado 2026 jan. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-27102020-152542/ -
Vancouver
Céspedes AG. Utilização de mineração de dados para avaliação do perfil de expressão e do potencial valor prognóstico de genes identificados em tumores de mama triplo negativos com expressão diferencial de SPARC (Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine) [Internet]. 2020 ;[citado 2026 jan. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-27102020-152542/
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