Tese

Ferramenta para montagem de sequências genômicas em ambientes de memória compartilhada e distribuída com FPGAs. (2020)

• Authors:
  • Almeida, Felipe Valência de
  • Sato, Liria Matsumoto (Orientador)
• Autor USP: ALMEIDA, FELIPE VALENCIA DE - EP
• Unidade: EP
• Sigla do Departamento: PCS
• Subjects: PROGRAMAÇÃO PARALELA; BIOINFORMÁTICA
• Agências de fomento:
  • Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
• Language: Português
• Abstract: O estudo do genoma vem sendo cada vez mais explorado pela comunidade científica como forma de entender o funcionamento não apenas do ser humano, mas de todos os seres vivos. Para tal, é necessário que exista a montagem do genoma, que é fragmentado em um processo denominado sequenciamento. A montagem do genoma possui alto custo computacional, devido ao grande volume de dados utilizados e às operações de comparação e alinhamento que precisam ser realizadas múltiplas vezes, fazendo com que o tempo de execução varie de poucos minutos a até meses, a depender da infraestrutura computacional. Este trabalho propõe uma ferramenta híbrida, utilizando a implementação de algoritmos tanto em software quanto em hardware para melhorar o desempenho da montagem do genoma. Para tal, é apresentada uma comparação de desempenho de um algoritmo base desenvolvido em diversas versões distintas. Os resultados demonstram que a implementação do algoritmo híbrido em hardware e software resulta em ganhos significativos de desempenho, apontando para as possibilidades de um maior emprego na área.
• Imprenta:
  • Publisher place: São Paulo
  • Date published: 2020
• Data da defesa: 27.11.2020


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How to cite

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• ABNT

  ALMEIDA, Felipe Valência de. Ferramenta para montagem de sequências genômicas em ambientes de memória compartilhada e distribuída com FPGAs. 2020. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-08032021-082733/. Acesso em: 23 jul. 2024.

• APA

  Almeida, F. V. de. (2020). Ferramenta para montagem de sequências genômicas em ambientes de memória compartilhada e distribuída com FPGAs. (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-08032021-082733/

• NLM

  Almeida FV de. Ferramenta para montagem de sequências genômicas em ambientes de memória compartilhada e distribuída com FPGAs. [Internet]. 2020 ;[citado 2024 jul. 23 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-08032021-082733/

• Vancouver

  Almeida FV de. Ferramenta para montagem de sequências genômicas em ambientes de memória compartilhada e distribuída com FPGAs. [Internet]. 2020 ;[citado 2024 jul. 23 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-08032021-082733/

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