Microbial composition of inoculum and mature compost in the São Paulo Zoo composting process assessed through metagenomics (2021)
- Authors:
- Autor USP: GUIMA, SUZANA EIKO SATO - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; COMPOSTAGEM; GENOMAS
- Keywords: 16S rRNA; Degradação; Degradation; Genomas montados a partir de metagenomas; Lignocellulose; MAGs; Metagenome-assembled genomes; rRNA 16S
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: As pilhas de compostagem consistem em um ambiente termofílico que pode conter bactérias e enzimas potencialmente relacionadas à desconstrução lignocelulósica. O inóculo é o material de compostagem em estágio avançado adicionado à matéria orgânica a ser decomposta, enquanto o composto maduro é o produto final da compostagem pronto para ser utilizado como fertilizante. Aqui, apresentamos os resultados da análise do perfil de rRNA 16S e dos genomas montados a partir do metagenoma (MAGs) de amostras de inóculo e composto maduro coletadas de uma instalação de compostagem no Parque Zoológico de São Paulo. Recuperamos 17 MAGs das amostras de inóculo e 16 MAGs das amostras de composto maduro. A variação na abundância ao longo do tempo mostra que esses MAGs provavelmente estão presentes durante todo o processo de compostagem, mesmo que estejam presentes em baixa abundância. Grupos de MAGs podem contribuir para a desconstrução lignocelulósica em diferentes estágios da compostagem. Os genes que codificam celuloses, endohemicelulases e enzimas de degradação de oligossacarídeos estavam distribuídos nos MAGs das amostras de inóculo e de composto maduro. Enzimas da classe de atividades auxiliares foram encontradas especialmente em MAGs recuperados de amostras de composto maduro. O composto maduro pode conter bactérias que desempenham um papel importante na degradação da lignina e, assim, podem ser candidatos potenciais para processos biotecnológicos de degradação da lignocelulose
- Imprenta:
- Data da defesa: 19.01.2021
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ABNT
GUIMA, Suzana Eiko Sato. Microbial composition of inoculum and mature compost in the São Paulo Zoo composting process assessed through metagenomics. 2021. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16022021-122522/. Acesso em: 27 dez. 2025. -
APA
Guima, S. E. S. (2021). Microbial composition of inoculum and mature compost in the São Paulo Zoo composting process assessed through metagenomics (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16022021-122522/ -
NLM
Guima SES. Microbial composition of inoculum and mature compost in the São Paulo Zoo composting process assessed through metagenomics [Internet]. 2021 ;[citado 2025 dez. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16022021-122522/ -
Vancouver
Guima SES. Microbial composition of inoculum and mature compost in the São Paulo Zoo composting process assessed through metagenomics [Internet]. 2021 ;[citado 2025 dez. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16022021-122522/ - How to obtain and compare metagenome-assembled genomes
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