Comparative genomics and phylogenomics of Xylella fastidiosa (2019)
- Authors:
- Autor USP: CAMPOS, GUILLERMO UCEDA - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; GENÔMICA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Keywords: Anotação genômica; Elementos genéticos móveis; Gene de virulência; Genome annotation; GTACG; Mobile genetic elements; Prófago; Prophage; Virulence gene; Xylella fastidiosa
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: A gamaproteobacteria Xylella fastidiosa é transmitida por insetos, restrita ao xilema e agente causal de várias doenças de plantas, principalmente a doença de Pierce de videiras (PD), a clorose variegada dos citros (CVC) e a síndrome do rápido declínio de oliveiras (OQDS). Os dois primeiros genomas completos de X. fastidiosa sequenciados no início dos anos 2000 foram das cepas 9a5c e Temecula1, respectivamente causadoras de CVC e PD. Desde então, os genomas de vários isolados de X. fastidiosa foram sequenciados, os quais são muito semelhantes entre si, independentemente do hospedeiro e/ou da região geográfica de origem dessas cepas. Apesar da disponibilidade desses genomas em bancos de dados públicos, os potenciais determinantes da adaptação do hospedeiro e a heterogeneidade de regiões do prófagos ainda não foram analisados em nível genômico mais amplo. No presente estudo, as CDSs de 46 genomas de X. fastidiosa foram comparadas usando a nova ferramenta computacional GTACG dedicada à análise de genomas de organismos filogeneticamente próximos. Além disso, visando explorar o conteúdo de Elementos Genéticos Móveis (MGE), também foram analisadas as regiões preditas como prófagos, ilhas genômicas e sequências de inserção no cromossomo de X. fastidiosa. Foram encontrados 4942 e 1518 ortólogos no pan- e core-genoma de X. fastidiosa, respectivamente. As árvores filogenômicas mostraram os três clados principais relacionados às subespécies pauca, fastidiosa e multiplex, e os subcladosforam mais relacionados ao sequence type predito e região geográfica de isolamento, enquanto as informações do hospedeiro vegetal tiveram menor relação. A maior parte dos ortólogos relacionados a virulência e patogenicidade foram encontrados no coregenoma de X. fastidiosa. Em um caso, a diversidade de sequência dos ortólogos das adesinas afimbriais XadA1 e XadA3 apresentou relativa congruência com o hospedeiro vegetal. O conteúdo de MGE por genoma variou de 12% a 28% nas 46 cepas de X. fastidiosa analisadas. A média de regiões de prófagos e ilhas genômicas por genoma foi de 8,6 e 8,9, respectivamente. Cerca de metade (56%) das sequências de inserção previstas foram localizadas em regiões de prófagos. Em resumo, as análises de genômica comparativa e de filogenômica de X. fastidiosa mostraram forte relação entre a região geográfica de isolamento e os distintos genomas, mas não com a adaptação cepa-hospedeiro vegetal. Além disso, verificamos que todos os 46 genomas de X. fastidiosa analisados contém um conteúdo relevante e heterogêneo de MGE
- Imprenta:
- Data da defesa: 27.09.2019
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ABNT
CAMPOS, Guillermo Uceda. Comparative genomics and phylogenomics of Xylella fastidiosa. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-23112020-184504/. Acesso em: 27 dez. 2025. -
APA
Campos, G. U. (2019). Comparative genomics and phylogenomics of Xylella fastidiosa (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-23112020-184504/ -
NLM
Campos GU. Comparative genomics and phylogenomics of Xylella fastidiosa [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-23112020-184504/ -
Vancouver
Campos GU. Comparative genomics and phylogenomics of Xylella fastidiosa [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-23112020-184504/ - Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes
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