Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum (2020)
- Authors:
- Autor USP: MACIEL, LUCAS FERREIRA - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- Assunto: BIOINFORMÁTICA
- Keywords: Análise de co-expressão; Co-expression analysis; Long non-coding RNAs; Parasitologia; Parasitology; RNA-seq; RNAs longos não-codificantes; Transcriptômica; Transcriptomics
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Os RNAs longos não-codificantes (lncRNAs) (> 200 nt) são expressos em níveis inferiores aos dos RNAs mensageiros (mRNAs) e, em todas as espécies modelo eucarióticas onde foram caracterizados, são transcritos a partir de milhares de diferentes loci genômicos. Em humanos, cerca de quatro dezenas de lncRNAs foram estudados em detalhes e demonstraram desempenhar papéis importantes na regulação da transcrição, agindo em conjunto com fatores de transcrição e marcas epigenéticas para modular os programas de ativação e repressão da transcrição gênica tecido-específica. Trabalhos anteriores identificaram cerca de 10.000 e 3.000 lncRNAs em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum, respectivamente. Estes são os vermes que causam a esquistossomose, uma importante doença tropical negligenciada. O número limitado de bibliotecas de sequenciamento de RNA (RNA-seq) que haviam sido previamente avaliadas, juntamente com o uso de versões antigas e incompletas dos genomas de S. mansoni e S. japonicum e suas anotações no transcriptoma de codificação de proteínas, dificultaram a identificação de todos os lncRNAs expressos nesses parasitas. Aqui foram utilizadas 66 bibliotecas de RNA-seq de S. japonicum de vermes inteiros em diferentes estágios do ciclo de vida e 633 bibliotecas de RNA-seq de S. mansoni de vermes inteiros de diferentes estágios, de tecidos isolados, de populações de células e de células únicas para identificar lncRNAs. Todas as bibliotecas foram obtidas do domínio público. Umpipeline foi desenvolvido e utilizado para o mapeamento de transcritos contra os genomas e a montagem dos genes. Um conjunto de 16.583 transcritos de S. mansoni e 12.291 transcritos de S. japonicum foram identificados e anotados como lncRNAs; as análises de identidade de sequencia e sintenia dos genes entre as espécies demonstram que alguns lncRNAs possuem conservação de sintenia, mesmo quando há falta de conservação da sequência. Análises de redes de co-expressão gênica ponderadas foram realizadas para ambas as espécies e lncRNAs com expressão dinâmica através do desenvolvimento do parasita foram identificados. Esses lncRNAs são co-expressos com genes codificadores de proteínas associados a várias importantes vias biológicas, como reprodução, replicação, metabolismo de medicamentos e desenvolvimento do sistema nervoso. Este trabalho abre caminho para a futura caracterização funcional do papel dos lncRNAs nos esquistossomos
- Imprenta:
- Data da defesa: 23.03.2020
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ABNT
MACIEL, Lucas Ferreira. Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum . 2020. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22042020-093507/. Acesso em: 12 jan. 2026. -
APA
Maciel, L. F. (2020). Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22042020-093507/ -
NLM
Maciel LF. Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum [Internet]. 2020 ;[citado 2026 jan. 12 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22042020-093507/ -
Vancouver
Maciel LF. Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum [Internet]. 2020 ;[citado 2026 jan. 12 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22042020-093507/
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