Suporte à geração de dados abertos ligados em bioinformática (2019)
- Authors:
- Autor USP: PAULA, GABRIEL DO COUTO SEABRA GUSMÃO DE - FFCLRP
- Unidade: FFCLRP
- Sigla do Departamento: 595
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; WEB SEMÂNTICA; INFORMAÇÃO
- Keywords: Bioinformatics; Dados abertos ligados; Dados semiestruturados; Linked open data; Regras de transformação; Semi-structured data; Transformation rules
- Language: Português
- Abstract: Diferentes conjuntos de dados na web encontram-se em formatos que dificultam o processamento e a extração automática de informação. A transformação desses dados em Dados Abertos Ligados (DAL) pode facilitar o processamento e a obtenção de novos conhecimentos. DAL define um conjunto de dados compreendido/interpretável por computadores, interconectado e semanticamente anotado. Diversos domínios de conhecimento podem ser beneficiados com o uso de DAL, dentre os quais destaca-se a bioinformática. A bioinformática é caracterizada pelo uso e a disponibilização de grandes quantidades de dados na web, normalmente armazenados em arquivos texto semiestruturados. Existem diferentes abordagens de transformação de dados estruturados e semiestruturados para DAL no domínio biomédico. Porém, essas abordagens não podem ser facilmente estendidas para a bioinformática. Este trabalho teve por objetivo propor uma abordagem de transformação de dados semiestruturados de bioinformática para DAL, chamada de SSD2LOD Transformation Approach. Esta abordagem é composta por quatro atividades, as quais orientam a definição de questões de competência (perguntas de interesse), a especificação de regras de transformação, a transformação dos dados, e, finalmente, a exploração do conjunto DAL resultante. Adicionamente, desenvolvemos um conjunto de ferramentas de suporte para executar o processo de transformação e exploração dos dados, de modo a facilitar a aplicação da abordagem. Na sequência, aplicamos aabordagem proposta em uma prova de conceito utilizando dados de um experimento de genômica funcional disponibilizado na plataforma ArrayExpress. A abordagem SSD2LOD Transformation Approach representa uma solução adequada para a transformação de dados de bioinformática em DAL, permitindo alcançar os benefícios da web semântica neste domínio
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2019
- Data da defesa: 20.11.2019
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ABNT
PAULA, Gabriel do Couto Seabra Gusmão de. Suporte à geração de dados abertos ligados em bioinformática. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2019. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-21012020-225928/. Acesso em: 01 mar. 2026. -
APA
Paula, G. do C. S. G. de. (2019). Suporte à geração de dados abertos ligados em bioinformática (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-21012020-225928/ -
NLM
Paula G do CSG de. Suporte à geração de dados abertos ligados em bioinformática [Internet]. 2019 ;[citado 2026 mar. 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-21012020-225928/ -
Vancouver
Paula G do CSG de. Suporte à geração de dados abertos ligados em bioinformática [Internet]. 2019 ;[citado 2026 mar. 01 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-21012020-225928/
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