Develop a pipeline to call SNPs from whole genome sequences of Toxoplasma gondii and integrate with conventional genotyping methods (2019)
- Authors:
- Autor USP: CASTRO, BRUNO BELLO PEDE - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VPS
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; DNA; TOXOPLASMOSE; TOXOPLASMA GONDII
- Keywords: Toxoplasma gondii; Bioinformatics; Pipeline; Virtual machine; Whole genomic sequencing
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: A toxoplasmose é uma doença parasitária causada pelo Toxoplasma gondii. O Toxoplasma gondii é um parasita intracelular relacionado ao Plasmodium falciparum, o agente causador da malária em humanos. O Toxoplasma gondii pode infectar todos os vertebrados homeotérmicos, incluindo mamíferos e pássaros. Recentes avanços nas tecnologias de sequenciamento de DNA tornaram possível a obtenção de sequências genômicas completas para praticamente qualquer organismo, incluindo o Toxoplasma gondii e com isso, a tendência é que genotipagens do tipo PCR-RFLP e MLST, atualmente utilizadas, devam ser substituídas. Uma vez que esse inestimável banco de dados gerado ao longo das últimas décadas não pode ser relacionado a essa nova tecnologia, esse trabalho teve como objetivo aliviar esse problema, desenvolvendo uma pipeline, capaz de mapear leituras provenientes de um sequenciamento genômico completo, em plataforma Illumina e identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Nesse trabalho, foram utilizados dados de sequenciamento de um total de 62 isolados de T. gondii provenientes de vários locais do mundo. A partir dessas sequências, foram gerados dados aprimorados para análise filogenética utilizando o software SplitsTree4 e dados de genética de populações, através da ferramenta FastStructure. Além disso, outras ferramentas que funcionam em conjunto à pipeline foram desenvolvidas, possibilitando também extrair sequências genômicas para os 10 marcadores PCR-RFLP e oito introns, que foramutilizados para análise genética de T. gondii na literatura. Para disponibilizar essas ferramentas para a comunidade de pesquisa, integramos todos os softwares e o conjunto de instruções utilizadas em linguagem Perl, em uma máquina virtual, tornando possível a execução de tarefas de Bioinformática a partir de qualquer computador pessoal, independente do sistema operacional que estiver executando. Para isso, utilizamos um software de virtualização multiplataforma, o VirtualBox
- Imprenta:
- Data da defesa: 12.07.2019
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ABNT
CASTRO, Bruno Bello Pede. Develop a pipeline to call SNPs from whole genome sequences of Toxoplasma gondii and integrate with conventional genotyping methods. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-28112019-114932/. Acesso em: 11 jan. 2026. -
APA
Castro, B. B. P. (2019). Develop a pipeline to call SNPs from whole genome sequences of Toxoplasma gondii and integrate with conventional genotyping methods (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-28112019-114932/ -
NLM
Castro BBP. Develop a pipeline to call SNPs from whole genome sequences of Toxoplasma gondii and integrate with conventional genotyping methods [Internet]. 2019 ;[citado 2026 jan. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-28112019-114932/ -
Vancouver
Castro BBP. Develop a pipeline to call SNPs from whole genome sequences of Toxoplasma gondii and integrate with conventional genotyping methods [Internet]. 2019 ;[citado 2026 jan. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-28112019-114932/
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