Diagnóstico molecular de osteogênese imperfeita através do sequenciamento paralelo em larga escala de 15 genes candidatos (2019)
- Authors:
- Autor USP: FERNANDES, ADRIANA MARTINS - FM
- Unidade: FM
- Sigla do Departamento: MCM
- Subjects: OSTEOGÊNESE IMPERFEITA; DIAGNÓSTICO; GENÉTICA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; COLÁGENO; OSSO E OSSOS; NUCLEOTÍDEOS
- Keywords: Colágeno tipo I; Diagnosis; Fractures bone; Fraturas ósseas; Genetics; High-throughput nucleotide sequencing; Osteogenesis imperfecta; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; Type I collagen
- Language: Português
- Abstract: Osteogênese imperfeita (OI) é um conjunto de displasias esqueléticas hereditárias, heterogêneas dos pontos de vista clínico e genético. A maioria dos casos resulta de defeitos no colágeno tipo 1, entretanto diversos outros genes candidatos vêm sendo descritos. Não há definição de critérios mínimos para o diagnóstico clínico de OI, portanto o diagnóstico molecular vem permitir precisão diagnóstica, e melhor compreensão fisiopatológica e prognóstica. O objetivo deste estudo foi identificar o diagnóstico molecular da OI através da análise de genes candidatos por sequenciamento paralelo em larga escala (SPLE), buscando-se associar características clínicas ao achado molecular. Para tanto, as regiões codificadoras e junções íntron-éxon dos 15 genes candidatos COL1A1, COL1A2, CRTAP, P3H1, PPIB, SERPINH1, FKBP10, PLOD2, BMP1, IFITM5, SERPINF1, WNT1, TMEM38B, SP7 e CREB3L1 foram capturadas e sequenciadas por SPLE na plataforma Illumina. Variantes genéticas raras (frequência alélica < 0,5%) com alto impacto sobre a proteína codificada foram confirmadas por sequenciamento Sanger e submetidas a análise de segregação familiar, quando possível. Variantes do número de cópias gênicas foram buscadas utilizando-se o software CONTRA e confirmadas por array citogenômico. Foram incluídos no estudo 49 indivíduos com OI, correspondendo a 30 casos isolados e 8 casos familiares, em sua maioria adultos (82%), com mediana de idade de 24 anos. O acometimento esquelético era leve em 37% dos indivíduos, moderado em 30% e grave em 33%. O SPLE foi realizado em todos os 49 pacientes da coorte, com cobertura média entre 354 a1382 leituras, e superior a 50 em 99% das regiões-alvo. Identificou-se o diagnóstico molecular em 37 dos 38 casos (97%). Em 18 casos foram encontradas variantes em COL1A1 e em 9 casos em COL1A2, totalizando 71% dos casos com defeito no colágeno tipo 1. Variantes nos demais genes candidatos foram encontradas em 10 casos isolados: SERPINF1 (n=2), FKBP10 (n=2), PLOD2 (n=2), IFITM5 (n=1), P3H1 (n=1), TMEM38B (n=1) e WNT1 + P3H1 (n=1). Apenas uma variante de número de cópias foi encontrada (deleção dos éxons 1 e 2 de TMEM38B). Das 42 variantes encontradas, 23 já foram descritas anteriormente em associação a OI e 19 são variantes novas. As variantes em COL1A1 e COL1A2 (56% envolvendo troca de glicina) estão dispersas ao longo das proteínas e associadas a grande variabilidade fenotípica, como demonstrado pela variante COL1A2 p.(Gly772Ser) encontrada em três casos não relacionados com quadros clínicos diversos. Não foram encontradas variantes genéticas adicionais que pudessem explicar a variabilidade fenotípica. Variantes nos genes não colágenos estiveram associados a OI de maior gravidade (p=0,012), variantes em COL1A1 à manifestação de esclera azulada (p=0,009), e, dentre as variantes de COL1A1 e COL1A2, aquelas que resultaram em substituição de glicina estiveram associadas à dentinogênese imperfeita (p=0,003). Concluindo, este estudo demonstra que o diagnóstico molecular de OI por SPLE é eficaz. Frente à literatura, encontrou-se maior proporçãode defeitos em genes não colágenos, que pode ser atribuída à gravidade dos pacientes incluídos ou a características da OI no Brasil, já que nossa população é pouco estudada do ponto de vista molecular. Espera-se que a precisão diagnóstica possibilitada pelo SPLE venha permitir tratamento e seguimento personalizados aos indivíduos com OI
- Imprenta:
- Data da defesa: 26.09.2019
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ABNT
FERNANDES, Adriana Martins. Diagnóstico molecular de osteogênese imperfeita através do sequenciamento paralelo em larga escala de 15 genes candidatos. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-10122019-103713/. Acesso em: 13 ago. 2024. -
APA
Fernandes, A. M. (2019). Diagnóstico molecular de osteogênese imperfeita através do sequenciamento paralelo em larga escala de 15 genes candidatos (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-10122019-103713/ -
NLM
Fernandes AM. Diagnóstico molecular de osteogênese imperfeita através do sequenciamento paralelo em larga escala de 15 genes candidatos [Internet]. 2019 ;[citado 2024 ago. 13 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-10122019-103713/ -
Vancouver
Fernandes AM. Diagnóstico molecular de osteogênese imperfeita através do sequenciamento paralelo em larga escala de 15 genes candidatos [Internet]. 2019 ;[citado 2024 ago. 13 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-10122019-103713/
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