Investigação de RNAs não codificadores envolvidos em controle de expressão gênica em Lesihmania (2017)
- Authors:
- Autor USP: CASTRO, FELIPE FREITAS DE - FMRP
- Unidade: FMRP
- Sigla do Departamento: RBP
- Subjects: RNA; PROTEÍNAS; EXPRESSÃO GÊNICA
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: RNAs não codificadores (ncRNAs) são elementos reguladores presentes numa vasta gama de organismos, incluindo tripanosomatídeos. Uma nova classe de ncRNAs que se originam de regiões não traduzidas (UTRs) de genes codificadores foram descritas em diversos eucariotos, incluindo Trypanosoma brucei. Três candidatos a ncRNA, ODD1,ODD2 e ODD3, foram selecionados a partir de uma biblioteca de cDNA exibindo propriedades incomuns para genes codificadores de proteínas. Somente células transfectadas com pGneo-ODD3 possuíam alterações fenotípicas claras. Ao longo do desenvolvimento deste trabalho descobrimos que as alterações fenotípicas se deviam a baixa expressão da proteína NEO nestes transfectantes. Assim, classificamos diversas alterações fenotípicas desse transfectante que tinham origem nos efeitos tóxicos de G418, e em associação com análises proteômicas comparativas, identificamos várias proteínas envolvidas na resposta a estresses celulares em Leishmania major. Em paralelo, reanalisamos as características dos cDNAs com propriedades incomuns e usando uma combinação de análise computacional e abordagens experimentais, classificamos 26 ncRNA putativos em L. major, destes, 21 de UTRs (incluindo ODD3). O ODD3 está localizado na 3' UTR do gene LmjF.26.0890 em L. major. Tanto o gene LmjF.26.0890 quanto o LmjF.26.0880 codificam a proteína ribossômica S16 (RPS16), mas somente uma cópia possui ODD3 em sua UTR. Analisamos os níveis dos transcritos de ODD3 e RPS16 em promastigotas de L. major usando RT-qPCR. Quantidades semelhantes de ODD3 foram observadas nas fases logarítmica e estacionária de crescimento axênico. Curiosamente, os níveis de LmjF.26.0890 são significativamente mais baixos que os de ODD3, na fase estacionária. Em oposição, LmjF.26.0880 e os seus 3'UTR estão presentes em níveis iguais, ambos superiores a LmjF.26.0890 ao longo do desenvolvimentoAnálises por northern blotting também indicaram quantidades semelhantes de ODD3 nas diferentes fases analisadas e indicaram a existência de duas formas de mRNA do gene LmjF.26.0890, uma contendo ODD3 na sua 3' UTR (3' UTRODD3) e outra não (3' UTR). A relação entre níveis de 3' TUTRODD3 (northern blotting) e do mRNA LmjF.26.0890 (RT-qPCR) que acompanha não está elucidada e será futuramente investigada. Exploramos o potencial de ODD3 como elemento cis- ou trans- regulador, atuando no controle da expressão dos genes RPS16 e de outros dois possíveis genes alvo anteriormente encontrados. Geramos um mutante superexpressor de ODD3 (ODD3IR - integração no lócus ribossômico) para responder a esta questão. Análises por RT-qPCR indicaram que os dois genes RPS16 e os genes LmjF.18.0730 (DYNLT1) e LmjF.21.0725 (ATEL1) estavam diminuídos em células superexpressoras de ODD3. Para nossa surpresa houve os níveis de outros RNAs, LmjF.06.0870 (PRMT7) e LmjF.30.2970 (GADPH) foram alterados, mas não LmjF.34.0080 (G6PD). Análise do transcriptoma deste superexpressor revelou centenas de genes alterados, a maioria regulado negativamente. Vários desses genes diferencialmente expressos se encontram em clusters no genoma de L. major, indicando possível ação de ODD3 como trans-elemento regulatório. Buscamos proteínas ligantes de ncRNA ODD3 e encontramos proteínas envolvidas na maquinaria de transcrição, como RNA polimerase II e complexo FACT. Nosso estudo apresenta, pela primeira vez, evidência da existência de ncRNAs oriundos de UTRs, e propõe um possível papel regulatório, para um destes ncRNAs, sobre a expressão gênica em Leishmania
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2017
- Data da defesa: 22.08.2017
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ABNT
CASTRO, Felipe Freitas de. Investigação de RNAs não codificadores envolvidos em controle de expressão gênica em Lesihmania. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2017. . Acesso em: 28 dez. 2025. -
APA
Castro, F. F. de. (2017). Investigação de RNAs não codificadores envolvidos em controle de expressão gênica em Lesihmania (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. -
NLM
Castro FF de. Investigação de RNAs não codificadores envolvidos em controle de expressão gênica em Lesihmania. 2017 ;[citado 2025 dez. 28 ] -
Vancouver
Castro FF de. Investigação de RNAs não codificadores envolvidos em controle de expressão gênica em Lesihmania. 2017 ;[citado 2025 dez. 28 ] - Leishmania infantum ecto-nucleoside triphosphate diphosphohydrolase-2 is an apyrase involved in macrophage infection and expressed in infected dogs
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