Avaliação da variação do número de cópias (CNVs) genômicas em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas por meio das técnicas de sequenciamento completo do exoma e bead array (2019)
- Authors:
- Autor USP: ZANARDO, EVELIN ALINE - FM
- Unidade: FM
- Sigla do Departamento: MPT
- DOI: 10.11606/T.5.2019.tde-29102019-105920
- Subjects: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; VARIAÇÃO GENÉTICA; TÉCNICAS GENÉTICAS; ANÁLISE EM MICROSSÉRIES; OLIGONUCLEOTÍDEOS; TRANSTORNOS MOTORES; MANIFESTAÇÕES NEUROCOMPORTAMENTAIS
- Keywords: Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos; DNA copy number variations; Genetic testing; Oligonucleotide array sequence analysis; Sequenciamento completo do exoma; Variações do número de cópias de DNA; Whole exome sequencing
- Language: Português
- Abstract: O papel das variações do número de cópias (CNVs), das variantes de nucleotídeo único (SNVs), das inserções e deleções de um ou alguns nucleotídeos (InDels), e das regiões de homozigosidade (ROHs) em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou malformações congênitas está cada vez mais sólido na literatura. Em paralelo ocorre o contínuo aperfeiçoamento e desenvolvimento de métodos de análise de variantes clínicas relevantes. Entre as metodologias para a identificação e caracterização dessas variantes estão a técnica de array genômico, considerado padrão ouro para a identificação de CNVs e ROHs em regiões exônicas e intrônicas, e o sequenciamento completo do exoma, que detecta predominantemente SNVs e InDels nas regiões codificantes do genoma (éxons). Assim esse estudo teve como objetivo avaliar a capacidade de detecção de CNVs relevantes clinicamente nos resultados do sequenciamento do exoma com o kit Nextera Rapid Capture Exomes® (Illumina®) utilizando o software ExomeDepth®. Para esta pesquisa foram avaliadas 38 amostras de DNA de pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas e sem SNVs ou InDels patogênicas detectadas previamente pelo sequenciamento do exoma. Concomitantemente as amostras foram avaliadas pela técnica de array com o Infinium CytoSNP-850K BeadChip® (Illumina®) utilizando o software BlueFuse® para a confirmação dos achados e/ou exclusão de outras deleções e duplicações. Dentre as 38 amostras avaliadas, um total de 745 CNVs (534 deleções e 211 duplicações) foram detectadasnos resultados do sequenciamento completo do exoma e 332 CNVs (224 deleções e 108 duplicações) e 37 ROHs foram identificadas por meio do array. Na análise final, o software ExomeDepth® detectou 18 CNVs patogênicas das 19 identificadas pelo array utilizando o software BlueFuse® e ao mesmo tempo revelou grande quantidade de CNVs, que não puderam ser confirmadas como verdadeiras por limitações técnicas (671 variantes falso-positivas e 313 variantes falso-negativas). O BlueFuse® também revelou três amostras com ROHs importantes por sugerir associação com dissomia uniparental, imprinting genômico, ou ocorrência de doenças recessivas relacionadas com uma variante de ponto, enquanto que o ExomeDepth® não detecta essas regiões. Vencer os desafios para a identificação inequívoca de CNVs é essencial para ampliar o entendimento do papel das variantes genômicas no fenótipo clínico. Nesse sentido, com o aprimoramento dos softwares e banco de dados, o sequenciamento completo do exoma pode se tornar uma excelente estratégia na rotina do diagnóstico clínico de pacientes
- Imprenta:
- Data da defesa: 05.08.2019
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
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- Versão publicada (Published version)
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-
ABNT
ZANARDO, Evelin Aline. Avaliação da variação do número de cópias (CNVs) genômicas em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas por meio das técnicas de sequenciamento completo do exoma e bead array. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-29102019-105920/. Acesso em: 12 abr. 2026. -
APA
Zanardo, E. A. (2019). Avaliação da variação do número de cópias (CNVs) genômicas em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas por meio das técnicas de sequenciamento completo do exoma e bead array (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-29102019-105920/ -
NLM
Zanardo EA. Avaliação da variação do número de cópias (CNVs) genômicas em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas por meio das técnicas de sequenciamento completo do exoma e bead array [Internet]. 2019 ;[citado 2026 abr. 12 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-29102019-105920/ -
Vancouver
Zanardo EA. Avaliação da variação do número de cópias (CNVs) genômicas em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas por meio das técnicas de sequenciamento completo do exoma e bead array [Internet]. 2019 ;[citado 2026 abr. 12 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-29102019-105920/ - Avaliação de métodos citogenômicos para diagnóstico de pacientes com malformações congênitas e atraso do desenvolvimento neuropsicomotor
- The Iberian legacy into a young genetic xeroderma pigmentosum cluster in central Brazil
- Gene expression profile suggesting immunological dysregulation in two Brazilian Bloom s syndrome cases
- Expanding the phenotype of 8p23.1 Deletion Syndrome: eight new cases resembling the clinical spectrum of 22q11.2 microdeletion
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