Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas (2017)
- Authors:
- Autor USP: BERTOLDI, ESTER RISÉRIO MATOS - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; BANCO DE DADOS; NEOPLASIAS
- Keywords: Cancer; Câncer de pâncreas; CaRDIGAn; Database; Database design; Ensembl; ICGC; Modelo entidade-relacionamento; NGS; Pancreatic ductal adenocarcinoma; Relational database; TCGA
- Language: Português
- Abstract: O adenocarcinoma pancreático (PDAC) é uma neoplasia de difícil diagnóstico precoce e cujo tratamento não tem apresentado avanços expressivos desde a última década. As tecnologias de sequenciamento de nova geração (next generation sequencing - NGS) podem trazer importantes avanços para a busca de novos marcadores para diagnóstico de PDACs, podendo também contribuir para o desenvolvimento de terapias individualizadas. Bancos de dados são ferramentas poderosas para integração, padronização e armazenamento de grandes volumes de informação. O objetivo do presente estudo foi modelar e implementar um banco de dados relacional (CaRDIGAn - Cancer Relational Database for Integration and Genomic Analysis) que integra dados disponíveis publicamente, provenientes de experimentos de NGS de amostras de diferentes tipos histopatológicos de PDAC, com dados gerados por nosso grupo no IQ-USP, facilitando a comparação entre os mesmos. A funcionalidade do CaRDIGAn foi demonstrada através da recuperação de dados clínicos e dados de expressão gênica de pacientes a partir de listas de genes candidatos, associados com mutação no oncogene KRAS ou diferencialmente expressos em tumores identificados em dados de RNAseq gerados em nosso grupo. Os dados recuperados foram utilizados para a análise de curvas de sobrevida que resultou na identificação de 11 genes com potencial prognóstico no câncer de pâncreas, ilustrando o potencial da ferramenta para facilitar a análise, organização e priorização de novosalvos biomarcadores para o diagnóstico molecular do PDAC
- Imprenta:
- Data da defesa: 20.10.2017
-
ABNT
BERTOLDI, Ester Risério Matos. Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14032018-150144/. Acesso em: 14 nov. 2024. -
APA
Bertoldi, E. R. M. (2017). Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14032018-150144/ -
NLM
Bertoldi ERM. Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas [Internet]. 2017 ;[citado 2024 nov. 14 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14032018-150144/ -
Vancouver
Bertoldi ERM. Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas [Internet]. 2017 ;[citado 2024 nov. 14 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14032018-150144/ - Aurora A kinase and its activator TPX2 are potential therapeutic targets in KRAS-induced pancreatic cancer
- Necroptosis activation is associated with greater methylene blue-photodynamic therapy-induced cytotoxicity in human pancreatic ductal adenocarcinoma cells
- LINC00941 is an oncogenic long non-coding RNA regulated by KRAS in pancreatic cancer
- Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
