Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para análise de co-expressão gênica e sua aplicação na biologia de sistemas (2019)
- Authors:
- Autor USP: RUSSO, PEDRO DE SÁ TAVARES - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- Subjects: EXPRESSÃO GÊNICA; TRANSCRIÇÃO GÊNICA; BANCO DE DADOS RELACIONAIS; BIOINFORMÁTICA
- Keywords: Análises modulares; Banco de dados; Coexpression modules; Databases; Gene networks; Modular analysis; Módulos de co-expressão; Redes gênicas; Transcriptômica; Transcriptomics
- Language: Português
- Abstract: A Biologia de Sistemas proporciona um olhar holístico sobre os processos biológicos, integrando os diversos componentes intracelulares através de redes altamente complexas. Em particular, redes de co-expressão tem permitido nos últimos anos uma compreensão cada vez maior dos sistemas biológicos e dos mecanismos moleculares que os regem. Por outro lado, as ferramentas matemáticas e estatísticas já desenvolvidas para a análise destas redes e sistemas são, em geral, densas e pouco familiares para profissionais das áreas biológicas e da saúde. Portanto, a fim de possibilitar uma análise ao mesmo tempo relevante e facilitada, nosso grupo criou a ferramenta CEMiTool, que tem por objetivo identificar módulos de coexpressão de genes de modo automático, de maneira fácil e intuitiva para usuários com pouca ou nenhuma experiência com linguagens de programação. A fim de demonstrar a facilidade de uso da ferramenta, aplicamos o CEMiTool a mais de 1000 estudos de transcriptômica, cujos resultados foram utilizados para a confecção de um banco de dados, permitindo a integração de informações entre estudos. Além disso, para facilitar ainda mais o acesso a este tipo de análises, foi criada uma versão online da ferramenta, denominada webCEMiTool, que permite realizar as análises no navegador. Finalmente, criou-se também a ferramenta annotator, permitindo a definição automática de grupos de amostras de estudos de transcriptômica a partir do agrupamento de cadeias de caracteres presentes emdados de anotação. Todo o código está livremente disponível à comunidade
- Imprenta:
- Data da defesa: 09.05.2019
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ABNT
RUSSO, Pedro de Sa Tavares. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para análise de co-expressão gênica e sua aplicação na biologia de sistemas. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21052019-221106/. Acesso em: 02 jan. 2026. -
APA
Russo, P. de S. T. (2019). Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para análise de co-expressão gênica e sua aplicação na biologia de sistemas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21052019-221106/ -
NLM
Russo P de ST. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para análise de co-expressão gênica e sua aplicação na biologia de sistemas [Internet]. 2019 ;[citado 2026 jan. 02 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21052019-221106/ -
Vancouver
Russo P de ST. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para análise de co-expressão gênica e sua aplicação na biologia de sistemas [Internet]. 2019 ;[citado 2026 jan. 02 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21052019-221106/
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