Strategies to improve results from genomic analyzes in small dairy cattle populations (2019)
- Authors:
- Autor USP: PEREZ, BRUNO DA COSTA - FZEA
- Unidade: FZEA
- Sigla do Departamento: VNP
- Subjects: GENÔMICA; FENÓTIPOS; GENÓTIPOS; SIMULAÇÃO
- Language: Inglês
- Abstract: O principal objetivo da presente tese foi propor um procedimento capaz de otimizar o valor da informação genotípica em pequenas populações de gado de leite e investigar os impactos da inclusão de genótipos e fenótipos de vacas escolhidas por diferentes estratégias sobre o desempenho de estudos de associação genômica ampla e seleção genômica. O primeiro estudo foi delineado para elaborar um método que permita uma inferência alternativa sobre a estrutura populacional de populações de animais de produção usando como base a teoria de grafos. Este revê os aspectos gerais de grafos e como cada elemento se relaciona com conceitos teóricos e práticos de estudos de estrutura de pedigree tradicionais. Este capítulo também apresenta um aplicativo computacional (PedWorks) construído em linguagem de programação Python 2.7. Resultados observados demonstraram que a teoria de grafos é uma estrutura adequada para modelar dados de pedigree. O segundo estudo teve como objetivo avaliar como os algoritmos de detecção de comunidades de grafos poderiam ajudar revelar o particionamento de uma população. Este novo conceito foi considerado para desenvolver um método para o estabelecimento de novas estratégias de genotipagem de vacas (baseadas em comunidades). Os resultados obtidos mostraram que a contabilização da estrutura populacional usando a detecção de comunidades para a escolha de vacas a serem incluídas na população de referência pode melhorar os resultados da seleção genômica. Os métodosapresentados sugerem ser facilmente introduzidos em programas de melhoramento animal. O terceiro estudo teve como objetivo observar os impactos de diferentes estratégias de genotipagem (incluindo a anteriormente proposta baseada em comunidades) sobre a capacidade de detectar locos relacionados características quantitativas por meio de estudos de associação genômica ampla. Modelos distintos para análise genômica também foram testados. Os resultados obtidos mostraram que incluir vacas com observações fenotípicas extremas amostradas proporcionalmente das comunidades pode melhorar a capacidade de detectar locos de características quantitativas em avaliações genômicas. O último capítulo foi desenhado para estudar possíveis impactos deletérios da presença de tratamento preferencial no ambiente de pequenas populações de gado leiteiro sobre resultados da seleção genômica. Diferentes proporções de vacas com observações fenotípicas aumentadas artificialmente foram incluídas na população de referência. Os resultados observados sugerem que tanto a acurácia quanto o viés são afetados pela presença de tratamento preferencial de vacas na população avaliada. Espera-se que o tratamento preferencial tenha muito mais efeito sobre o desempenho da seleção genômica em populações pequenas de gado de leite que em grandes populações devido a maior relevância das informações de vacas em raças de tamanho reduzido
- Imprenta:
- Publisher place: Pirassununga
- Date published: 2019
- Data da defesa: 12.02.2019
-
ABNT
PEREZ, Bruno da Costa. Strategies to improve results from genomic analyzes in small dairy cattle populations. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-15082019-154456/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Perez, B. da C. (2019). Strategies to improve results from genomic analyzes in small dairy cattle populations (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Pirassununga. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-15082019-154456/ -
NLM
Perez B da C. Strategies to improve results from genomic analyzes in small dairy cattle populations [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-15082019-154456/ -
Vancouver
Perez B da C. Strategies to improve results from genomic analyzes in small dairy cattle populations [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-15082019-154456/
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