Suporte à acessibilidade, reprodutibilidade e transparência em uma plataforma integrada de análise de dados de expressão gênica (2018)
- Authors:
- Autor USP: SILVA, WILSON DANIEL DA - FFCLRP
- Unidade: FFCLRP
- Sigla do Departamento: 595
- Subjects: COMPUTAÇÃO APLICADA; EXPRESSÃO GÊNICA; SEMÂNTICA DE PROGRAMAÇÃO
- Language: Português
- Abstract: Modernas tecnicas de biologia molecular sao utilizadas para quantificar os niveis de expressao genica de amostras celulares, frequentemente submetidas a diferentes condicoes experimentais. A genomica funcional e a area da bioinformatica responsavel pela caracterizacao do papel funcional dos genes e processos biologicos associados. A analise de expressao genica requer o uso (integrado) de diversas ferramentas de analise para a obtencao de respostas as questoes biologicas de interesse. Uma plataforma de analise pode ser utilizada para facilitar a integracao sintatica e semantica destas ferramentas. Tal plataforma deve oferecer acessibilidade, reprodutibilidade e transparencia, de modo a promover a colaboracao e a disseminacao da pesquisa cientifica. A plataforma SemanticSCo foi concebida para prover suporte a composicao semantica de servicos de analise de expressao genica. Contudo, esta plataforma, em sua versao standalone, apresenta baixa acessibilidade, alem de nao prover suporte para a reproducao e o compartilhamento dos workflows desenvolvidos por seus usuarios. O principal objetivo deste projeto foi ampliar a acessibilidade da plataforma SemanticSCo, bem como introduzir suporte para a reproducao e compartilhamento de workflows. Como resultado principal, desenvolvemos uma nova versao da plataforma SemanticSCo, chamada SemanticSCo Web. A plataforma SemanticSCo Web possui uma interface simples e amigavel, contribuindo para o desenvolvimento colaborativo de pesquisacientifica reproduzivel no dominio da genomica funcional. Adicionalmente, desenvolvemos uma API chamada SIBRI para permitir a execucao automatica, via framework Activiti, de servicos RESTful modelados como processos BPMN. O uso desta API facilita a integracao de aplicacoes desenvolvidas na linguagem Java e que fazem uso de servicos RESTful, dado que esta API prove suporte a interacao com o usuario em um ambiente web para que o mesmo possa prover valores de parametros que serao utilizados na execucao de um dado servico. Desta forma, a API SIBRI simplifica a incorporacao de novos servicos na plataforma SemanticSCo Web
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2018
- Data da defesa: 25.10.2018
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ABNT
SILVA, Wilson Daniel da. Suporte à acessibilidade, reprodutibilidade e transparência em uma plataforma integrada de análise de dados de expressão gênica. 2018. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2018. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-08122018-112207/. Acesso em: 21 jan. 2026. -
APA
Silva, W. D. da. (2018). Suporte à acessibilidade, reprodutibilidade e transparência em uma plataforma integrada de análise de dados de expressão gênica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-08122018-112207/ -
NLM
Silva WD da. Suporte à acessibilidade, reprodutibilidade e transparência em uma plataforma integrada de análise de dados de expressão gênica [Internet]. 2018 ;[citado 2026 jan. 21 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-08122018-112207/ -
Vancouver
Silva WD da. Suporte à acessibilidade, reprodutibilidade e transparência em uma plataforma integrada de análise de dados de expressão gênica [Internet]. 2018 ;[citado 2026 jan. 21 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59143/tde-08122018-112207/
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