A gene based bacterial whole genome comparison toolkit (2019)
- Authors:
- USP affiliated authors: DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO - EACH ; LEITE, GIOVANI DE SOUSA - EACH ; PEREIRA, VIVIAN MAYUMI YAMASSAKI - EACH ; SANTOS JUNIOR, GERALDO JOSÉ DOS - EACH ; WAGNER, PRISCILLA KOCH - EACH ; SANTIAGO, CAIO RAFAEL DO NASCIMENTO - BIOINFORMÁTICA
- Unidades: EACH; BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.22456/2175-2745.84814
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; FILOGENIA; GENOMAS
- Language: Inglês
- Abstract: Grande parte das análises realizadas na biologia computacional é feita comparando características genômicas. Os alinhamentos de nucleot ídeos e de aminoácidos são frequentemente usados na identificação de funções gênicas e na comparação de genomas. Apesar de seu uso generalizado, há limitações em suas capacidades de análise que precisam ser consideradas, mas são frequentemente negligenciadas oudesconhecidas por muitos pesquisadores. Este artigo apresenta um conjunto de ferramentas de comparação de genomas completos baseado em genes que pode ser usado não somente como uma maneira alternativa emais robusta de comparar um conjunto de genomas completos, mas também para entender as vantagens edesvantagens do uso do alinhamento local de sequências neste tipo de comparação. Um estudo de caso foirealizado considerando quinze genomas completos do gênero Xanthomonas. Os resultados foram comparadoscom a filogenia produzida utilizando a proteína16S rRNA-processing protein RimMe alguns limiares para o usode alinhamentos de sequências neste tipo de análise foram discutidos
- Imprenta:
- Publisher place: Porto Alegre
- Date published: 2019
- Source:
- Título do periódico: Revista de Informatica Teórica e Aplicada - RITA
- ISSN: 2175-2745
- Volume/Número/Paginação/Ano: v. 26, n. 1, p. 36-46, 2019
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-nd
-
ABNT
DIGIAMPIETRI, Luciano Antonio et al. A gene based bacterial whole genome comparison toolkit. Revista de Informatica Teórica e Aplicada - RITA, v. 26, n. 1, p. 36-46, 2019Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.22456/2175-2745.84814. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Digiampietri, L. A., Pereira, V. M. Y., Santos Júnior, G. J. dos, Leite, G. de S., Wagner, P. K., Moreira, L. M., & Santiago, C. R. do N. (2019). A gene based bacterial whole genome comparison toolkit. Revista de Informatica Teórica e Aplicada - RITA, 26( 1), 36-46. doi:10.22456/2175-2745.84814 -
NLM
Digiampietri LA, Pereira VMY, Santos Júnior GJ dos, Leite G de S, Wagner PK, Moreira LM, Santiago CR do N. A gene based bacterial whole genome comparison toolkit [Internet]. Revista de Informatica Teórica e Aplicada - RITA. 2019 ; 26( 1): 36-46.[citado 2024 abr. 19 ] Available from: https://doi.org/10.22456/2175-2745.84814 -
Vancouver
Digiampietri LA, Pereira VMY, Santos Júnior GJ dos, Leite G de S, Wagner PK, Moreira LM, Santiago CR do N. A gene based bacterial whole genome comparison toolkit [Internet]. Revista de Informatica Teórica e Aplicada - RITA. 2019 ; 26( 1): 36-46.[citado 2024 abr. 19 ] Available from: https://doi.org/10.22456/2175-2745.84814 - Gene tags assessment by comparative genomics (GTACG): A user-friendly framework for bacterial comparative genomics
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Informações sobre o DOI: 10.22456/2175-2745.84814 (Fonte: oaDOI API)
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