Avaliação da metodologia de espectrometria de massas MALDI-TOF (VITEK MS®) para identificação de espécies de Aspergillus de importância médica (2019)
- Authors:
- Autor USP: ANTUNES, FERNANDA MARQUES AMERICO - FM
- Unidade: FM
- Sigla do Departamento: MDT
- Subjects: ASPERGILLUS; ESPECTROMETRIA; BASES DE DADOS; ANTIFÚNGICOS (RESISTÊNCIA)
- Keywords: Antifungal resistance; Cryptic species; Database; Espécies crípticas; Espectrometria de massas por ionização e dessorção a laser assistida por matriz; Spectrometry mass Matrix-assisted laser desorptionionization
- Language: Português
- Abstract: A especiação de isolados clínicos de Aspergillus ganhou relevância nos últimos anos devido à descrição de espécies crípticas resistentes aos derivados azólicos. A identificação morfológica convencional não é capaz de discriminar as espécies de Aspergillus e o sequenciamento de DNA é uma técnica pouco adaptada a laboratórios clínicos. A espectrometria de massas por ionização/dessorção a laser auxiliada por matriz tempo-devoo (EM MALDI-TOF) é uma metodologia emergente que vem sendo explorada com intuito de fornecer identificação rápida e acurada de microrganismos, incluindo os fungos filamentosos de importância clínica. Entretanto, há poucos estudos avaliando a plataforma VITEK MS® para a identificação de espécies de Aspergillus. O presente estudo teve como objetivo fornecer dados adicionais sobre a performance dos sistemas do VITEK MS® e suas bibliotecas de espectros de referências (ER) In Vitro Diagnostics (IVD) e Research Use Only (RUO) para identificar as espécies de Aspergillus de relevância clínica. Uma biblioteca de ER in-house também foi construída e avaliada. Um total de 106 organismos foram avaliados por EM, incluindo 47 cepas provenientes das coleções de fungos do Westerdijk Fungal Biodiversity Institute (Holanda) e do LEMIUNIFESP, seis isolados ambientais (IMT-USP) e 53 isolados cínicos do HC-FMUSP. Foram utilizados dois protocolos de extração proteica, um recomendado pelo fabricante e outro empregando meio de cultura líquido para os isolados/cepas com baixa esporulação. Trinta ecinco organismos foram selecionadas para construir os ERs, e os 71 restantes foram usados para avaliação de desempenho das bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house. Entre os 71 organismos analisados, 91,5%, 84,5% e 100% tiveram identificação correta de gênero pelos bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house, respectivamente. Enquanto para identificação de espécie, as bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house mostraram 83,1%, 77,4% e 90,1% de identificações de espécie, respectivamente. Para as 16 espécies crípticas de Aspergillus analisadas, a identificação foi correta em 31,2%, 18,7% e 62,5%, pelos sistemas IVD, RUO e RUO+in-house, respectivamente. Entre as espécies crípticas resistentes aos derivados azólicos, o sistema IVD forneceu identificação correta para as espécies Aspergillus lentulus, Aspergillus calidoustus e Aspergillus sydowii. Entretanto, Aspergillus fumigatiaffinis e Neosartorya pseudofischeri foram erroneamente identificadas como Aspergillus fumigatus pelo sistema IVD. A biblioteca in-house demonstrou melhor performance, mas espécies filogeneticamente próximas como A. fumigatiaffinis e A. lentulus tiveram identificações cruzadas. Concluímos que o VITEK® MS demonstrou boa performance para a identificação das espécies de Aspergillus, porém para algumas espécies crípticas, há necessidade de melhoria das bibliotecas de espectro de referência comercializadas. Algumas espécies crípticas filogeneticamente relacionadas apresentaram espectros similares e são de difícil diferenciação por EM MALDI, mesmo com aconstrução de uma biblioteca de ER in-house com vários representantes de cada espécie
- Imprenta:
- Data da defesa: 29.03.2019
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ABNT
ANTUNES, Fernanda Marques Americo. Avaliação da metodologia de espectrometria de massas MALDI-TOF (VITEK MS®) para identificação de espécies de Aspergillus de importância médica. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5133/tde-05062019-092951/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Antunes, F. M. A. (2019). Avaliação da metodologia de espectrometria de massas MALDI-TOF (VITEK MS®) para identificação de espécies de Aspergillus de importância médica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5133/tde-05062019-092951/ -
NLM
Antunes FMA. Avaliação da metodologia de espectrometria de massas MALDI-TOF (VITEK MS®) para identificação de espécies de Aspergillus de importância médica [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5133/tde-05062019-092951/ -
Vancouver
Antunes FMA. Avaliação da metodologia de espectrometria de massas MALDI-TOF (VITEK MS®) para identificação de espécies de Aspergillus de importância médica [Internet]. 2019 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5133/tde-05062019-092951/
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