MDAPSP - Uma arquitetura modular distribuída para auxílio à predição de estruturas de proteínas (2018)
- Authors:
- Autor USP: OLIVEIRA, EDVARD MARTINS DE - ICMC
- Unidade: ICMC
- Sigla do Departamento: SSC
- Subjects: ARQUITETURA ORIENTADA A SERVIÇOS; BIOINFORMÁTICA; SIMULAÇÃO DISTRIBUÍDA; COMPUTAÇÃO EM NUVEM
- Keywords: Gateways científicos; Predição de estruturas de proteínas; Protein structure prediction; Scientifc workflows; Scientific gateways; Service oriented architectures; Workflows científicos; WorkflowSim; WorkflowSim
- Language: Português
- Abstract: A predição de estruturas de proteínas é um campo de pesquisa que busca simular o enovelamento de cadeias de aminoácidos de forma a descobrir as funções das proteínas na natureza, um processo altamente dispendioso por meio de métodos in vivo. Inserida no contexto da Bioinformática, é uma das tarefas mais computacionalmente custosas e desafiadoras da atualidade. Devido à complexidade, muitas pesquisas se utilizam de gateways científicos para disponibilização de ferramentas de execução e análise desses experimentos, aliado ao uso de workflows científicos para organização de tarefas e disponibilização de informações. No entanto, esses gateways podem enfrentar gargalos de desempenho e falhas estruturais, produzindo resultados de baixa qualidade. Para atuar nesse contexto multifacetado e oferecer alternativas para algumas das limitações, esta tese propõe uma arquitetura modular baseada nos conceitos de Service Oriented Architecture (SOA) para oferta de recursos computacionais em gateways científicos, com foco nos experimentos de Protein Structure Prediction (PSP). A Arquitetura Modular Distribuída para auxílio à Predição de Estruturas de Proteínas (MDAPSP) é descrita conceitualmente e validada em um modelo de simulação computacional, no qual se pode identificar suas capacidades, detalhar o funcionamento de seus módulos e destacar seu potencial. A avaliação experimental demonstra a qualidade dos algoritmos propostos, ampliando a capacidade de atendimento de um gateway científico,reduzindo o tempo necessário para experimentos de predição e lançando as bases para o protótipo de uma arquitetura funcional. Os módulos desenvolvidos alcançam boa capacidade de otimização de experimentos de PSP em ambientes distribuídos e constituem uma novidade no modelo de provisionamento de recursos para gateways científicos.
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2018
- Data da defesa: 09.05.2018
-
ABNT
OLIVEIRA, Edvard Martins de. MDAPSP - Uma arquitetura modular distribuída para auxílio à predição de estruturas de proteínas. 2018. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2018. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-18102018-145713/. Acesso em: 16 abr. 2024. -
APA
Oliveira, E. M. de. (2018). MDAPSP - Uma arquitetura modular distribuída para auxílio à predição de estruturas de proteínas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-18102018-145713/ -
NLM
Oliveira EM de. MDAPSP - Uma arquitetura modular distribuída para auxílio à predição de estruturas de proteínas [Internet]. 2018 ;[citado 2024 abr. 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-18102018-145713/ -
Vancouver
Oliveira EM de. MDAPSP - Uma arquitetura modular distribuída para auxílio à predição de estruturas de proteínas [Internet]. 2018 ;[citado 2024 abr. 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-18102018-145713/ - Implementação de mecanismos tolerantes a falhas em uma arquitetura SOA com Qos
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