Exportar registro bibliográfico


Metrics:

Impact of antiretroviral resistance and virological failure on HIV-1 informational entropy (2018)

  • Authors:
  • Autor USP: PIQUEIRA, JOSÉ ROBERTO CASTILHO - EP
  • Unidade: EP
  • DOI: 10.1093/jac/dkx508
  • Subjects: HIV; GENOMAS; CARGA VIRAL; VIROLOGIA
  • Language: Inglês
  • Imprenta:
  • Source:
  • Acesso à fonteDOI
    Informações sobre o DOI: 10.1093/jac/dkx508 (Fonte: oaDOI API)
    • Este periódico é de assinatura
    • Este artigo é de acesso aberto
    • URL de acesso aberto
    • Cor do Acesso Aberto: bronze

    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      LIMA, Elidamar Nunes de Carvalho; CAMARGO, Michelle; GALINSKAS, Juliana; et al. Impact of antiretroviral resistance and virological failure on HIV-1 informational entropy. Journal of Antimicrobial Chemotherapy[S.l.], Oxford, v. 73, n. 4, p. 1054-1059, 2018. Disponível em: < https://doi.org/10.1093/jac/dkx508 > DOI: 10.1093/jac/dkx508.
    • APA

      Lima, E. N. de C., Camargo, M., Galinskas, J., Sucupira, M. C. A., Diaz, R. S., & Piqueira, J. R. C. (2018). Impact of antiretroviral resistance and virological failure on HIV-1 informational entropy. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 73( 4), 1054-1059. doi:10.1093/jac/dkx508
    • NLM

      Lima EN de C, Camargo M, Galinskas J, Sucupira MCA, Diaz RS, Piqueira JRC. Impact of antiretroviral resistance and virological failure on HIV-1 informational entropy [Internet]. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2018 ; 73( 4): 1054-1059.Available from: https://doi.org/10.1093/jac/dkx508
    • Vancouver

      Lima EN de C, Camargo M, Galinskas J, Sucupira MCA, Diaz RS, Piqueira JRC. Impact of antiretroviral resistance and virological failure on HIV-1 informational entropy [Internet]. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2018 ; 73( 4): 1054-1059.Available from: https://doi.org/10.1093/jac/dkx508

    Referências citadas na obra
    Autor: Günthard
    Título: Higher selection pressure from antiretroviral drugs in vivo results in increased evolutionary distance in HIV-1 pol
    Título do periódico: Virology
    Volume: 259
    Primeira página: 154
    Ano: 1999
    DOI: 10.1006/viro.1999.9774
    Autor: Santoro
    Título: HIV-1 genetic variability and clinical implications
    Título do periódico: ISRN Microbiol
    Volume: 2013
    Primeira página: 481314.
    Ano: 2013
    DOI: 10.1155/2013/481314
    Autor: Vazquez-Guillen
    Título: Mutations related to antiretroviral resistance identified by ultra-deep sequencing in HIV-1 infected children under structured interruptions of HAART
    Título do periódico: PLoS One
    Volume: 11
    Primeira página: e0147591.
    Ano: 2016
    DOI: 10.1371/journal.pone.0147591
    Autor: Bahia
    Título: Evaluation of the genotypic pattern of HIV-1 resistance in AIDS patients failing antiretroviral therapy
    Título do periódico: Braz J Infect Dis
    Volume: 8
    Primeira página: 281
    Ano: 2004
    DOI: 10.1590/S1413-86702004000400003
    Autor: Banke
    Título: Positive selection pressure introduces secondary mutations at Gag cleavage sites in human immunodeficiency virus type 1 harboring major protease resistance mutations
    Título do periódico: J Virol
    Volume: 83
    Primeira página: 8916
    Ano: 2009
    DOI: 10.1128/JVI.00003-09
    Autor: Østman
    Título: Impact of epistasis and pleiotropy on evolutionary adaptation
    Título do periódico: Proc Biol Sci
    Volume: 279
    Primeira página: 247
    Ano: 2011
    DOI: 10.1098/rspb.2011.0870
    Autor: Schneider
    Título: Evolution of biological information
    Título do periódico: Nucleic Acids Res
    Volume: 28
    Primeira página: 2794
    Ano: 2000
    DOI: 10.1093/nar/28.14.2794
    Autor: El-Diasty
    Título: Origin of order: emergence and evolution of biological organization as a problem in thermal physics
    Título do periódico: Adv Life Sci
    Volume: 1
    Primeira página: 30
    Ano: 2011
    DOI: 10.5923/j.als.20110101.06
    Autor: Gupta
    Título: Strong selection significantly increases epistatic interactions in the long-term evolution of a protein
    Título do periódico: PLoS Genet
    Volume: 12
    Primeira página: e1005960.
    Ano: 2016
    DOI: 10.1371/journal.pgen.1005960
    Autor: Adami
    Título: Information theory in molecular biology
    Título do periódico: Phys Life Rev
    Volume: 1
    Primeira página: 3
    Ano: 2004
    DOI: 10.1016/j.plrev.2004.01.002
    Autor: Donaldson-Matasci
    Título: The fitness value of information
    Título do periódico: Oikos
    Volume: 119
    Primeira página: 219
    Ano: 2010
    DOI: 10.1111/j.1600-0706.2009.17781.x
    Autor: Adami
    Título: The use of information theory in evolutionary biology
    Título do periódico: Ann N Y Acad Sci
    Volume: 1256
    Primeira página: 49
    Ano: 2012
    DOI: 10.1111/j.1749-6632.2011.06422.x
    Autor: Collins
    Título: Competitive fitness of nevirapine-resistant human immunodeficiency virus type 1 mutants
    Título do periódico: J Virol
    Volume: 78
    Primeira página: 603
    Ano: 2004
    DOI: 10.1128/JVI.78.2.603-611.2004
    Autor: Dapp
    Título: Interrelationship between HIV-1 fitness and mutation rate
    Título do periódico: J Mol Biol
    Volume: 425
    Primeira página: 41
    Ano: 2013
    DOI: 10.1016/j.jmb.2012.10.009
    Autor: Hu
    Título: Altered viral fitness and drug susceptibility in HIV-1 carrying mutations that confer resistance to nonnucleoside reverse transcriptase and integrase strand transfer inhibitors
    Título do periódico: J Virol
    Volume: 88
    Primeira página: 9268
    Ano: 2014
    DOI: 10.1128/JVI.00695-14
    Autor: Mata-Munguía
    Título: Natural polymorphisms and unusual mutations in HIV-1 protease with potential antiretroviral resistance: a bioinformatic analysis
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 15
    Primeira página: 72.
    Ano: 2014
    DOI: 10.1186/1471-2105-15-72
    Autor: Mager
    Título: The active site of HIV-1 protease
    Título do periódico: Med Res Rev
    Volume: 21
    Primeira página: 348
    Ano: 2001
    DOI: 10.1002/med.1012
    Autor: Torbeev
    Título: Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis
    Título do periódico: Proc Natl Acad Sci USA
    Volume: 108
    Primeira página: 20982
    Ano: 2011
    DOI: 10.1073/pnas.1111202108
    Autor: Sarafianos
    Título: Structure and function of HIV-1 reverse transcriptase: molecular mechanisms of polymerization and inhibition
    Título do periódico: J Mol Biol
    Volume: 385
    Primeira página: 693
    Ano: 2009
    DOI: 10.1016/j.jmb.2008.10.071
    Autor: Hu
    Título: HIV-1 reverse transcription
    Título do periódico: Cold Spring Harb Perspect Med
    Volume: 22
    Primeira página: a006882.
    Ano: 2012
    Autor: Shannon
    Título: A mathematical theory of communication
    Título do periódico: Bell Syst Tech J
    Volume: 27
    Primeira página: 379
    Ano: 1948
    DOI: 10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x
    Autor: Tenreiro MacHado
    Título: Shannon entropy analysis of the genome code
    Título do periódico: Math Probl Eng
    Volume: 2012
    Primeira página: 132625.
    Ano: 2012
    DOI: 10.1155/2012/132625
    Autor: Pan
    Título: Quantifying selection and diversity in viruses by entropy methods, with application to the hemagglutinin of H3N2 influenza
    Título do periódico: J R Soc Interface
    Volume: 8
    Primeira página: 1644
    Ano: 2011
    DOI: 10.1098/rsif.2011.0105
    Autor: Nair
    Título: On entropy for mixtures of discrete and continuous variables
    Título do periódico: arXiv
    Ano: 2007
    Autor: Souza
    Título: The Brazilian network for HIV-1 genotyping external quality control assurance programme
    Título do periódico: J Int AIDS Soc
    Volume: 14
    Primeira página: 45.
    Ano: 2011
    DOI: 10.1186/1758-2652-14-45
    Autor: Larkin
    Título: Clustal W and Clustal X version 2.0
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 23
    Primeira página: 2947
    Ano: 2007
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btm404
    Autor: MathWorks
    Autor: Struck
    Título: COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification
    Título do periódico: Nucleic Acids Res
    Volume: 42
    Primeira página: e144.
    Ano: 2014
    DOI: 10.1093/nar/gku739
    Autor: Schultz
    Título: jpHMM: improving the reliability of recombination prediction in HIV-1
    Título do periódico: Nucleic Acids Res
    Volume: 37
    Primeira página: 647
    Ano: 2009
    DOI: 10.1093/nar/gkp371
    Autor: Funkhouser
    Título: The entropy of a discrete real variable
    Título do periódico: Entropy
    Volume: 14
    Primeira página: 1522
    Ano: 2012
    DOI: 10.3390/e14081522
    Autor: Gatenby
    Título: Information theory in living systems, methods, applications, and challenges
    Título do periódico: Bull Math Biol
    Volume: 69
    Primeira página: 635
    Ano: 2007
    DOI: 10.1007/s11538-006-9141-5
    Autor: Xu
    Título: A metric model of amino acid substitution
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 20
    Primeira página: 1214
    Ano: 2004
    DOI: 10.1093/bioinformatics/bth065
    Autor: Pandey
    Título: Entropy and codon bias in HIV-1
    Título do periódico: bioRxiv
    Ano: 2016
    Autor: Smith
    Título: The concept of information in biology
    Título do periódico: Phil Sci
    Volume: 67
    Primeira página: 177
    Ano: 2000
    DOI: 10.1086/392768
    Autor: Wensing
    Título: Update of the drug resistance mutations in HIV-1
    Título do periódico: Top Antivir Med
    Volume: 24
    Primeira página: 132
    Ano: 2017
    Autor: Motulsky
    Autor: Lazzarin
    Título: Efficacy of enfuvirtide in patients infected with drug-resistant HIV-1 in Europe and Australia
    Título do periódico: N Engl J Med
    Volume: 348
    Primeira página: 2186
    Ano: 2003
    DOI: 10.1056/NEJMoa035211
    Autor: Imaz
    Título: Antiretroviral salvage therapy for multiclass drug-resistant HIV-1-infected patients: from clinical trials to daily clinical practice
    Título do periódico: AIDS Rev
    Volume: 13
    Primeira página: 180
    Ano: 2011
    Autor: Abidi
    Título: HIV-1 subtype A gag variability and epitope evolution
    Título do periódico: PLoS One
    Volume: 9
    Primeira página: e93415.
    Ano: 2014
    DOI: 10.1371/journal.pone.0093415
    Autor: Liu
    Título: Evolution of human immunodeficiency virus type 1 cytotoxic T-lymphocyte epitopes: fitness-balanced escape
    Título do periódico: J Virol
    Volume: 81
    Primeira página: 12179
    Ano: 2007
    DOI: 10.1128/JVI.01277-07
    Autor: Yusim
    Título: Clustering patterns of cytotoxic T-lymphocyte epitopes in human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) proteins reveal imprints of immune evasion on HIV-1 global variation
    Título do periódico: J Virol
    Volume: 76
    Primeira página: 8757
    Ano: 2002
    DOI: 10.1128/JVI.76.17.8757-8768.2002
    Autor: Boutwell
    Título: Frequent and variable cytotoxic-T-lymphocyte escape-associated fitness costs in the human immunodeficiency virus type 1 subtype B Gag proteins
    Título do periódico: J Virol
    Volume: 87
    Primeira página: 3952
    Ano: 2013
    DOI: 10.1128/JVI.03233-12
    Autor: Mammano
    Título: Resistance-associated loss of viral fitness in human immunodeficiency virus type 1: phenotypic analysis of protease and gag coevolution in protease inhibitor-treated patients
    Título do periódico: J Virol
    Volume: 72
    Primeira página: 7632
    Ano: 1998
    Autor: Hinkley
    Título: A systems analysis of mutational effects in HIV-1 protease and reverse transcriptase
    Título do periódico: Nat Genet
    Volume: 43
    Primeira página: 487
    Ano: 2011
    DOI: 10.1038/ng.795
    Autor: Arts
    Título: HIV-1 antiretroviral drug therapy
    Título do periódico: Cold Spring Harb Perspect Med
    Volume: 2
    Primeira página: a007161.
    Ano: 2012
    DOI: 10.1101/cshperspect.a007161
    Autor: Menéndez-Arias
    Título: Fitness variations and their impact on the evolution of antiretroviral drug resistance
    Título do periódico: Curr Drug Targets Infect Disord
    Volume: 3
    Primeira página: 355
    Ano: 2003
    DOI: 10.2174/1568005033481033
    Autor: Buckheit
    Título: Understanding HIV resistance, fitness, replication capacity and compensation: targeting viral fitness as a therapeutic strategy
    Título do periódico: Expert Opin Investig Drugs
    Volume: 13
    Primeira página: 933
    Ano: 2004
    DOI: 10.1517/13543784.13.8.933
    Autor: Wu
    Título: A generalized entropy measure of within-host viral diversity for identifying recent HIV-1 infections
    Título do periódico: Medicine (Baltimore)
    Volume: 94
    Primeira página: e1865.
    Ano: 2015
    DOI: 10.1097/MD.0000000000001865

Digital Library of Intellectual Production of Universidade de São Paulo     2012 - 2021