Menu



Exportar registro bibliográfico

Metrics:

Artigo de periodico

Detection of differentially methylated regions of irradiated fig tree selections (2017)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: RAMOS, ESTER SILVEIRA - FMRP ; GIULIATTI, SILVANA - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • DOI: 10.1590/1678-992x-2016-0195
  • Subjects: METILAÇÃO; MELHORAMENTO GENÉTICO VEGETAL; EXPRESSÃO GÊNICA; MORACEAE
  • Keywords: Ficus carica; DMRs; Methylation; Plant breeding; Epigenetics
  • Agências de fomento:
  • Language: Inglês
  • Imprenta:
  • Source:
    • Acesso à fonteDOI
    Informações sobre o DOI: 10.1590/1678-992x-2016-0195 (Fonte: oaDOI API)
    • Este periódico é de acesso aberto
    • Este artigo é de acesso aberto
    • URL de acesso aberto
    • Cor do Acesso Aberto: gold
    • Licença: cc-by
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      RODRIGUES, Maria Gabriela Fontanetti; SOARES, Murilo Racy; GIMENEZ, Daniele Fernanda Jovino; et al. Detection of differentially methylated regions of irradiated fig tree selections. Scientia Agricola, Piracicaba, v. 74, n. 4, p. 285-293, 2017. Disponível em: < http://dx.doi.org/10.1590/1678-992x-2016-0195 > DOI: 10.1590/1678-992x-2016-0195.

    • APA

      Rodrigues, M. G. F., Soares, M. R., Gimenez, D. F. J., Fonseca, L. F. S., Torrieri, E., Ramos, E. S., & Giuliatti, S. (2017). Detection of differentially methylated regions of irradiated fig tree selections. Scientia Agricola, 74( 4), 285-293. doi:10.1590/1678-992x-2016-0195

    • NLM

      Rodrigues MGF, Soares MR, Gimenez DFJ, Fonseca LFS, Torrieri E, Ramos ES, Giuliatti S. Detection of differentially methylated regions of irradiated fig tree selections [Internet]. Scientia Agricola. 2017 ;74( 4): 285-293.Available from: http://dx.doi.org/10.1590/1678-992x-2016-0195

    • Vancouver

      Rodrigues MGF, Soares MR, Gimenez DFJ, Fonseca LFS, Torrieri E, Ramos ES, Giuliatti S. Detection of differentially methylated regions of irradiated fig tree selections [Internet]. Scientia Agricola. 2017 ;74( 4): 285-293.Available from: http://dx.doi.org/10.1590/1678-992x-2016-0195

    Referências citadas na obra
    Autor: Alburquerque T.C.S.
    Ano: 2004
    Autor: Altschul S.F.
    Título: Basic local alignment search tool
    Título do periódico: Journal of Molecular Biology
    Volume: 215
    Primeira página: 403
    Ano: 1990
    DOI: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2
    Autor: Alverson A.J.
    Título: Insights into the evolution of mitochondrial genome size from complete sequences of Citrullus lanatus and Cucurbita pepo (Cucurbitaceae)
    Título do periódico: Molecular Biology and Evolution
    Volume: 27
    Primeira página: 1436
    Ano: 2010
    DOI: 10.1093/molbev/msq029
    Autor: Baek D.
    Título: Regulated AtHKT1 gene expression by a distal enhancer element and DNA methylation in the promoter plays an important role in salt tolerance
    Título do periódico: Plant and Cell Physiology
    Volume: 52
    Primeira página: 149
    Ano: 2011
    DOI: 10.1093/pcp/pcq182
    Autor: Bajguaz A.
    Título: Isolation and characterization of brassinosteroids from algal cultures of Chlorella vulgaris Beijernick (Trebouxiophyceae)
    Título do periódico: Journal of Plant Physiology
    Volume: 166
    Primeira página: 1946
    Ano: 2009
    DOI: 10.1016/j.jplph.2009.05.003
    Autor: Bell J.T.
    Título: DNA methylation patterns associate with genetic and gene expression variation in HapMap cell lines
    Título do periódico: Genome Biology
    Volume: 12
    Primeira página: R10
    Ano: 2011
    DOI: 10.1186/gb-2011-12-1-r10
    Autor: Bilichak A.
    Título: The progeny of Arabidopsis thaliana plants exposed to salt exhibit changes in DNA methylation, histone modifications and gene expression
    Título do periódico: PLoS One
    Volume: 7
    Ano: 2012
    DOI: 10.1371/journal.pone.0030515
    Autor: Bird A.
    Título: DNA methylation patterns and epigenetic memory
    Título do periódico: Genes
    Volume: 1
    Primeira página: 6
    Ano: 2002
    DOI: 10.1101/gad.947102
    Autor: Bombarely A.
    Título: Generation and analysis of ESTs from strawberry (Fragaria ananassa) fruits and evaluation of their utility in genetic and molecular studies
    Título do periódico: BMC Genomics
    Volume: 11
    Primeira página: 503
    Ano: 2010
    DOI: 10.1186/1471-2164-11-503
    Autor: Bouwmeester K.
    Título: Arabidopsis L-type lectin receptor kinases: phylogeny, classification, and expression profiles
    Título do periódico: Journal of Experimental Botany
    Volume: 60
    Primeira página: 4383
    Ano: 2009
    DOI: 10.1093/jxb/erp277
    Autor: Chai Y.
    Título: Brassinosteroid is involved in strawberry fruit ripening
    Título do periódico: Plant Growth Regulation
    Volume: 69
    Primeira página: 63
    Ano: 2013
    DOI: 10.1007/s10725-012-9747-6
    Autor: Chang K.
    Título: Cadmium induces apoptosis in pancreatic β-cells through a mitochondria-dependent pathway: the role of oxidative stress-mediated c-jun N-terminal kinase activation
    Título do periódico: PLoS One
    Volume: 8
    Ano: 2013
    Autor: Clifton S.W.
    Título: Sequence and comparative analysis of the maize MB mitochondrial genome
    Título do periódico: Plant Physiology
    Volume: 136
    Primeira página: 3486
    Ano: 2004
    DOI: 10.1104/pp.104.044602
    Autor: Clouse S.D.
    Título: Brassinosteroid signal transduction: from receptor kinase activation to transcriptional networks regulating plant development
    Título do periódico: Plant Cell
    Volume: 23
    Primeira página: 1219
    Ano: 2011
    DOI: 10.1105/tpc.111.084475
    Autor: Cokus S.J.
    Título: Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning
    Título do periódico: Nature
    Volume: 452
    Primeira página: 215
    Ano: 2008
    DOI: 10.1038/nature06745
    Autor: Corpet F.
    Título: Multiple sequence alignment with hierarchical clustering
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 16
    Ano: 1988
    DOI: 10.1093/nar/16.22.10881
    Autor: Diamond M.
    Título: Mitochondrial regulation of plant programmed cell death
    Título do periódico: Plant Mitochondria
    Volume: 1
    Primeira página: 439
    Ano: 2011
    DOI: 10.1007/978-0-387-89781-3_17
    Autor: Ewing B.
    Título: Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities
    Título do periódico: Genome Research
    Volume: 8
    Primeira página: 186
    Ano: 1998
    DOI: 10.1101/gr.8.3.186
    Autor: Ewing B.
    Título: Based-calling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment
    Título do periódico: Genome Research
    Volume: 8
    Primeira página: 175
    Ano: 1998
    DOI: 10.1101/gr.8.3.175
    Autor: Fu F.Q.
    Título: A role of brassinosteroids in early fruit development in cucumber
    Título do periódico: Journal of Experimental Botany
    Volume: 59
    Primeira página: 2299
    Ano: 2008
    DOI: 10.1093/jxb/ern093
    Autor: Fujioka S.
    Título: Identification of castasterone, 6-deoxocastasterone, typhasterol and 6- deoxotyphasterol from the shoots of Arabidopsis thaliana
    Título do periódico: Plant and Cell Physiology
    Volume: 37
    Primeira página: 1201
    Ano: 1996
    DOI: 10.1093/oxfordjournals.pcp.a029074
    Autor: Gao G.
    Título: Comparison of the heat stress induced variations in DNA methylation between heat-tolerant and heat-sensitive rapeseed seedlings
    Título do periódico: Breeding Science
    Volume: 64
    Primeira página: 125
    Ano: 2014
    DOI: 10.1270/jsbbs.64.125
    Autor: Grewe F.
    Título: Comparative analysis of 11 Brassicales mitochondrial genomes and the mitochondrial transcriptome of Brassica oleracea
    Título do periódico: Mitochondrion
    Volume: 14
    Primeira página: 82
    Ano: 2014
    Autor: Handa H.
    Título: The complete nucleotide sequence of RNA editing content of the mitochondrial genome of rapessed (Brassica napus L.): comparative analysis of the mitochondrial genomes of rapessed and Arabidopsis thaliana
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 31
    Primeira página: 5907
    Ano: 2003
    DOI: 10.1093/nar/gkg795
    Autor: Henderson I.R.
    Título: Tandem repeats upstream of the Arabidopsis endogene SDC recruit non-CG DNA methylation and initiate siRNA spreading
    Título do periódico: Genes
    Volume: 22
    Primeira página: 1597
    Ano: 2008
    DOI: 10.1101/gad.1667808
    Autor: Henderson I.R.
    Título: Accurate sodium bisulfite sequencing in plants
    Título do periódico: Epigenetics
    Volume: 5
    Primeira página: 47
    Ano: 2010
    DOI: 10.4161/epi.5.1.10560
    Autor: Heng S.
    Título: Comparative analysis of mitochondrial genomes between the hau cytoplasmic male sterility (CMS) line and its iso-nuclear maintainer line in Brassica juncea to reveal the origin of the CMS-associated gene orf288
    Título do periódico: BMC Genomics
    Volume: 15
    Primeira página: 322
    Ano: 2014
    DOI: 10.1186/1471-2164-15-322
    Autor: Hsieh T.F.
    Título: Genome-wide demethylation of Arabidopsis endosperm
    Título do periódico: Science
    Volume: 324
    Primeira página: 1451
    Ano: 2009
    DOI: 10.1126/science.1172417
    Autor: Huang Z.
    Título: Response to “A critical evaluation of cpYFP as a probe for superoxide”
    Título do periódico: Free Radical Biology and Medicine
    Volume: 51
    Primeira página: 1937
    Ano: 2011
    DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2011.08.024
    Autor: Huang X.
    Título: CAP3: A DNA sequence assembly program
    Título do periódico: Genome Research
    Volume: 9
    Primeira página: 868
    Ano: 1999
    DOI: 10.1101/gr.9.9.868
    Autor: Kato M.
    Título: Epigenetic control of CACTA transposon mobility in Arabidopsis thaliana
    Título do periódico: Genetics
    Volume: 168
    Primeira página: 961
    Ano: 2004
    DOI: 10.1534/genetics.104.029637
    Autor: Kim T.W.
    Título: Brassinosteroid signal transduction from cell-surface receptor kinases to nuclear transcription factors
    Título do periódico: Nature Cell Biology
    Volume: 11
    Primeira página: 1254
    Ano: 2009
    DOI: 10.1038/ncb1970
    Autor: Kress C.
    Título: Local DNA demethylation in vertebrates: how could it be performed and targeted?
    Título do periódico: FEBS Letters
    Volume: 494
    Primeira página: 135
    Ano: 2001
    DOI: 10.1016/S0014-5793(01)02328-6
    Autor: Kubo T.
    Título: Angiosperm mitochondrial genomes and mutations
    Título do periódico: Mitochondrion
    Volume: 8
    Primeira página: 5
    Ano: 2008
    DOI: 10.1016/j.mito.2007.10.006
    Autor: Kubo T.
    Título: The complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of sugar beet (Beta vulgaris L.) reveals a novel gene for tRNA (Cus) (GCA)
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 28
    Primeira página: 2571
    Ano: 2000
    DOI: 10.1093/nar/28.13.2571
    Autor: Kumaki Y.
    Título: QUMA: quantification tool for methylation analysis
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 36
    Primeira página: 170
    Ano: 2008
    DOI: 10.1093/nar/gkn294
    Autor: Li L.C.
    Título: MethPrimer: designing primers for methylation PCRs
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 18
    Primeira página: 1427
    Ano: 2002
    DOI: 10.1093/bioinformatics/18.11.1427
    Autor: Lisch D.
    Título: Epigenetic regulation of transposable elements in plants
    Título do periódico: Annual Review of Plant Biology
    Volume: 60
    Primeira página: 43
    Ano: 2009
    DOI: 10.1146/annurev.arplant.59.032607.092744
    Autor: Lisso J.
    Título: Metabolic changes in fruits of the tomato dx mutant
    Título do periódico: Phytochemistry
    Volume: 67
    Primeira página: 2232
    Ano: 2006
    DOI: 10.1016/j.phytochem.2006.07.008
    Autor: Malinowski R.
    Título: The tomato brassinosteroid receptor BRI1 increases binding of systemin to tobacco plasma membranes, but is not involved in systemin signaling
    Título do periódico: Plant Molecular Biology
    Volume: 70
    Primeira página: 603
    Ano: 2009
    DOI: 10.1007/s11103-009-9494-x
    Autor: Mandava N.B.
    Título: Plant growth-promoting brassinosteroid
    Título do periódico: Annual Review of Plant Physiology and Plant Molecular Biology
    Volume: 39
    Primeira página: 23
    Ano: 1988
    DOI: 10.1146/annurev.pp.39.060188.000323
    Autor: Mower J.P.
    Primeira página: 123
    Ano: 2012
    DOI: 10.1007/978-3-7091-1130-7_9
    Autor: Nemhauser J.L.
    Título: Interdependency of brassinosteroid and auxin signalin in Arabdopsis
    Título do periódico: PLoS Biology
    Volume: 2
    Primeira página: 258
    Ano: 2004
    DOI: 10.1371/journal.pbio.0020258
    Autor: Notsu Y.
    Título: The complete sequence of the rice (Oryza sativa L.) mitochondrial genome: frequent DNA sequence acquisition and loss during the evolution of flowering plants
    Título do periódico: Molecular Genetics and Genomics
    Volume: 268
    Primeira página: 434
    Ano: 2002
    DOI: 10.1007/s00438-002-0767-1
    Autor: Ogihara Y.
    Título: Structural dynamics of cereal mitochondrial genomes as revealed by complete nucleotide sequencing of the wheat mitochondrial genome
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 33
    Primeira página: 6235
    Ano: 2005
    DOI: 10.1093/nar/gki925
    Autor: Okamoto H.
    Título: Silencing of transposable elements in plants
    Título do periódico: Trends in Plant Sciences
    Volume: 6
    Primeira página: 527
    Ano: 2001
    DOI: 10.1016/S1360-1385(01)02105-7
    Autor: Pellny T.K.
    Título: Mitochondrial respiratory pathways modulate nitrate sensing and nitrogen-dependent regulation of plant architecture in Nicotiana sylvestris
    Título do periódico: Plant Journal
    Volume: 54
    Primeira página: 976
    Ano: 2008
    DOI: 10.1111/j.1365-313X.2008.03472.x
    Autor: Rai K.
    Título: DNA demethylation in zebrafish involves the coupling of a deaminase, a glycosylase, and gadd45
    Título do periódico: Cell
    Volume: 135
    Primeira página: 1201
    Ano: 2008
    DOI: 10.1016/j.cell.2008.11.042
    Autor: Rice D.W.
    Título: The chloroplast and mitochondrial genomes of papaya
    Título do periódico: Genome Research
    Ano: 2008
    Autor: Richardson A.O.
    Título: The “fossilized” mitochondrial genome of Liriodendron tulipifera: Ancestral gene content and order, ancestral editing sites, and extraordinarily low mutation rate
    Título do periódico: BMC Biology
    Volume: 11
    Primeira página: 29
    Ano: 2013
    DOI: 10.1186/1741-7007-11-29
    Autor: Rodrigues M.G.F.
    Título: Search for methylation-sensitive amplification polymorphisms in mutant figs
    Título do periódico: Genetics and Molecular Research
    Volume: 12
    Primeira página: 2267
    Ano: 2013
    DOI: 10.4238/2013.July.8.8
    Autor: Rodríguez-Moreno L.
    Título: Determination of the melon chloroplast and mitochondrial genome sequences reveals that the largest reported mitochondrial genome in plants contains a significant amount of DNA having a nuclear origin
    Título do periódico: BMC Genomics
    Volume: 12
    Primeira página: 424
    Ano: 2011
    DOI: 10.1186/1471-2164-12-424
    Autor: Sandhu A.P.S.
    Título: Transgenic induction of mitochondrial rearrangements for cytoplasmic male sterility in crop plants
    Título do periódico: Proceedings of the National Academy of Sciences
    Volume: 104
    Primeira página: 1766
    Ano: 2007
    DOI: 10.1073/pnas.0609344104
    Autor: Sanguinetti C.J.
    Título: Rapid silver staining and recovery of PCR products separated on polyacrylamide gels
    Título do periódico: Biotechniques
    Volume: 17
    Primeira página: 915
    Ano: 1994
    Autor: Sheffield N.
    Título: What is hemimethylated DNA?
    Título do periódico: Bioinformatics
    Ano: 2013
    Autor: Shiu S.H.
    Título: Plant receptor-like kinase gene family: diversity, function, and signaling
    Título do periódico: Science's Signal Transduction Knowledge Environment
    Volume: 113
    Primeira página: 22
    Ano: 2001
    Autor: Shiu S.H.
    Título: Receptor-like kinases from Arabidopsis form a monophyletic gene family related to animal receptor kinases
    Título do periódico: Proceedings of the National Academy of Sciences
    Volume: 98
    Primeira página: 10763
    Ano: 2001
    DOI: 10.1073/pnas.181141598
    Autor: Shiu S.H.
    Título: Comparative analysis of the receptor-like kinase family in Arabidopsis and rice
    Título do periódico: Plant Cell
    Volume: 16
    Primeira página: 1220
    Ano: 2004
    DOI: 10.1105/tpc.020834
    Autor: Sloan D.B.
    Título: Rapid evolution of enormous, multichromosomal genomes in flowering plant mitochondria with exceptionally high mutation rates
    Título do periódico: PLoS Biology
    Volume: 10
    Ano: 2012
    DOI: 10.1371/journal.pbio.1001241
    Autor: Sugiyama Y.
    Título: The complete nucleotide sequence and multipartite organization of the tobacco mitochondrial genome: comparative analysis of mitochondrial genomes in higher plants
    Título do periódico: Molecular Genetics and Genomics
    Volume: 272
    Primeira página: 603
    Ano: 2005
    DOI: 10.1007/s00438-004-1075-8
    Autor: Symons G.M.
    Título: Grapes on steroids: brassinosteroids are involved in grape berry ripening
    Título do periódico: Plant Physiology
    Volume: 140
    Primeira página: 150
    Ano: 2006
    DOI: 10.1104/pp.105.070706
    Autor: Tanaka Y.
    Título: A complete mitochondrial genome sequence of Ogura-type male-sterile cytoplasm and its comparative analysis with that of normal cytoplasm in radish (Raphanus sativus L.)
    Título do periódico: BMC Genomics
    Volume: 13
    Primeira página: 352
    Ano: 2012
    DOI: 10.1186/1471-2164-13-352
    Autor: Tang W.
    Título: BSKs mediate signal transduction from the receptor kinase BRI1 in Arabidopsis
    Título do periódico: Science
    Volume: 321
    Primeira página: 557
    Ano: 2008
    DOI: 10.1126/science.1156973
    Autor: Tolley B.J.
    Título: Light-regulated and cell-specific methylation of the maize PEPC promoter
    Título do periódico: Journal of Experimental Botany
    Volume: 63
    Primeira página: 1381
    Ano: 2012
    DOI: 10.1093/jxb/err367
    Autor: Tran R.K.
    Título: Chromatin and siRNA pathways cooperate to maintain DNA methylation of small transposable elements in Arabidopsis
    Título do periódico: Genome Biology
    Volume: 6
    Primeira página: R90
    Ano: 2005
    DOI: 10.1186/gb-2005-6-11-r90
    Autor: Unseld M.
    Título: The mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana contains 57 genes in 366,924 nucleotides
    Título do periódico: Nature Genetics
    Volume: 15
    Primeira página: 57
    Ano: 1997
    DOI: 10.1038/ng0197-57
    Autor: Untergrasser A.
    Título: Primer3: new capabilities and interfaces
    Título do periódico: Nucleic Acids Research
    Volume: 15
    Primeira página: 115
    Ano: 2012
    DOI: 10.1093/nar/gks596
    Autor: Vardhini B.V.
    Título: Brassinosteroids: new class of hormone with potential to improve crop productivity
    Título do periódico: Indian Journal of Plant Physiology
    Volume: 11
    Primeira página: 1
    Ano: 2006
    Autor: Vidya B.V.
    Título: Acceleration of ripening of tomato pericarp discs by brassinosteroids
    Título do periódico: Phytochemistry
    Volume: 61
    Primeira página: 843
    Ano: 2002
    DOI: 10.1016/S0031-9422(02)00223-6
    Autor: Wang Y.
    Título: Complete mitochondrial genome of Eruca sativa Mill. (Garden Rocket)
    Título do periódico: PLoS One
    Volume: 9
    Ano: 2014
    Autor: Wang P.
    Título: Genome-wide high-resolution mapping of DNA methylation identifies epigenetic variation across embryo and endosperm in maize (Zea may)
    Título do periódico: BMC Genomics
    Volume: 16
    Primeira página: 21
    Ano: 2015
    DOI: 10.1186/s12864-014-1204-7
    Autor: Zhang X.
    Título: Genome-wide high-resolution mapping and functional analysis of DNA methylation in Arabidopsis
    Título do periódico: Cell
    Volume: 126
    Primeira página: 1189
    Ano: 2006
    DOI: 10.1016/j.cell.2006.08.003
    Autor: Zhao J.
    Título: A receptor-like kinase gene (GbRLK) from Gossypium barbadense enhances salinity and drought-stress tolerance in Arabidopsis
    Título do periódico: BMC Plant Biology
    Volume: 13
    Primeira página: 110
    Ano: 2013
    DOI: 10.1186/1471-2229-13-110
    Autor: Zilberman D.
    Título: Genome-wide analysis of Arabidopsis thaliana DNA methylation uncovers an interdependence between methylation and transcription
    Título do periódico: Nature Genetics
    Volume: 39
    Primeira página: 61
    Ano: 2007
    DOI: 10.1038/ng1929
    Últimas obras dos mesmos autores vinculados com a USP cadastradas na BDPI:

AGUIA

Digital Library of Intellectual Production of Universidade de São Paulo     2012 - 2021